临床样本中OPN表达与预后分析
评估OPN在CRC中的表达水平及其与患者生存和转移的关联
利用GSE142279、TCGA数据库和临床样本(组织、血浆),通过Deseq2、Limma、qPCR、ELISA和Kaplan-Meier分析检测OPN表达
Colorectal cancer-derived osteopontin rewires macrophages into a pro-metastatic M2 state via the PI3K/AKT/CSF1-CSF1R axis.
该研究包含临床样本分析、体外细胞共培养及功能实验、体内皮下瘤和腹腔转移模型等多个独立证据层级,并明确进行了机制验证(PI3K/AKT通路抑制和CSF1R阻断)及体内药效验证。
人CRC细胞系(SW480、HCT8、DLD1)及其OPN敲低/过表达稳转株 PMA诱导的THP-1巨噬细胞 小鼠CRC细胞系(MC-38、CT26)及其OPN改造株 BALB/c-nu裸鼠皮下瘤及腹腔转移模型
OPN敲低和过表达对CRC细胞迁移和侵袭的影响(Transwell实验) CRC细胞与巨噬细胞共培养体系(0.4 μm Transwell和条件培养基)及M2极化标志物(CD206、CD163)检测 PI3K/AKT通路抑制剂LY294002(10 μM)和CSF1R抑制剂PLX3397(10 μM)对CSF1分泌的调节 OPN抑制剂化合物11(20 μM)对M2极化的影响 腹腔转移模型中PLX3397(30 mg/kg口服)对转移负荷和M2-TAMs浸润的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估OPN在CRC中的表达水平及其与患者生存和转移的关联
利用GSE142279、TCGA数据库和临床样本(组织、血浆),通过Deseq2、Limma、qPCR、ELISA和Kaplan-Meier分析检测OPN表达
验证OPN表达水平是否直接影响CRC细胞的迁移和侵袭
在DLD1、SW480、HCT8细胞中敲低或过表达OPN,进行增殖、划痕和Transwell实验
检验CRC来源的OPN是否影响巨噬细胞M2极化和肿瘤微环境中的TAMs浸润
通过TIMER2.0数据库分析相关性,mIHC检测人CRC组织及小鼠皮下瘤中M2标志物
探究CRC来源的OPN是否能诱导巨噬细胞M2极化并促进双向趋化迁移
采用条件培养基或0.4μm Transwell共培养体系,结合OPN抑制剂处理,流式检测M2标志物,Transwell检测迁移
阐明OPN调控巨噬细胞分泌CSF1的分子机制
细胞因子抗体芯片筛选、ELISA、qPCR、Western blot、RNA-seq检测信号通路,使用PI3K抑制剂和CSF1R抑制剂验证
评估阻断CSF1/CSF1R轴是否能减少M2-TAMs浸润和CRC转移
通过腹腔注射肿瘤细胞建立转移模型,给予PLX3397治疗,活体成像评估转移,IHC和mIHC检测增殖、凋亡和M2-TAMs
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | -- |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素溶液 | -- | -- | |
| 巨噬细胞诱导 | 佛波醇12-十四酸酯13-乙酸酯 | Sigma Aldrich | :P8139 |
| 重组人IL-4 | Sino Biological | :GMP-11846-HNAE | |
| 重组人IL-13 | Sino Biological | :10369-HNAC | |
| 共培养 | 0.4 µm聚碳酸酯膜Transwell板 | LABSELECT | 14112 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Fujian Herui Biological Technology Co., Ltd | :HRX0087 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Fujian Herui Biological Technology Co., Ltd | :HRX0121 | |
| PVDF膜 | Merck Millipore | -- | |
| 抗OPN抗体 | Santa Cruz Biotechnology | :sc-21742 | |
| 抗PI3K抗体 | Zenbio | :R22768 | |
| 抗磷酸化PI3K抗体 | Zenbio | :341468 | |
| 抗AKT抗体 | Zenbio | :342529 | |
| 抗磷酸化AKT抗体 | Zenbio | :381555 | |
| 抗FLAG抗体 | Sigma Aldrich | :F1804 | |
| 抗CSF1R抗体 | Abcam | :ab229188 | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | :60004-1-lg | |
| 辣根过氧化物酶标记二抗 | Proteintech | :SA00001-1 | |
| mIHC | 四色多重荧光免疫组化染色试剂盒 | Absin | :abs50012 |
| 山羊血清 | ZSGB-BIO | :ZLI-9056 | |
| 抗CK抗体 | Proteintech | :82428-1-RR | |
| 抗OPN抗体 | SANTA | :sc-21742 | |
| 抗F4/80抗体 | Cell Signaling Technology | :70076 | |
| 抗CD206抗体 | Cell Signaling Technology | :24595 | |
| DAPI | -- | -- | |
| mIHC扫描 | TissueFAXS Plus-S扫描仪 | TissueGnostics | -- |
| RNA-seq | Trizol试剂 | -- | -- |
| Illumina NovaSeq X Plus测序平台 | Illumina | -- | |
| 流式细胞术 | 固定/破膜试剂盒 | eBioscience | -- |
| 抗人CD86(FITC)抗体 | BioLegend | :374203 | |
| 抗人CD163(APC)抗体 | BioLegend | :333610 | |
| 抗人CD206(PE)抗体 | InvivoGen | :2647760 | |
| Beckman流式细胞仪 | Beckman | -- | |
| 信号通路抑制剂 | 化合物11 | -- | -- |
| LY294002 | -- | -- | |
| PLX3397 | -- | -- | |
| 细胞因子检测 | RayBio人细胞因子抗体芯片 | RayBio | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、血清浓度、抗生素浓度、培养温度、CO2浓度 阅读提示:Materials and methods: Cell cultures |
| OPN敲低和过表达 | 慢病毒载体、敲低序列、过表达载体、筛选标记 阅读提示:Results 图3A、方法中未详细说明,需参考补充材料 |
| 共培养实验 | 共培养细胞数量(SW480/HCT8 5×10^5, THP-1 1×10^6)、共培养时间(48小时)、Transwell孔径(0.4 μm) 阅读提示:Materials and methods: Co-culture assay |
| M2极化诱导 | PMA浓度(10 ng/ml)、IL-4浓度(25 ng/ml)、IL-13浓度(25 ng/ml)、处理时间(PMA 24h, IL-4/IL-13 48h) 阅读提示:Materials and methods: Cell cultures |
| OPN抑制剂处理 | Compound 11浓度(20 μM)、处理时间(72小时) 阅读提示:Results 图5B、图S2、图S3 |
| 信号通路抑制实验 | LY294002浓度(10 μM)、PLX3397浓度(10 μM)、处理时间(48小时)、rhOPN浓度(400 ng/ml) 阅读提示:Results 图6H-I、图S4 |
| 体内实验 | 小鼠品系(BALB/c-nu)、性别(雌性)、周龄(3-5周)、细胞注射数量(5×10^5)、PLX3397剂量(30 mg/kg,口服)、给药周期(5天) 阅读提示:Materials and methods: Animal models and drug treatments; Results 图7A |
| 统计方法 | 统计检验(t检验、ANOVA)、重复数、显著性阈值 阅读提示:Materials and methods: Statistical analysis |