血清多组学分析
鉴定RPS患者血清中的差异代谢物、脂质和蛋白质,寻找潜在生物标志物。
对10例RDDLPS患者和10例健康对照的血清进行靶向代谢组学、脂质组学和蛋白质组学分析,鉴定差异表达分子。
Oncogenic driver and therapeutic target: Prolactin signalling axis in retroperitoneal sarcoma.
研究包含临床样本多组学分析、细胞功能实验、动物模型、机制验证(ChIP-qPCR、双荧光素酶报告基因)等多个独立证据层级,并进行体内外功能验证。
SW872人脂肪肉瘤细胞系 HT1080人纤维肉瘤细胞系 小鼠异种移植瘤模型 临床腹膜后脂肪肉瘤组织样本
血清PRL水平检测的ELISA试剂盒(mlBio)及临床样本分层 SOX4敲除和过表达对PRL转录调控的验证(ChIP-qPCR和双荧光素酶报告基因) PRL对细胞增殖和集落形成的影响(CCK-8和集落形成实验) PRL对MDM2抑制剂耐药性的影响(细胞活力实验) 动物实验中细胞接种剂量(5.0×10^6细胞/鼠)和给药方案(RG7112 100 mg/kg/天,溴隐亭10 mg/kg每日两次)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定RPS患者血清中的差异代谢物、脂质和蛋白质,寻找潜在生物标志物。
对10例RDDLPS患者和10例健康对照的血清进行靶向代谢组学、脂质组学和蛋白质组学分析,鉴定差异表达分子。
验证PRL在更大临床队列中的升高,并分析其与临床病理特征的关系。
通过ELISA检测100例腹膜后肿瘤患者、169例健康对照和其他疾病患者的血清PRL水平,分析PRL与肿瘤大小、年龄、性别的关系。
确定异常升高的血清PRL来源于肿瘤组织而非垂体或白细胞。
通过异种移植模型检测肿瘤小鼠血清中人类来源PRL水平,利用qPCR检测白细胞和垂体PRL表达。
寻找调控PRL转录的转录因子。
结合转录组分析和JASPAR数据库预测,筛选候选转录因子,并通过qPCR、ChIP-qPCR和双荧光素酶报告基因验证SOX4对PRL的调控。
验证PRL对肉瘤细胞增殖的影响。
通过CRISPR/Cas9敲除PRL或PRLR,或添加重组PRL,检测细胞增殖和集落形成能力的变化。
探究PRL是否增强肉瘤细胞对MDM2抑制剂的耐药性。
使用多种MDM2抑制剂处理细胞,观察PRL对细胞活力的影响,并在体内模型中验证联合用药效果。
明确PRL激活的下游信号通路。
通过RNA-seq分析PRL处理细胞的转录组,结合Western blot检测JAK-STAT通路蛋白表达,验证PRL-PRLR-JAK-STAT-c-MYC轴。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 血清样本收集 | 血清 | -- | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Xiamen Immocell Biotechnology Co., Ltd. | IMC-201 |
| 青霉素和链霉素 | Xiamen Immocell Biotechnology Co., Ltd. | IMC-601 | |
| 胎牛血清 | PAN | P30-3302 | |
| 细胞处理 | 重组人催乳素蛋白 | Sino Biological | 10275-H08B |
| 药物处理 | 溴隐亭 | GEDEON RICHTER | T26550A |
| 左旋多巴片 | Shanghai Fuda Pharmaceutical Co., Ltd. | 19230303 | |
| 顺铂 | MedChemExpress LLC | HY-17394 | |
| 多柔比星 | MedChemExpress LLC | HY-15142A | |
| 吉西他滨 | MedChemExpress LLC | HY-17026 | |
| RG7112 | MedChemExpress LLC | HY10959 | |
| Nutlin-3a | MedChemExpress LLC | HY10029 | |
| SAR405838 | MedChemExpress LLC | HY18986 | |
| SP141 | MedChemExpress LLC | HY141 | |
| 10058-F4 | MedChemExpress LLC | HY-12702 | |
| 阿贝西利 | MedChemExpress LLC | HY16297A | |
| Western blot | PRLR抗体 | ABclonal | A4121 |
| c-MYC抗体 | ABclonal | A19032 | |
| c-MYC抗体 | Servicebio | GB13076-50 | |
| PRL抗体 | Servicebio | GB14138-50 | |
| p-STAT3抗体 | ABclonal | AP0705 | |
| p-STAT3抗体 | ABclonal | AP0758 | |
| STAT3抗体 | CST | 9139s | |
| STAT3抗体 | ABclonal | A21228 | |
| GAPDH抗体 | ZSGB-BIO | TA08 | |
| ELISA | 人多巴胺ELISA试剂盒 | Shanghai Enzyme-linked Biotechnology Co., Ltd. | ml823681L |
| 小鼠多巴胺ELISA试剂盒 | Shanghai Enzyme-linked Biotechnology Co., Ltd. | ml002024L | |
| 小鼠催乳素ELISA试剂盒 | Shanghai Enzyme-linked Biotechnology Co., Ltd. | ml001906S | |
| 质谱分析 | Exion液相色谱系统 | AB SCIEX | -- |
| ZIC-pHILIC色谱柱 | Millipore | -- | |
| QTRAP-5500质谱仪 | AB SCIEX | -- | |
| QTRAP 6500+ LC-MS/MS系统 | SCIEX | -- | |
| Thermo Accucore™ C30色谱柱 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 蛋白质组学 | Bruker timsTOF Pro质谱仪 | Bruker | -- |
| Thermo Scientific Orbitrap Exploris 480质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Thermo Scientific Q Exactive HF-X质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Thermo Scientific Orbitrap Fusion Lumos质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Thermo Scientific Q Exactive Plus质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Thermo Scientific Orbitrap Fusion质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Thermo Scientific Q Exactive质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| ELISA | 催乳素ELISA试剂盒 | mlBio | ml058210, ml001906 |
| 细胞培养 | 成脂分化试剂盒 | Immocell | IMC-012 |
| 基因编辑 | LentiCRISPRv2-sgPRLR载体 | -- | -- |
| LentiCRISPRv2-sgPRL载体 | -- | -- | |
| psPAX.2包装质粒 | -- | -- | |
| pMD2.G包膜质粒 | -- | -- | |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Life Technologies | -- | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| pLVML-FLAG-SOX4-IRES-puro质粒 | -- | -- | |
| pLVX-HA-IRESZSgrenn-SOX4质粒 | -- | -- | |
| pL-CRISPR-EFS-GFP-SOX4敲除质粒 | -- | -- | |
| pLV-SOX4-puro质粒 | -- | -- | |
| pll3.7-neo载体 | -- | -- | |
| G418 | -- | -- | |
| ChIP-qPCR | 甘氨酸 | -- | -- |
| ChIP裂解缓冲液 | -- | -- | |
| 超声破碎仪 | SCIENTZ | SCIENTZ08-IIIA | |
| ChIP检测试剂盒 | Beyotime | P2078 | |
| 双荧光素酶报告基因 | pGL3质粒 | -- | -- |
| 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega Corporation | -- | |
| 激素检测 | Roche cobas e801全自动电化学发光分析仪 | Roche | -- |
| 催乳素检测试剂盒 | Roche | 07027737190 | |
| 胰岛素检测试剂盒 | Roche | 07027559190 | |
| 皮质醇检测试剂盒 | Roche | 07027150190 | |
| 雌二醇检测试剂盒 | Roche | 07027249190 | |
| 游离T3检测试剂盒 | Roche | 09005811190 | |
| 孕酮检测试剂盒 | Roche | 07027699190 | |
| 促甲状腺激素检测试剂盒 | Roche | 08443432190 | |
| 生长激素检测试剂盒 | Roche | 07027486190 | |
| CCK-8实验 | CCK-8试剂盒 | ABclonal | RM02823 |
| 酶标仪 | TECAN | F50 | |
| 集落形成实验 | 结晶紫 | -- | -- |
| 免疫组织化学 | 3DHISTECH数字切片扫描仪 | 3DHISTECH | -- |
| Aipathwell图像分析软件 | Servicebio | -- | |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | TargetMol | Cat3C0001 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | -- | -- | |
| SOX4抗体 | Abcam | ab70598 | |
| 山羊抗兔IgG抗体 | GenScript | A00098 | |
| 山羊抗小鼠IgG抗体 | GenScript | A00160 | |
| RNA提取与qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| Hifair III第一链cDNA合成SuperMix | Yeasen | 11141ES | |
| Hifair III一步法RT-qPCR SYBR Green试剂盒 | Yeasen | 11143ES | |
| SLAN-96S荧光定量PCR仪 | Zeesan | -- | |
| 成脂分化 | 异丁基甲基黄嘌呤 | -- | -- |
| 地塞米松 | -- | -- | |
| 胰岛素 | -- | -- | |
| 罗格列酮 | -- | -- | |
| 动物实验 | 二氧化碳 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 血清多组学分析 | 样本量:10例RDDLPS患者和10例健康对照;血清采集时间:空腹早晨7点左右;技术平台:LC-MS/MS、蛋白质组学平台 阅读提示:参见Methods 2.3-2.5及图1图注 |
| PRL水平检测 | ELISA试剂盒:mlBio PRL ELISA kit;样本类型:血清;检测阈值:PRL > 20 ng/mL(男)或 > 25 ng/mL(女) 阅读提示:参见Methods 2.7及图2图注 |
| 细胞培养 | 细胞系:SW872 (ATCC HTB-92)、HT1080 (ATCC CCL-121);培养基:DMEM含10% FBS;培养条件:37°C, 5% CO2 阅读提示:参见Methods 2.8 |
| PRL来源验证 | 动物模型:BALB/c小鼠,皮下或腹膜后接种5.0×10^6细胞/100 µL;检测:ELISA检测人源PRL 阅读提示:参见Methods 2.2及图3图注 |
| SOX4调控PRL | ChIP-qPCR:SOX4结合位点-6362 bp(人)和-493 bp(小鼠);双荧光素酶报告基因:PRL启动子构建 阅读提示:参见Methods 2.10-2.11及图5图注 |
| 功能实验 | 重组PRL浓度:50 ng/mL;CCK-8实验:5000细胞/孔;集落形成实验:6孔板培养2周 阅读提示:参见Methods 2.13-2.14及图6图注 |
| 药物实验 | 药物浓度:RG7112 (10 µM),abemaciclib (5 µM),doxorubicin (2 µM),gemcitabine (10 µM);体内给药:RG7112 100 mg/kg/天,溴隐亭10 mg/kg每日两次 阅读提示:参见Methods 2.13及图6图注 |