鉴定OspC靶标
鉴定OspC效应蛋白在宿主细胞中的底物
使用ADP-核糖基组学分析,结合免疫印迹验证septin蛋白是否被ADP-核糖氧烷化修饰。
Shigella flexneri evades septin-mediated cell-autonomous immunity via protein ADP-riboxanation.
包含多个独立证据层级:体外生化实验(重组蛋白、质谱)、细胞感染模型(HeLa、293T)及细菌突变株功能验证。
HeLa细胞感染模型 293T细胞 福氏志贺菌突变株
OspC3催化SEPT9 Arg561 ADP-核糖氧烷化 SEPT9 Arg561突变体对septin笼组装的影响 ospC和ospG基因敲除对septin笼组装和细菌传播的影响 ADP-核糖氧烷化对septin八聚体稳定性的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定OspC效应蛋白在宿主细胞中的底物
使用ADP-核糖基组学分析,结合免疫印迹验证septin蛋白是否被ADP-核糖氧烷化修饰。
确定OspC3对SEPT9的关键修饰位点
通过质谱鉴定SEPT9的ADP-核糖氧烷化位点,并通过突变分析验证其重要性。
验证OspC3是否直接催化SEPT9的ADP-核糖氧烷化
利用大肠杆菌共表达和体外酶活实验,确认OspC3对SEPT9的直接修饰。
验证在细菌感染过程中SEPT9是否被OspC修饰
使用HeLa细胞感染福氏志贺菌,检测内源性和外源性SEPT9的修饰情况。
检验ADP-核糖氧烷化对septin八聚体稳定性的影响
通过免疫共沉淀、质谱和体外下拉实验分析修饰对septin亚基相互作用的影响。
验证SEPT9修饰对septin笼组装和细菌致病性的影响
通过细胞感染和显微镜观察septin笼组装,并利用斑块形成和胞内复制实验评估细菌传播。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | TRANS | FS301-02 | |
| 转染 | 聚乙烯亚胺 | PolySciences | -- |
| jetPRIME转染试剂 | Polyplus-transfection | -- | |
| 免疫沉淀 | 抗FLAG M2亲和珠 | Sigma-Aldrich | A2220 |
| FLAG肽 | MedChemExpress | HY-P0319A | |
| 免疫印迹 | 抗聚/单ADP核糖抗体 | Cell Signaling Technology | 83732 |
| 抗GFP抗体 | Proteintech | 66002-1-Ig | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 4967 | |
| 抗FLAG抗体 | Zen Bioscience | R24091 | |
| 免疫荧光 | 抗FLAG抗体 | Beyotime Biotechnology | AF519 |
| 免疫印迹 | 抗HA抗体 | Invitrogen | 26183 |
| 抗GST抗体 | Zen Bioscience | 390028 | |
| 抗His抗体 | CWBIO | CW0286M | |
| 抗S-tag抗体 | Sino Biological | 101290-T38 | |
| 抗SEPT2抗体 | Proteintech | 11397-1-AP | |
| 抗SEPT6抗体 | Santa Cruz | sc-514781 | |
| 抗SEPT7抗体 | Proteintech | 13818-1-AP | |
| 免疫印迹和免疫荧光 | 抗SEPT9抗体 | Atlas Antibodies | HPA042564 |
| 免疫印迹 | 抗Strep-Tag II抗体 | Abmart | M40014S |
| HRP标记的抗小鼠IgG | Jackson ImmunoResearch Laboratories | 115-035-003 | |
| HRP标记的抗兔IgG | Jackson ImmunoResearch Laboratories | 111-035-003 | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 488标记的抗小鼠IgG | Jackson ImmunoResearch Laboratories | 115-545-003 |
| 花青素3标记的抗兔IgG | Jackson ImmunoResearch Laboratories | 111-165-003 | |
| Alexa Fluor 647标记的抗小鼠IgG | Beyotime Biotechnology | A0473 | |
| 蛋白质纯化 | 谷胱甘肽树脂 | Sangon Biotech | C600031 |
| HisTrap HP亲和层析 | GE Healthcare Life Sciences | -- | |
| HiTrap脱盐层析 | GE Healthcare Life Sciences | -- | |
| 免疫沉淀 | AminoLink偶联树脂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 免疫荧光 | 抗荧光淬灭封片剂 | Beyotime Biotechnology | P0126 |
| 显微镜 | 尼康Ti系列显微镜 | Nikon | -- |
| 徕卡TCS SP8 STED显微镜 | Leica | -- | |
| 徕卡STELLARIS 8显微镜 | Leica | -- | |
| 质谱分析 | LTQ Orbitrap Velos质谱仪 | Thermo Scientific | -- |
| EASY-nLC纳升液相色谱 | Thermo Scientific | -- | |
| Xtimate C18硅胶颗粒 | Welch Materials Inc. | -- | |
| Mascot | Matrix Science | 2.3.02 | |
| 数据分析 | MaxQuant | -- | 1.5.5.1 |
| GraphPad Prism 9.4 | -- | -- | |
| ImageJ v1.48 | -- | -- | |
| RStudio | -- | -- | |
| Cytoscape | -- | 3.10.3 | |
| LFQ-Analyst | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞感染 | 感染复数(MOI)、感染时间、细胞类型 阅读提示:方法部分“Bacterial infection of host cells” |
| 免疫沉淀 | 细胞数量、裂解缓冲液、抗体偶联树脂 阅读提示:方法部分“Cell culture, transfection and immunoprecipitation” |
| 质谱分析 | 质谱仪型号、色谱条件、分析软件和参数 阅读提示:方法部分“Mass spectrometry analyses” |
| 体外酶活实验 | 蛋白浓度、反应缓冲液、CaM和NAD+浓度 阅读提示:方法部分“In vitro ADP-riboxanation reactions” |
| septin笼组装评估 | 感染时间、MOI、固定和染色步骤 阅读提示:方法部分“Immunofluorescence and microscopy” |