单细胞转录组分析鉴定CSC亚群
探究PR和CR患者肿瘤微环境差异,鉴定与治疗抵抗相关的细胞群体。
对4例HNSCC患者新辅助治疗前活检组织进行snRNA-seq,聚类注释后比较PR和CR的细胞组成和细胞间相互作用。
CD80-Mediated T-Cell Suppression by Cancer Stem-like Cells in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma.
包含snRNA-seq、细胞功能实验、共培养杀伤实验和同系小鼠模型多个独立证据层级,并进行功能验证和机制探索。
HNSCC细胞系(HN6、CAL27) C57BL/6小鼠同系肿瘤模型(MOC1、MOC2) 患者肿瘤组织(PR/CR)
CD80表达水平:需验证细胞系中CD80表达量 CD80敲低或过表达效率:需通过RT-qPCR确认 T细胞共培养:需使用健康供者PBMCs和CD3+ T细胞 动物实验:需使用MOC1和MOC2细胞,C57BL/6小鼠,每组6只 CD80阻断抗体浓度和给药方式:200 μg/只,腹腔注射
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究PR和CR患者肿瘤微环境差异,鉴定与治疗抵抗相关的细胞群体。
对4例HNSCC患者新辅助治疗前活检组织进行snRNA-seq,聚类注释后比较PR和CR的细胞组成和细胞间相互作用。
验证CD80是否在具有干性的肿瘤细胞中高表达。
使用HNSCC细胞系,通过流式分选ALDHhighCD44+、BMI1+群体和肿瘤球,检测CD80表达,并进行肿瘤球形成实验比较CD80+和CD80-细胞的干性。
探究CD80对肿瘤细胞干性、增殖、迁移和侵袭的影响。
通过siRNA敲低或质粒过表达CD80,检测干性标志物表达、肿瘤球形成、细胞增殖(CCK-8)、迁移和侵袭(Transwell)。
阐明CD80调控肿瘤免疫微环境的机制。
对CD80敲低和过表达的HNSCC细胞进行RNA-seq,进行GO、KEGG和GSEA分析。
验证CD80阻断对T细胞毒性的影响。
从健康供者PBMCs中分离CD3+ T细胞,激活后与肿瘤细胞共培养,加入CD80阻断抗体,检测肿瘤细胞死亡和凋亡。
评估CD80阻断在体内对肿瘤生长和免疫反应的影响。
MOC1或MOC2细胞皮下注射C57BL/6小鼠,给予抗CD80抗体或IgG对照,监测肿瘤体积,最后通过免疫组化分析肿瘤组织中CD8、GZMB、Perforin、IFN-γ的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单核RNA测序 | VITAcruizer DP400单细胞制备系统 | M20 Genomics | E20000131 |
| VITApilote高通量FFPE单细胞转录组试剂盒 | M20 Genomics | R20123124 | |
| 杜恩斯匀浆器 | Bellco Glass, Inc. | 50-194-5204 | |
| 蛋白酶K | Sangon Biotech | A610451 | |
| 20 μm细胞筛网 | pluriSelect | 43-10020-20 | |
| DAPI染色液 | Abcam | ab228549 | |
| 流式细胞术 | APC抗CD80抗体 | Biolegend | 305219 |
| 抗BMI1抗体 | Proteintech | 66161-1-Ig | |
| 抗Caspase3抗体 | Absin Bioscience Inc. | abs119676 | |
| ALDEFLUOR检测试剂盒 | STEMCELL Technologies | 01700 | |
| 抗CD44抗体 | BD Pharmingen™ | 550989 | |
| RT-qPCR | SteadyPure快速RNA提取试剂盒 | Accurate Biotechnology | AG21023 |
| SYBR Green Pro Taq HS预混液 | Accurate Biotechnology | AG11736 | |
| QuantStudio 6 Flex实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| RNA-seq | TRIzol试剂 | -- | -- |
| Hieff NGS® Ultima双模式mRNA文库制备试剂盒 | Yeasen Biotechnology | 12309ES | |
| Illumina NovaSeq X Plus测序平台 | Illumina | -- | |
| 肿瘤球形成 | DMEM/F-12培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11330-032 |
| 人重组EGF | SinoBiological | 10605-HNAE | |
| 人重组bFGF | SinoBiological | 10014-HNAE | |
| B-27添加剂 | Thermo Fisher Scientific | 17504044 | |
| N2添加剂 | Thermo Fisher Scientific | 17502048 | |
| 超低吸附培养板 | Costar | -- | |
| 细胞增殖 | CCK-8试剂盒 | Dojindo Laboratories | CK40 |
| ELx808酶标仪 | BioTek | -- | |
| 迁移和侵袭 | Transwell滤膜插件 | Costar | -- |
| 基质胶 | Corning | -- | |
| T细胞杀伤实验 | Lymphoprep™分离液 | STEMCELL | 07851 |
| MojoSort™人CD3 T细胞分选试剂盒 | Biolegend | 480022 | |
| 抗CD3/CD28磁珠 | Thermo Fisher Scientific | 11131D | |
| CD80阻断抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-1177 | |
| Calcein/PI细胞活力/毒性检测试剂盒 | Beyotime | C2015S | |
| 免疫组化 | 抗CD8抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-1177 |
| 抗GZMB抗体 | Proteintech | 13588-1-AP | |
| 抗穿孔素抗体 | Proteintech | 14580-1-AP | |
| 抗IFN-γ抗体 | Proteintech | 15365-1-AP | |
| 动物实验 | 抗CD80抗体 | Bio X Cell | BE0134 |
| IgG对照抗体 | Bio X Cell | BE0089 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本和单核RNA测序 | 患者数量、治疗周期、疾病分期、病理反应标准;snRNA-seq的样本类型(FFPE)和测序平台 阅读提示:Methods 2.1, 2.4; Figure 1 |
| 细胞培养和CD80修饰 | 细胞系名称、培养基条件;siRNA和质粒序列、转染试剂 阅读提示:Methods 2.2, 2.3; Supplementary Table S2 |
| 肿瘤球形成 | 细胞接种密度、培养时间、球体计数阈值 阅读提示:Methods 2.7; Figure 4B,D |
| 细胞增殖、迁移和侵袭 | CCK-8检测时间点;迁移/侵袭实验的细胞数和孵育时间 阅读提示:Methods 2.8, 2.9; Figure 4E-G |
| T细胞杀伤实验 | PBMC分离和T细胞纯化方法;激活方式;共培养比例和时间;CD80阻断抗体浓度 阅读提示:Methods 2.10; Figure 6 |
| 同系小鼠肿瘤模型 | 小鼠品系和性别、年龄;细胞注射数量;分组和每组数量;抗体剂量和给药频率;肿瘤测量时间 阅读提示:Methods 2.11; Figure 7 |