技术转移与标准化验证
验证FD-CFPS系统在不同地理位置和实验室条件下的稳定性、可转移性和可重复性。
将FD-CFPS反应在不同地点间常温运输,使用sfGFP作为模型蛋白,通过FITC标准化曲线比较荧光表达,评估跨实验室的可重复性。
International multisite implementation of distributed cell-free protein biomanufacturing to advance health and research equity.
包含多层次的实验证据:体外无细胞蛋白合成及功能验证、细胞增殖实验、小鼠免疫实验、多中心患者样本试验以及实地部署测试,覆盖从分子到临床的多个层面。
无细胞蛋白质合成反应体系 BALB/c小鼠模型 患者临床样本 NIH-3T3和TF-1细胞系
FD-CFPS反应在环境温度下储存至少2周活性无明显损失 不同离心机(台式、电池供电、3D打印手动)纯化蛋白质产量和纯度相当 生长因子FGF-1和IL-3的细胞增殖活性与商业产品相当 Nuvax疫苗在小鼠中诱导强IgG抗体反应 本地生产的RT-LAMP试剂对SARS-CoV-2、CHIKV和OROV的临床诊断准确率达90-100%
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证FD-CFPS系统在不同地理位置和实验室条件下的稳定性、可转移性和可重复性。
将FD-CFPS反应在不同地点间常温运输,使用sfGFP作为模型蛋白,通过FITC标准化曲线比较荧光表达,评估跨实验室的可重复性。
比较不同离心策略对His6-tagged deGFP纯化效果的影响,评估低成本便携式设备的可行性。
使用His6-tagged deGFP作为模型蛋白,用三种离心装置(传统台式离心机、电池供电离心机、3D打印手动离心机)进行Ni-NTA亲和纯化,比较产量和纯度。
证明CFPS可以生产具有生物活性的生长因子,并验证其性能与商业产品相当。
设计并表达11种生长因子,选择FGF-1、IL-3、IL-15进行细胞增殖实验,并评估其成本。
评估CFPS生产的SARS-CoV-2核衣壳蛋白疫苗候选物(Nuvax)在小鼠中的免疫原性。
使用ClearColi BL21(DE3) lysates表达核衣壳蛋白,纯化后与佐剂混合,免疫BALB/c小鼠,检测特异性IgG抗体。
开发并验证基于toehold switch的SARS-CoV-2诊断传感器,并优化其性能。
设计142个toehold switch传感器,筛选出最佳传感器D07;使用RT-LAMP预扩增,在PURExpress中评估诊断性能。
建立本地生产LAMP酶(Bst LF和M-MLV RT)的流程,并开发针对16种病原体的检测方法。
使用CFPS生产Bst LF和M-MLV RT,优化LAMP/RT-LAMP反应条件,在多个现场进行性能评估。
验证本地生产的诊断试剂在真实临床样本中的诊断准确性,与金标准RT-qPCR比较。
收集加拿大、智利、哥伦比亚、巴西的患者样本,使用本地生产的RT-LAMP试剂进行双盲试验。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 无细胞蛋白合成 | PURExpress | NEB | E6800L |
| NEBExpress无细胞大肠杆菌蛋白质合成系统 | NEB | E5360S | |
| S30 T7提取物试剂盒 | Promega | L1130 | |
| Juice | Liberum | CF0001.B | |
| 蛋白纯化 | NEBExpress Ni离心柱 | NEB | S1427L |
| Strep-TactinXT 4高容量树脂 | IBA | 2-5010-010 | |
| 蛋白定量 | Pierce BCA蛋白检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23225 |
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | Gibco | -- |
| 最低必需培养基 | Gibco | -- | |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | -- | |
| ImmunoCult-XF T细胞扩增培养基 | STEMCELL Technologies | -- | |
| 细胞增殖检测 | CellTiter-Glo 2.0细胞活力检测试剂盒 | Promega | 9242 |
| 重组蛋白表达 | 重组人FGF1 | Sino Biological | 10013-HNAE |
| 重组IL-3 | PeproTech | 200-03 | |
| 重组人IL-15 | Sino Biological | 10360-HNAE | |
| 疫苗制备 | Alhydrogel 2% | InvivoGen | vac-alu-50 |
| CpG-ODN 2395 | InvivoGen | vac-2395-1 | |
| ELISA | SARS-CoV-2核衣壳蛋白IgG抗体ELISA试剂盒 | ABclonal | RK04178 |
| Western blot | 抗His-HRP抗体 | Southern Biotech | 4603-05 |
| 抗SARS-CoV-2核衣壳一抗 | Sino Biological | 40588-T62 | |
| 抗兔IgG(HRP)二抗 | Abcam | ab6721 | |
| SARS-CoV-2核衣壳重组蛋白 | Sino Biological | 40588-V07E | |
| Clarity Western ECL底物 | Bio-Rad | 1705061 | |
| Mini-Protean TGX预制蛋白胶 | Bio-Rad | 4561093和4561096 | |
| 内毒素去除 | Pierce高容量内毒素去除离心柱试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 88274 |
| 内毒素定量 | Pierce显色内毒素定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | A39552 |
| 核酸提取 | QIAamp DNA微型试剂盒 | QIAGEN | 51304 |
| QIAamp病毒RNA微型试剂盒 | QIAGEN | 52906 | |
| PCR纯化 | QIAquick PCR纯化试剂盒 | QIAGEN | 28106 |
| 质粒纯化 | EZNA质粒中量提取试剂盒 | Omega Bio-Tek | D6904 |
| PCR扩增 | Q5高保真DNA聚合酶 | NEB | M0491L |
| 体外转录 | HiScribe T7快速高产RNA合成试剂盒 | NEB | E2050S |
| 核酸处理 | 脱氧核糖核酸酶I | NEB | M0303A |
| RNA纯化 | RNeasy MinElute纯化试剂盒 | QIAGEN | 74204 |
| LAMP/RT-LAMP | WarmStart LAMP 2×预混液 | NEB | E1700S |
| qPCR/RT-qPCR | QuantiNova SYBR Green PCR预混液 | QIAGEN | 208052 |
| QuantiNova探针RT-PCR试剂盒 | QIAGEN | 208354 | |
| LAMP/RT-LAMP | QuantStudio 3或5实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- |
| 荧光检测 | FluoroPLUM | LSK Technologies (now part of Nicoya) | -- |
| 离心 | SpiniOne 2020便携式离心机 | -- | -- |
| 3D打印手动离心机 | -- | -- | |
| 细菌培养 | LB培养基 | -- | -- |
| NEB 5-alpha感受态大肠杆菌 | NEB | C2987I | |
| 寄生虫培养 | Schneider培养基 | SERVA | 4752 |
| 免疫佐剂 | CpG-ODN 2395 | InvivoGen | vac-2395-1 |
| 蛋白纯化 | GamS核酸酶抑制剂 | NEB | P0774S |
| 无细胞蛋白合成 | PURExpress二硫键增强剂 | NEB | E6820S |
| SDS-PAGE | 彩色预染蛋白质标准,宽范围(10-250 kDa) | NEB | P7719 |
| 菌株 | 大肠杆菌BL21(DE3) | NEB | C2527I |
| 大肠杆菌SHuffle | NEB | C3028J | |
| ClearColi BL21(DE3) | Biosearch Technologies | 60810-1 | |
| BL21(DE3)-Gold-∆Lac | Addgene | 99247 | |
| 细胞系 | Vero CCL-81细胞 | ATCC | CCL-81 |
| NIH-3T3细胞 | ATCC | CRL-1658 | |
| Vero E6细胞 | ATCC | CRL-1586 | |
| TF-1细胞 | ATCC | CRL-2003 | |
| 细胞培养 | ImmunoCult人CD3+ T细胞 | STEMCELL Technologies | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| FD-CFPS反应 | 冻干无细胞裂解物的制备批次、储存温度和时间、运输条件 阅读提示:Materials and Methods中的“Freeze-drying of molecular components”和“CFPS reaction setup” |
| 生长因子表达与纯化 | DNA模板序列、His6标签位置、表达温度和时间、离心方式 阅读提示:Results中的“Local production yields growth factors with commercial-grade bioactivity”及Figure 3 legend |
| Nuvax疫苗免疫 | 疫苗剂量(1 μg/只)、佐剂比例(1:50:500)、免疫时间点(第0天和第15天)、采血时间点 阅读提示:Results中的“Cell-free produced Nuvax elicits a robust immunoglobulin G–specific immune response in mice”及Figure 4 legend |
| LAMP/RT-LAMP检测 | 引物浓度、MgSO4浓度、dNTP浓度、酶浓度、反应温度和时间、检测方法 阅读提示:Materials and Methods中的“LAMP and RT-LAMP reaction setup” |
| 患者样本验证 | 样本收集类型(鼻咽拭子、血清)、RNA提取方法、金标准RT-qPCR方法 阅读提示:Results部分“Multicenter and international patient trial assessment of locally manufactured diagnostic reagents”及Figure 7 legend |