质谱流式表型分析
鉴定耐受与不耐受NHP中CD4+ T细胞的表型差异
使用结合MHC-II四聚体的质谱流式细胞术分析脾脏和外周血中的总CD4+ T细胞及同种异体特异性CD4+ T细胞,聚类并比较各群频率。
Allospecific splenic Tr1 cells drive effector T cell exhaustion through up-regulated Areg-EGFR signaling to promote transplant tolerance.
研究包含质谱流式表型分析、轨迹分析、细胞间通讯分析、体外基因沉默和功能实验等多层级验证,涵盖细胞模型和体外功能验证。
猕猴胰岛移植模型 体外Tr1细胞分化模型 混合淋巴细胞反应
耐受组(C组)与不耐受组(B组)的NHP数量(C组n=3,B组n=4) Areg siRNA处理Tr1细胞和Nur77 siRNA处理应答T细胞的浓度(1 μM) EGFR中和抗体使用(catalog no. 100001-RE10, Sino Biological) Seahorse实验中细胞密度(2×10^5/孔)及OCR测量条件
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定耐受与不耐受NHP中CD4+ T细胞的表型差异
使用结合MHC-II四聚体的质谱流式细胞术分析脾脏和外周血中的总CD4+ T细胞及同种异体特异性CD4+ T细胞,聚类并比较各群频率。
推断同种异体特异性CD4+ T细胞的分化轨迹
使用Slingshot对同种异体特异性CD4+ T细胞进行拟时间分析,以Temra细胞为起点,识别Tr1、Tex等分化轨迹。
推断Tr1、Tex和Teff细胞间的信号通路
使用CellChat算法基于CyTOF标记基因的人类同源物推断细胞间配体-受体相互作用,重点关注Areg-EGFR轴。
验证Tr1细胞通过Areg-EGFR信号抑制CD4+ T细胞功能
从体外ADL刺激培养中分选Tr1细胞,通过siRNA沉默Areg或Nur77,进行混合淋巴细胞反应,评估增殖、代谢(OCR)、组蛋白乙酰化及细胞因子产生。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞处理 | MaxPar X8(金属标记试剂盒) | Standard BioTools | -- |
| MCP9(金属标记试剂盒) | Standard BioTools | -- | |
| 细胞活性检测 | 顺铂 | Standard BioTools | -- |
| 细胞染色阻断 | 人Fc受体阻断剂 | BD Biosciences | -- |
| DNA染色 | 铱嵌入剂 | Standard BioTools | -- |
| CyTOF数据校准 | EQ四元素校准微球 | Standard BioTools | 201078 |
| 流式分选 | FACS Melody(流式细胞分选仪) | BD Biosciences | -- |
| siRNA转染 | Dharmacon siRNA | Dharmacon, GE Healthcare | -- |
| EGFR阻断 | EGFR中和抗体 | Sino Biological | 100001-RE10 |
| RNA提取 | RNeasy Mini 试剂盒 | QIAGEN | -- |
| cDNA合成 | iScript cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad | -- |
| qPCR | SYBR Green定量PCR | Bio-Rad | -- |
| 代谢分析 | Seahorse XFe96生物分析仪 | Agilent | -- |
| 代谢分析培养基 | XF基础培养基 | Agilent | -- |
| 细胞培养 | 多聚-D-赖氨酸 | Sigma-Aldrich | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 质谱流式分析 | 样本来源(B组n=4,C组n=3,D组n=2,N组n=3)及四聚体浓度(0.5或1 μg/ml) 阅读提示:Materials and Methods: Sample thawing, preparation, and mass cytometry staining |
| 体外Tr1生成和MLR | siRNA浓度(1 μM)及共培养时间(6天) 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture, in vitro Tr1 generation, Tr1 cell sorting, and mixed lymphocyte reaction with siRNA-mediated gene silencing |
| 代谢分析 | 细胞密度(2×10^5/孔)及Seahorse assay条件(寡霉素1 μM,FCCP 1.5 μM,鱼藤酮/抗霉素A各0.5 μM) 阅读提示:Materials and Methods: Seahorse Mito Stress Assay for metabolic profiling of respT cells |
| 功能验证 | EGFR中和抗体的使用(catalog no. 100001-RE10, Sino Biological)及Areg siRNA处理 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture, in vitro Tr1 generation, Tr1 cell sorting, and mixed lymphocyte reaction with siRNA-mediated gene silencing; Figure 7 legend |