新表位鉴定
从HLA-A*02:01限制性HCC患者中鉴定具有强免疫原性的新表位。
对7例HLA-A*02:01限制性HCC患者的肿瘤组织和配对外周血进行全外显子测序,通过生物信息学分析预测并筛选新表位,最终鉴定出10个特异性新表位,其中BTLAP267L在3例患者中检测到。
Neoepitope BTLAP267L-specific TCR-T cell immunotherapy unlocks precision treatment for hepatocellular carcinoma.
包含体外细胞实验(T2细胞系、HCC细胞系、TCR-T细胞毒性)、体内小鼠模型验证(NCG小鼠异种移植瘤模型),以及多层级的功能和机制验证。
T2细胞系(HLA-A*02:01+/TAP−) HCC细胞系SK-HEP-1(HLA-A*02:01+) HCC细胞系Huh7-A2(HLA-A*02:01+) NCG小鼠异种移植瘤模型
新表位BTLAP267L(SLNHSVIGL)在HLA-A*02:01限制性HCC患者中的表达情况 TCR(85-3、126-5、52-3)对BTLAP267L的特异性识别及交叉反应性 CD8+ TCR-T细胞的感染效率和四聚体阳性率 体外细胞毒性实验中CD8+ TCR-T细胞与靶细胞的效靶比 体内实验中CD8+ TCR-T细胞的注射剂量、时间点及肿瘤抑制效果
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从HLA-A*02:01限制性HCC患者中鉴定具有强免疫原性的新表位。
对7例HLA-A*02:01限制性HCC患者的肿瘤组织和配对外周血进行全外显子测序,通过生物信息学分析预测并筛选新表位,最终鉴定出10个特异性新表位,其中BTLAP267L在3例患者中检测到。
鉴定能特异性识别新表位BTLAP267L的TCR。
从健康供体外周血单核细胞(PBMCs)中,通过四聚体筛选和单细胞TCR克隆技术,鉴定出9个TCR-β和配对的TCR-α链序列,并在JC4细胞中验证其特异性,最终确认85-3、126-5和52-3三个TCR特异性识别BTLAP267L。
制备并扩增BTLAP267L特异性CD8+ TCR-T细胞。
用表达85-3、126-5或52-3 TCR的慢病毒感染PBMCs,经CD3/CD28 beads和IL-7/IL-15/IL-21诱导扩增,并通过磁珠分选获得CD8+ T细胞,随后用四聚体染色鉴定BTLAP267L特异性CD8+ TCR-T细胞。
评估BTLAP267L特异性CD8+ TCR-T细胞对BTLAP267L阳性靶细胞的细胞毒性作用。
将BTLAP267L特异性CD8+ TCR-T细胞与BTLAP267L脉冲的T2细胞或过表达BTLAP267L的HCC细胞系(SK-HEP-1-neo、Huh7-A2-neo)共培养,通过LDH释放实验、荧光素酶报告实验、ELISPOT和ELISA检测细胞毒性及细胞因子释放。
在体内评估BTLAP267L特异性CD8+ TCR-T细胞的抗肿瘤效果和安全性。
将SK-HEP-1-neo-luc细胞皮下注射到NCG小鼠,待肿瘤体积达100 mm3后,通过尾静脉注射CD8+ TCR-T细胞(第0天和第12天),定期监测肿瘤生长和存活,并通过成像和细胞因子检测评估效果。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | SMM 293-TII培养基 | SinoBiological | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099-141 | |
| IMDM培养基 | Gibco | 31980030 | |
| RPMI-1640培养基 | Gibco | 11875085 | |
| DMEM培养基 | Gibco | C11995500BT | |
| 新表位筛选 | 二甲基亚砜 | Sigma-Aldrich | D2438 |
| 四聚体染色 | BTLAP267L四聚体 | MBL | TB-7300-K2 |
| 流式分析 | FITC标记的抗人HLA-A2抗体 | BioLegend | 343304 |
| 细胞因子检测 | IFN-γ ELISA试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 88-7316-88 |
| TNF-α ELISA试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 88-7346-88 | |
| 穿孔素ELISA试剂盒 | Mabtech | 3465-1HP-2 | |
| 颗粒酶B ELISA试剂盒 | Mabtech | 3486-1HP-2 | |
| ELISPOT检测 | ELISPOT试剂盒 | Dakewe | 2110005 |
| 细胞毒性检测 | LDH释放检测试剂盒 | Promega | G1780 |
| 荧光素酶报告检测试剂盒(悬浮细胞) | Vazyme | DD1201-02 | |
| 荧光素酶报告检测试剂盒(贴壁细胞) | Yeasen | 11401ES60 | |
| T细胞诱导 | 人CD3/CD28磁珠 | Miltenyi | 130-111-160 |
| T细胞分选 | CD8磁珠 | Miltenyi | 130-045-201 |
| 小鼠实验 | IVIS Lumina XRMS Series III成像系统 | PerkinElmer | -- |
| 细胞因子检测(体内) | 人CD8/NK检测试剂盒(13重) | BioLegend | 741065 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 新表位鉴定 | 患者HLA-A*02:01表达情况、全外显子测序数据分析参数 阅读提示:Materials and methods中的‘Patients’和‘Identification of specific neoepitopes’ |
| TCR鉴定 | PBMCs来源、四聚体筛选方法、单细胞TCR克隆技术细节 阅读提示:Materials and methods中的‘Identification of BTLAP267L-specific TCRs’ |
| TCR-T细胞制备 | 慢病毒感染效率、CD3/CD28 beads和细胞因子浓度、培养时间 阅读提示:Materials and methods中的‘BTLAP267L-specific TCR-T cell cytotoxicity’ |
| 体外细胞毒性实验 | 靶细胞类型(T2、SK-HEP-1-neo、Huh7-A2-neo)、效靶比、共培养时间 阅读提示:Materials and methods中的‘BTLAP267L-specific TCR-T cell cytotoxicity’以及Figure legends 3-5 |
| 体内实验 | NCG小鼠品系、肿瘤细胞注射剂量和途径、TCR-T细胞注射剂量和时间点、肿瘤体积监测方法 阅读提示:Materials and methods中的‘Mouse xenograft tumor model’和Figure legend 6 |