体外应激模型建立
模拟外界应激条件并检测相关信号通路变化
使用HET-1A、KYSE150和KYSE70细胞,分别进行热应激(42°C)和4NQO处理,通过Western blot检测应激和增殖相关信号分子的磷酸化水平。
p38 mediated ACSL4 phosphorylation drives stress-induced esophageal squamous cell carcinoma growth through Src myristoylation.
包含体外细胞实验、4NQO诱导的小鼠模型及患者样本分析,通过功能获得和缺失实验验证p38/ACSL4/Src/ERK信号轴。
ESCC细胞系KYSE150、KYSE70、KYSE450 正常食管上皮细胞HET-1A 4NQO诱导的食道癌小鼠模型 患者ESCC及癌旁组织样本
4NQO处理浓度100 μg/mL及处理时间16周 热应激处理42°C及时间梯度 p38抑制剂SB202190使用剂量20 μM ACSL4敲低及T679A/T679D突变对细胞增殖的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
模拟外界应激条件并检测相关信号通路变化
使用HET-1A、KYSE150和KYSE70细胞,分别进行热应激(42°C)和4NQO处理,通过Western blot检测应激和增殖相关信号分子的磷酸化水平。
验证p38对ERK1/2的调控关系
使用p38抑制剂SB202190和Doramapimod处理细胞,检测ERK1/2磷酸化水平;使用ERK抑制剂SCH772984处理,检测p38磷酸化水平,并进行相关性分析。
筛选并验证p38的下游靶蛋白
通过IP/MS分析筛选p38结合蛋白,并通过CO-IP、GST pull-down、BiFC等实验验证p38与ACSL4的直接相互作用,并预测和验证磷酸化位点T679。
评估ACSL4在ESCC中的表达及预后价值
分析GEO和GEPIA数据库中的ACSL4 mRNA表达,并通过IHC染色和Western blot检测ESCC患者组织中ACSL4蛋白水平,进行临床病理特征相关性及生存分析。
验证ACSL4对ESCC细胞增殖和体内肿瘤生长的影响
构建ACSL4敲低和过表达细胞系,通过MTT、集落形成、软琼脂实验检测细胞增殖能力;建立CDX小鼠模型观察肿瘤生长;并使用T679A/T679D突变体进行功能研究。
验证ACSL4 T679磷酸化是否通过Src十四烷基化激活ERK通路
通过LC-MS/MS检测C14:0 CoA水平,使用click chemistry检测Src十四烷基化水平,并通过Western blot检测Src/ERK通路蛋白磷酸化水平。
验证ACSL4在4NQO诱导的ESCC肿瘤发生中的必要性
构建Acsl4条件敲除小鼠,并进行4NQO诱导的食管癌模型,观察肿瘤发生率、肿瘤大小、小鼠生存率及下游信号通路的变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 1640培养基 | Biological Industries | -- |
| DMEM培养基 | Biological Industries | -- | |
| 胎牛血清 | VivaCell | -- | |
| 293T-II培养基 | Sino Biological Inc. | -- | |
| 药物处理 | SB202190 | MedChemExpress | HY-10295 |
| SP600125 | GLPBIO | GC15344 | |
| AZD1480 | GLPBIO | GC12504 | |
| SCH772984 | GLPBIO | GC16001 | |
| Doramapimod | Selleck | S1574 | |
| Saracatinib | MedChemExpress | HY-10234 | |
| 脂多糖 | Sigma-Aldrich | L2630 | |
| 脂肪酸处理 | 十四烷酸 | Sigma | M3128 |
| 无脂肪酸牛血清白蛋白 | Equitrch-Bio Inc. | BAH66 | |
| 炔基十四烷酸 | GLPBIO | -- | |
| C14:0 CoA定量 | 十四烷酰辅酶A | Sigma | 870714P |
| 十五烷酰辅酶A | Sigma | 870715P | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime Biotechnology | P0011 | |
| 化学发光试剂盒 | MeilunBio | -- | |
| IP/MS | 蛋白A/G琼脂糖磁珠 | Santa Cruz | -- |
| 银染试剂盒 | Beyotime Biotechnology | P0017S | |
| LC-MS/MS | 岛津LC-30A/AB SCIEX Triple Quad 4500液相色谱-串联质谱仪 | SHIMADZU/AB SCIEX | -- |
| 沃特世BEH C18色谱柱 | Waters | -- | |
| MTT实验 | MTT | -- | -- |
| 集落形成实验 | 结晶紫 | -- | -- |
| 软琼脂实验 | 2×BME培养基 | Sigma-Aldrich | B9638 |
| 琼脂 | BD biosciences | 214050 | |
| IN Cell分析仪6000 | -- | -- | |
| 转染 | Jet Primer转染试剂 | -- | -- |
| 聚凝胺 | Solarbio | -- | |
| 嘌呤霉素 | Solarbio | -- | |
| qRT-PCR | TRIzon试剂 | CWBIO | CW0580S |
| Prime Script反转录试剂盒 | Takara | 6210A | |
| TB Green快速qPCR混合液 | Takara | RR820A | |
| CFX96实时荧光定量PCR检测系统 | Bio-RAD | -- | |
| Western blot | GAPDH抗体 | ZSGB-BIO | TA-08 |
| β-微管蛋白抗体 | ZSGB-BIO | TA-10 | |
| β-微管蛋白抗体 | HUABIO | EM0103 | |
| p-AKT S473抗体 | CST | 4060S | |
| Western blot/IHC | p-p38 (T180/Y182)抗体 | CST | 9211S |
| p-ERK1/2 (Thr202/Tyr204)抗体 | CST | 4370S | |
| Western blot | p-STAT3 S727抗体 | CST | 9134S |
| p-JNK2 (T183/Y185)抗体 | CST | 4668S | |
| 总AKT抗体 | CST | 9272S | |
| 总p38抗体 | CST | 9212S | |
| IP | 总p38抗体 | abcam | ab170099 |
| Western blot | 总ERK1/2抗体 | CST | 4695S |
| 总JNK抗体 | CST | 9252S | |
| IHC | Ki67抗体 | Servicebio | GB151499-100 |
| IP/Co-IP | Flag标签抗体 | MBL | M185-3MS |
| Western blot/IP | V5标签抗体 | CST | 13202S |
| IP | HA标签抗体 | Santa cruz | sc-7392 |
| Western blot | GST标签抗体 | Santa cruz | sc-138 |
| IP | 小鼠正常IgG | Santa cruz | sc-2025 |
| 兔正常IgG | CST | 2729S | |
| Western blot/IHC | ACSL4抗体 | proteintech | -- |
| IP | ACSL4抗体 | Santa cruz | sc-365230 |
| Western blot/IHC | p-ACSL4 (Thr679)抗体 | Biolynx | AB007346-1 |
| Western blot | 总Src抗体 | CST | 2108S |
| Western blot/IHC | p-Src S416抗体 | CST | 6943S |
| IHC | p-Src S416抗体 | Gene Tex | GTX24816 |
| Western blot | HSPA1A抗体 | Santa cruz | sc-59569 |
| HSP90β抗体 | Abcam | ab203085 | |
| HSPA8抗体 | CUSABIO | CSB-PA03249A0Rb | |
| ACSL1抗体 | Huabio | HA601112 | |
| ACSL3抗体 | Proteintech | 20710-1-AP | |
| ACSL5抗体 | Proteintech | 15708-1-AP | |
| ACSL6抗体 | CUSABIO | CSB-PA892139LA01HU | |
| 山羊抗兔IgG H&L (HRP) | ZSGB-Bio | ZB2306 | |
| 山羊抗小鼠IgG H&L (HRP) | ZSGB-Bio | ZB2305 | |
| 体外激酶实验 | p38α激酶 | Signal chem | -- |
| GST pull-down | 谷胱甘肽琼脂糖4B | -- | -- |
| 动物实验 | SCID/cb17小鼠 | Vital River Laboratory Animal Technology | -- |
| C57BL/6小鼠 | 郑州大学动物实验中心 | -- | |
| 啮齿动物饲料 | 北京科奥协力饲料有限公司 | 1016706476803973120 | |
| Acsl4fl/fl小鼠 | Cyagen Biosciences Inc. | -- | |
| ED-L2-Cre小鼠 | Vitalstar Biotechnology Co., Ltd. | -- | |
| 统计分析 | SPSS 22.0 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞应激实验 | 热应激温度42°C,4NQO浓度50 μM,处理时间 阅读提示:Methods: Western blot |
| p38抑制实验 | SB202190剂量20 μM,处理时间2小时;Doramapimod剂量未说明 阅读提示:Fig. 1g, Supplementary Fig. 2a |
| ACSL4敲低细胞构建 | shRNA序列(Supplementary Table 2),感染条件 阅读提示:Methods: Lentiviral infection and transfection |
| C14:0 CoA检测 | 豆蔻酸浓度400 μM,处理时间24小时,BSA浓度2% 阅读提示:Methods: Fatty acyl-CoA analysis by LC-MS/MS |
| Src十四烷基化检测 | 炔基豆蔻酸浓度400 μM,处理时间24小时,click反应条件 阅读提示:Methods: Click chemistry |
| CDX模型 | 细胞注射量:KYSE150 5×10^6, KYSE70 7×10^6, KYSE450 1×10^7;小鼠周龄6-7周;终点肿瘤体积1000 mm³ 阅读提示:Methods: Cell-derived xenograft mouse model |
| 4NQO诱导模型 | 4NQO剂量100 μg/mL,处理16周,之后正常饮水10周;小鼠周龄8周;WT与CKO各处理组样本量 阅读提示:Methods: 4NQO-induced multi-stage ESCC development |