构建肠道缺血/再灌注模型并检测AIM表达
探究急性肠道I/R对雄性小鼠AIM表达的影响
雄性C57BL/6小鼠通过夹闭肠系膜上动脉60分钟,再灌注4小时,收集肺组织和血浆,通过qPCR、Western blot和ELISA检测AIM mRNA和蛋白水平。
The role of an anti-inflammatory molecule AIM/CD5L in gut ischemia/reperfusion injury of male mice.
包含体内小鼠模型检测AIM表达、体外细胞功能验证(细胞因子、代谢)及计算机模拟机制预测,但缺乏体内治疗实验和基因敲除等直接功能验证。
雄性C57BL/6小鼠肠道缺血再灌注模型 原代腹腔巨噬细胞 IEC-6肠上皮细胞 RAW 264.7巨噬细胞
肠道缺血时间60分钟,再灌注4小时 eCIRP浓度1µg/ml,rmAIM剂量0.5-5µg/ml 处理时间4-24小时 腹腔巨噬细胞种植密度50,000/100µl,IEC-6细胞100,000/100µl,RAW 264.7细胞20,000/100µl 统计分析:体内实验采用Student's t检验,体外实验采用单因素方差分析和Tukey多重比较检验
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究急性肠道I/R对雄性小鼠AIM表达的影响
雄性C57BL/6小鼠通过夹闭肠系膜上动脉60分钟,再灌注4小时,收集肺组织和血浆,通过qPCR、Western blot和ELISA检测AIM mRNA和蛋白水平。
验证AIM是否能抑制eCIRP刺激的巨噬细胞促炎细胞因子的产生
原代腹腔巨噬细胞用eCIRP(1µg/ml)和/或rmAIM(0.5、1、5µg/ml)处理4-24小时,收集上清液通过ELISA检测TNFα和IL-6。
验证AIM是否能抑制eCIRP刺激的肠上皮细胞炎症反应
IEC-6细胞用eCIRP(1µg/ml)和/或rmAIM(5µg/ml)处理24小时,ELISA检测TNFα和IL-6,qPCR检测TNFα、IL-6、MIP2和iNOS mRNA表达。
探究AIM是否恢复eCIRP导致的巨噬细胞线粒体功能障碍
RAW 264.7细胞用eCIRP(1µg/ml)和/或rmAIM(0.5、1、2µg/ml)处理16小时,使用Seahorse XF Mito Stress Test试剂盒测量耗氧率(OCR)和ATP产生。
探究AIM抑制eCIRP炎症的潜在机制
从Uniprot获取蛋白序列,使用I-TASSER建模,GRAMMX和ATTRACT进行对接,PDBePISA分析相互作用指标。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| L-谷氨酰胺 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RPMI培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| HEPES缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 人重组胰岛素 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Opti-Mem减血清培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 腹腔巨噬细胞分离 | 磷酸盐缓冲液 | Crystalgen | -- |
| 动物实验 | 异氟烷 | -- | -- |
| 血管夹 | Fine Science Tools | Item No. 18055-04 | |
| ELISA | CD5L ELISA试剂盒 | Sino Biological | Cat. KIT50020 |
| TNFα ELISA试剂盒 | BD Biosciences | Cat. 558534 | |
| IL-6 ELISA试剂盒 | BD Biosciences | Cat. 555240 | |
| TNFα ELISA试剂盒 | BD Biosciences | Cat. 558535 | |
| IL-6 ELISA试剂盒 | BD Biosciences | Cat. 550319 | |
| qPCR | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RNAspin小型试剂盒 | Cytiva | Cat. 25050072 | |
| Veriti 96孔热循环仪 | Applied Biosystems | -- | |
| StepOne Plus实时PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | Roche Diagnostics | Ref: 11836153001 |
| CD5L抗体(D-11) | Santa Cruz Biotechnology | cat. sc-390486 | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | Cat. No.: 60004-1-1g | |
| Odyssey成像系统 | Li-Cor | -- | |
| 代谢分析 | Seahorse XF Pro分析仪 | Agilent Technologies | -- |
| XF Wave Pro软件 | Agilent Technologies | -- | |
| Seahorse XF RPMI培养基 | Agilent Technologies | Cat. No.: 103576-100 | |
| XF细胞线粒体压力测试试剂盒 | Agilent Technologies | Cat. No.:103015-100 | |
| 重组蛋白 | 重组小鼠CD5L | Creative Biomart | cat. Cd5l-659 M |
| 细胞外CIRP | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 雄性C57BL/6小鼠周龄8-13周;缺血时间60分钟;再灌注时间4小时;麻醉方法(2-4%异氟烷);血管夹型号;镇痛药物(丁丙诺啡0.05mg/kg) 阅读提示:Materials and methods: Experimental animals, Gut ischemia/reperfusion injury |
| 细胞处理 | 细胞类型(原代腹腔巨噬细胞、IEC-6、RAW 264.7);种植密度;eCIRP浓度1µg/ml;rmAIM剂量;共孵育时间30分钟;处理时间4-24小时;培养基更换为Opti-Mem 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and treatment |
| ELISA | 样本类型(血浆、细胞上清);稀释倍数(血浆1:1000);试剂盒品牌和货号;孵育条件(过夜4°C) 阅读提示:Materials and methods: ELISA |
| qPCR | RNA提取方法(TRIzol或RNAspin Mini Kit);逆转录和PCR仪器;引物序列;参考基因β-actin;计算方法2^-ΔΔCt 阅读提示:Materials and methods: Real time quantitative polymerase chain reaction |
| Western blot | 蛋白提取缓冲液成分;上样量20µg;一抗CD5L(1:250)和GAPDH(1:5000);二抗孵育时间1小时 阅读提示:Materials and methods: Western blot assay |
| 代谢分析 | 细胞密度20,000细胞/孔;处理时间16小时;Seahorse培养基成分;化合物浓度(Oligomycin 1.5µM, FCCP 1µM, Rotenone/Antimycin 0.5µM) 阅读提示:Materials and methods: Seahorse metabolic assay |
| 计算机模拟 | Uniprot ID;建模方法(I-TASSER);对接工具(GRAMMX, ATTRACT);分析工具(PDBePISA) 阅读提示:Materials and methods: Computational modeling |