招募参与者并采集样本
获取不同疾病状态下的生殖道样本以进行微生物分析。
纳入20例CC、20例AM和20例正常对照,采集宫颈管、后穹窿、腹水和子宫内膜样本。
Reproductive tract microbiota dysbiosis in ovarian endometrioma and adenomyosis: multi-site 16S rRNA profiling and functional impact of key bacterial species on human endometrial stromal cells.
包括多部位16S rRNA测序、体外共培养实验、CCK-8活力检测、RNA-seq及qRT-PCR和ELISA验证,具备功能验证和机制层面的证据。
人子宫内膜基质细胞系T-HESC 卵巢巧克力囊肿(CC)患者样本 腺肌症(AM)患者样本 正常对照(NC)患者样本
共培养使用的细菌菌株:Lactobacillus helveticus (NC)、Enterococcus faecalis (AM)、肠杆菌科(CC) 共培养时间:48小时 T-HESC细胞接种密度:5×10^3细胞/孔 细菌浓度:约1×10^8 CFU/mL 差异基因表达阈值:FDR<0.05,|log2FC|>1
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取不同疾病状态下的生殖道样本以进行微生物分析。
纳入20例CC、20例AM和20例正常对照,采集宫颈管、后穹窿、腹水和子宫内膜样本。
比较不同组别和部位间的微生物多样性和组成差异。
提取DNA,PCR扩增V3-V4区,Illumina NovaSeq 6000测序,生物信息学分析包括ASV生成、多样性计算和差异丰度分析。
评估代表性差异细菌对子宫内膜基质细胞活力及转录组的影响。
T-HESC细胞与L. helveticus (NC)、E. faecalis (AM)和肠杆菌科菌株 (CC)共培养48小时,通过Transwell系统(0.4 μm孔径)进行。
检测不同细菌共培养后T-HESC的活力变化。
使用CCK-8试剂盒检测细胞活力,测量450 nm吸光度。
分析共培养后T-HESC的基因表达变化及富集通路。
RNA提取(TRIzol),RNA-seq测序,比对到GRCh38/hg38,DEG分析,GO和KEGG富集。
验证RNA-seq鉴定的关键差异基因在mRNA和蛋白质水平的表达变化。
提取RNA进行qRT-PCR,ELISA检测细胞培养上清中关键蛋白浓度。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| L-谷氨酰胺 | -- | -- | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| T-HESC细胞系 | ATCC | -- | |
| 微生物培养 | 瑞士乳杆菌 | CGMCC/CMCC | -- |
| 粪肠球菌 | CGMCC/CMCC | -- | |
| 肠杆菌科菌株 | CGMCC/CMCC | -- | |
| 共培养 | Transwell小室(0.4 μm) | Corning Inc. | -- |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Dojindo | NU679 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| Trizol试剂 | Thermo Fisher Scientific | 15596026 | |
| cDNA合成 | cDNA合成试剂盒 | CWbio | CW2569 |
| qRT-PCR | UltraSYBR混合物 | CWbio | CW2601 |
| PikoReal 96实时荧光定量PCR仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RNA质检 | Agilent 2100生物分析仪 | Agilent | -- |
| 测序文库构建 | 诺禾致源 | Novogene | -- |
| 测序 | Illumina测序平台 | Illumina | -- |
| 16S rRNA测序 | Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- |
| 微生物DNA提取 | 标准化商业DNA提取试剂盒 | -- | -- |
| 测序验证 | ZymoBIOMICS微生物群落标准品 | Zymo Research | -- |
| ELISA | ADH1B ELISA试剂盒 | MyBioSource | MBS4503934 |
| MYOM1 ELISA试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | PIPA5100626 | |
| MYOM1 ELISA试剂盒 | Proteintech | 22084-1-AP | |
| PTGFR ELISA试剂盒 | ABclonal | RK07240 | |
| PTGFR ELISA试剂盒 | MyBioSource | MBS9714736 | |
| ACLY ELISA试剂盒 | RayBiotech | ELH-ACLY | |
| ACLY ELISA试剂盒 | Biomatik | EKF60626 | |
| ACLY ELISA试剂盒 | BPS Bioscience | 79904 | |
| ACLY ELISA试剂盒 | ABclonal | RK12483 | |
| CEBPB ELISA试剂盒 | Antibodies-online | ABIN989871 | |
| SERPINE1 ELISA试剂盒 | Proteintech | KE00109 | |
| SERPINE1 ELISA试剂盒 | MyBioSource | MBS175945 | |
| SERPINE1 ELISA试剂盒 | R&D Systems | DSE100 | |
| SERPINE1 ELISA试剂盒 | ABclonal | RK00133 | |
| SERPINE1 ELISA试剂盒 | Sino Biological | KIT10296 | |
| S100A1 ELISA试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | EH402RB | |
| S100A1 ELISA试剂盒 | RayBiotech | ELH-S100A1 | |
| S100A1 ELISA试剂盒 | MyBioSource | MBS4503934 | |
| CKS1B ELISA试剂盒 | MyBioSource | MBS7207214 | |
| CKS1B ELISA试剂盒 | Biomatik | EKA50789 | |
| 数据分析 | GraphPad Prism 9.5 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本采集 | 样本类型包括宫颈管、后穹窿、腹水和子宫内膜;需核对采集方法(拭子、灌洗)和储存条件 阅读提示:样本采集部分 |
| 16S rRNA测序 | 测序平台、引物区域(V3-V4)、质量控制参数、差异丰度分析方法及阈值 阅读提示:方法中的“Microbial DNA extraction and 16S rRNA gene sequencing”和“Bioinformatic analysis” |
| 共培养实验 | 细菌菌株、细胞系、共培养时间(48h)、细胞密度(5×10^3/孔)、细菌浓度(1×10^8 CFU/mL) 阅读提示:方法中的“Bacterial culture and preparation”和“Cell-bacteria co-culture” |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒及其货号,检测波长(450nm) 阅读提示:方法中的“Cell viability assessment” |
| 转录组分析 | RNA-seq平台、比对软件、差异表达阈值(FDR<0.05, |log2FC|>1)、富集分析方法 阅读提示:方法中的“Transcriptome sequencing and analysis” |
| qRT-PCR验证 | 引物序列(补充表S1)、内参基因(GAPDH)、计算方法(2^-ΔΔCt) 阅读提示:方法中的“Quantitative real-time PCR (qRT-PCR) validation” |
| ELISA验证 | ELISA试剂盒品牌及货号、检测蛋白(ADH1B, MYOM1, PTGFR, ACLY, CEBPB, SERPINE1, S100A1, CKS1B) 阅读提示:方法中的“Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA)” |