使用DSP介导的交联在HEK293T培养细胞中检测RHIM蛋白寡聚复合物形成的方案

Protocol for the detection of RHIM-protein oligomeric complex formation using DSP-mediated crosslinking in HEK293T cultured cells.

作者信息Sanchita Mishra, Ayushi Amin Dey, Sannula Kesavardhana
PMID41201915
发布时间2025-12-19
DOI10.1016/j.xpro.2025.104190

实验完整度

方案包含细胞培养、转染、DSP交联、亚细胞分级、SDS-PAGE和免疫印迹,并用突变体验证RHIM依赖性,但主要为方法学描述,功能验证有限。

主要模型

HEK293T细胞

重点核对

细胞系:HEK293T(人胚肾细胞) 转染试剂:Xfect,用量按质粒DNA量(0.3 μL/μg) DSP交联浓度:2 mM 裂解缓冲液:NP-40 HEPES缓冲液,含蛋白酶和磷酸酶抑制剂 检测抗体:抗Strep-Tag、抗HA-Tag、抗ZBP1(均为1:1000)

摘要

含有RIP同型相互作用基序(RHIM)的蛋白质可以通过RHIM-RHIM相互作用组装成高阶结构。在此,我们提出了一种检测RHIM蛋白寡聚化的方案,该过程对细胞死亡和炎症信号传导至关重要。我们描述了在HEK293T细胞中表达RHIM蛋白、交联其寡聚体以及通过免疫印迹分析检测它们的步骤。该方案可促进基于RHIM的寡聚化及其在调节细胞死亡和炎症中作用的研究。有关该方案的使用和执行的完整细节,请参阅Mishra等人的文献1。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
如何在细胞水平检测RHIM蛋白(如ZBP1、RIPK3和病毒Nsp13)的寡聚化?
核心机制
RHIM-RHIM相互作用介导RHIM蛋白组装成高阶寡聚体,DSP交联可稳定这些复合物。
主要证据
在HEK293T细胞中共表达ZBP1和RIPK3可增强ZBP1的NP40不溶性寡聚体;共表达Nsp13与ZBP1或RIPK3可增强其高阶寡聚体形成;Nsp13-Tet突变体(VQIG→AAAA)降低ZBP1寡聚体形成,表明RHIM依赖性。
研究意义
该方案可用于研究RHIM蛋白寡聚化在细胞死亡和炎症中的调节作用,以及宿主与病毒RHIM蛋白之间的相互作用。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

细胞培养和转染

在HEK293T细胞中表达宿主和病毒RHIM蛋白

HEK293T细胞以指定密度接种于35mm或100mm培养皿,孵育20-24小时后,使用Xfect试剂转染表达Nsp13、ZBP1和RIPK3的质粒。

2

细胞裂解和DSP交联

稳定RHIM蛋白间的相互作用并捕获寡聚复合物

转染后约28-30小时,用含2 mM DSP的NP-40 HEPES裂解缓冲液裂解细胞,冰上孵育45分钟,然后加入终止液终止交联。

3

样品制备和分离

将交联后的裂解物分为可溶和不溶性组分,以分析寡聚体性质

离心交联裂解物,收集上清和沉淀,分别用含或不含BME的样品缓冲液制备,并于95°C煮沸5-10分钟。

4

SDS-PAGE和免疫印迹

检测并分析RHIM蛋白的寡聚体

使用8% SDS-PAGE凝胶分离样品,半干转印至PVDF膜,分别用抗Strep-Tag、抗HA-Tag和抗ZBP1抗体孵育,再用HRP标记的二抗检测。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

细胞培养和转染
蛋白交联
蛋白分离和检测

产品清单

实验环节名称品牌货号
胎牛血清Thermo Fisher Scientific10270106
青霉素-链霉素Thermo Fisher Scientific15240062
胰蛋白酶(2.5%),无酚红Thermo Fisher Scientific15090046
Xfect转染试剂Takara Bio631318
Opti-MEM培养基Thermo Fisher Scientific31985070
HEPES(1 M)Thermo Fisher Scientific15630080
NP-40替代物Millipore492016
磷酸酶抑制剂PhosSTOPSigma-AldrichPHOSSRO
cOmplete Mini EDTA-free蛋白酶抑制剂混合物Sigma-Aldrich11836170001
甘油Sigma-AldrichG5516
溴酚蓝Sigma-AldrichB0126
十二烷基硫酸钠Sigma-AldrichL3771
PVDF转印膜Cytiva10600023
Immobilon Forte Western HRP底物MilliporeWBLUF0500
抗ZBP1抗体AdipoGen Life SciencesAG-20B-0010-C100
抗Strep标签抗体QIAGEN34850
抗HA标签抗体Invitrogen26183
辣根过氧化物酶标记的兔抗小鼠IgGJackson ImmunoResearch315-035-047

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞培养和转染
细胞密度、传代数、转染试剂Xfect的用量和孵育时间
阅读提示:Materials and equipment, Step-by-step method details 步骤1
交联
DSP工作浓度(2 mM)、裂解缓冲液组成、裂解时间
阅读提示:Step-by-step method details 步骤3和4
样品制备
离心条件(6000 ×g, 15-20分钟)、样品缓冲液还原剂(BME)使用
阅读提示:Step-by-step method details 步骤5-9
SDS-PAGE和免疫印迹
凝胶浓度(8%)、上样量、电泳条件、转印条件、抗体稀释度
阅读提示:Step-by-step method details 步骤10-17