验证TRAF3IP2-AS1表达及氧化应激调控
探究TRAF3IP2-AS1在HCC组织和细胞中的表达及其是否受氧化应激调控。
qRT-PCR检测HCC组织、细胞系中TRAF3IP2-AS1水平;用H2O2和RSV处理细胞后检测表达变化。
Downregulated TRAF3IP2-AS1 promotes hepatocellular carcinoma progression through the miR-374a-5p/SEL1L1/RPL6 axis to enhance DNA damage repair.
包含体外细胞功能实验、双荧光素酶报告、Co-IP、泛素化检测、小鼠原位瘤模型及临床样本验证,涵盖机制与功能验证。
HepG2和Huh7细胞系 L02正常肝细胞系 小鼠HepG2原位肝癌模型 临床HCC及癌旁组织
氧化应激处理(H2O2 200 μM,24h)和抗氧化剂RSV(10 μM)验证TRAF3IP2-AS1表达变化 miR-374a-5p mimics/inhibitor及SEL1L/RPL6过表达或敲低对细胞增殖、迁移、侵袭的影响 双荧光素酶报告实验验证miR-374a-5p与SEL1L 3'-UTR结合 Co-IP和泛素化实验检测SEL1L与RPL6互作及RPL6降解 小鼠原位肝癌模型中通路干预对肿瘤体积、重量和血清AFP的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究TRAF3IP2-AS1在HCC组织和细胞中的表达及其是否受氧化应激调控。
qRT-PCR检测HCC组织、细胞系中TRAF3IP2-AS1水平;用H2O2和RSV处理细胞后检测表达变化。
确定TRAF3IP2-AS1是否通过负调控miR-374a-5p影响HCC细胞增殖、迁移和侵袭。
在HepG2和Huh7细胞中过表达或敲低TRAF3IP2-AS1,并联合miR-374a-5p mimics,检测EdU阳性率、迁移和侵袭细胞数。
证实SEL1L是miR-374a-5p的直接靶基因。
通过qRT-PCR和western blot检测miR-374a-5p mimics/inhibitor对SEL1L表达的影响;双荧光素酶报告实验验证结合;ChIP实验检测结合。
确定miR-374a-5p对HCC细胞增殖、迁移和侵袭的作用是否依赖于抑制SEL1L。
在miR-374a-5p mimics或inhibitor处理的同时,过表达或敲低SEL1L,检测细胞功能变化。
探究TRAF3IP2-AS1/miR-374a-5p/SEL1L轴对SEL1L与RPL6相互作用及RPL6泛素降解的影响。
Co-IP检测SEL1L和RPL6的相互作用;泛素化实验检测RPL6泛素化水平;CHX追踪实验检测RPL6半衰期。
确定TRAF3IP2-AS1/miR-374a-5p/SEL1L/RPL6通路是否通过调节DDR影响HCC细胞功能。
western blot检测DDR标志物p-ATM、ATM、γH2AX表达;EdU、Transwell实验检测细胞增殖、迁移和侵袭。
在小鼠原位HCC模型中验证TRAF3IP2-AS1/miR-374a-5p/SEL1L/RPL6通路对肿瘤进展和DDR的影响。
构建小鼠原位HCC模型,分组干预后测量肿瘤体积、重量、血清AFP;检测组织中通路分子表达和DDR标志物;IHC检测增殖迁移侵袭标志物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 11965092 |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | 10091 | |
| 细胞处理 | 二甲基亚砜 | Sigma Aldrich | 67-68-5 |
| 过氧化氢 | Sigma Aldrich | 31642 | |
| 白藜芦醇 | Sigma Aldrich | 501-36-0 | |
| 质粒构建 | HA标签载体 | Addgene | 55182 |
| Flag标签载体 | Addgene | 55180 | |
| pmirGLO载体 | YouBio | VT1439 | |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 11668019 | |
| miR-374a-5p模拟物 | MedChemExpress | HY-R00829 | |
| miR-374a-5p抑制剂 | Thermo Fisher Scientific | AM17000 | |
| SEL1L siRNA | Origene | SR304313 | |
| pcDNA3.1-SEL1L质粒 | GenScript | OHu19523 | |
| RPL6 siRNA | Thermo Fisher Scientific | AM16708 | |
| RNA提取与qRT-PCR | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | 15596026 |
| SuperScript II逆转录酶 | Thermo Fisher Scientific | 18064022 | |
| SYBR Green实时定量PCR预混液 | Thermo Fisher Scientific | 4309155 | |
| 细胞增殖检测 | Cell-Light EdU Apollo567体外检测试剂盒 | Guangzhou RiboBio | C10310-1 |
| DAPI染色液 | Beyotime | C1002 | |
| 细胞迁移检测 | Transwell小室 | Corning | 3422 |
| 细胞染色 | 结晶紫 | Beyotime | C0121 |
| 细胞侵袭检测 | 基质胶 | Corning | 356234 |
| Western blot | PVDF膜 | -- | -- |
| 抗SEL1L抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-377350 | |
| 抗p-ATM抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA1-2020 | |
| 抗ATM抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA5-32063 | |
| 抗γH2AX抗体 | Cell Signaling Technology | 2595 | |
| 抗RPL6抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-30217 | |
| 抗GAPDH抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-47724 | |
| 抗β-actin抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-47778 | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Proteintech | SA00001-1 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Proteintech | SA00001-2 | |
| 增强化学发光试剂 | Thermo Fisher Scientific | 34580 | |
| 双荧光素酶报告 | 双荧光素酶报告系统 | Promega | E1910 |
| ChIP | 磁珠ChIP试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 26157 |
| 免疫沉淀 | HA-泛素质粒 | Addgene | 18712 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Abcam | ab271306 | |
| 蛋白G琼脂糖珠 | Santa Cruz Biotechnology | sc-2002 | |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Laboratory Animal Center of Soochow University | -- |
| 血清AFP检测 | 小鼠AFP ELISA试剂盒 | R&D Systems | MAFP00 |
| 免疫组织化学 | 抗PCNA抗体 | Abcam | ab29 |
| 抗F-actin抗体 | Abcam | ab205 | |
| 抗β1整合素抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-9970 | |
| 生物素化山羊抗小鼠IgG | Thermo Fisher Scientific | 31800 | |
| 生物素化山羊抗兔IgG | Thermo Fisher Scientific | 65-6140 | |
| HRP-链霉亲和素复合物 | Abcam | ab64269 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | 细胞系来源(L02, HepG2, Huh7);培养基(DMEM+10%FBS);H2O2浓度(200 μM)和处理时间(24h);RSV浓度(10 μM)和处理时间(24h) 阅读提示:Materials and Methods中的Cell culture and treatment |
| 质粒转染 | 转染试剂(Lipofectamine 2000);各质粒或siRNA的转染浓度(如TRAF3IP2-AS1 40 μg, miR-374a-5p mimics 50 nM, inhibitor 100 nM, SEL1L siRNA 10 nM, pcDNA3.1-SEL1L 1 μg);转染时间(24h) 阅读提示:Materials and Methods中的Plasmid construction and transfection |
| 细胞功能检测 | EdU实验细胞密度(1×10^4)和处理时间(24h);Transwell迁移实验细胞密度(1×10^4)和培养时间(24h);侵袭实验Matrigel稀释比例(1:6)和凝固时间(2h) 阅读提示:Materials and Methods中的Cell proliferation assay、Transwell migration assay和Transwell Matrigel invasion assays |
| Western blot | 蛋白上样量(50 μg/lane);一抗稀释比例(如anti-SEL1L 1:50)或浓度(1 µg/ml);二抗稀释比例(1:4000);封闭条件(5%脱脂牛奶、室温1h) 阅读提示:Materials and Methods中的Western blot |
| 蛋白互作与泛素化检测 | IP抗体使用(anti-SEL1L或anti-RPL6,1:100稀释);HA-Ub转染量(1 μg);MG132使用(用于泛素化实验);CHX浓度(20 pg/ml)和处理时间(24h) 阅读提示:Materials and Methods中的Immunoprecipitation和Cycloheximide chase assay |
| 动物实验 | 小鼠品系(BALB/c nude)、年龄(5-6周)、体重(16±2g);细胞注射量(2×10^6细胞/200 μL);肿瘤测量公式(长×宽^2/2);观察时间(28天) 阅读提示:Materials and Methods中的Mouse xenograft model of HepG2 cells和Figure 8 legend |