微生物代谢物氨通过破坏TGF-β信号通路促进结肠癌

Microbial metabolite ammonia disrupts TGF-β signaling to promote colon cancer.

作者信息Krishanu Bhowmick, Xiaochun Yang, Taj Mohammad, Xiyan Xiang, Christine L Molmenti, Bibhuti Mishra, Srinivasan Dasarathy, Adrian R Krainer, Md Imtaiyaz Hassan, Keith A Crandall, Lopa Mishra
PMID40311681
发布时间2025-06
DOI10.1016/j.jbc.2025.108559

实验完整度

包含AlphaFold分子对接模拟、细胞实验(HCT116、SW480、Caco-2)、siRNA敲低、RNA-seq、免疫印迹、免疫荧光、免疫共沉淀及临床样本分析等多个独立证据层级。

主要模型

HCT116人结肠癌细胞系 SW480人结肠癌细胞系 Caco-2人结肠癌细胞系 肥胖TGF-β驱动的癌症小鼠模型(OTM,Aldh2-/-Sptbn1+/-)

重点核对

氨处理浓度:1、5、10 mM NH4Cl TGF-β处理浓度:200 pM siSPTBN1敲低效率:约80% 样本量:OTM小鼠n=14,WT小鼠n=7 蛋白磷酸化水平检测:p-SMAD3/SMAD3比值

摘要

结直肠癌(CRC)在年轻人群中的发病率正在惊人地上升,可能源于肥胖、促炎性肠道微生物组以及有毒代谢物积累等因素。然而,诸如氨等代谢物如何影响关键信号通路以促进CRC仍不清楚。我们的研究探讨了肠道微生物组改变、氨及其对转化生长因子β(TGF-β)信号通路的有毒影响之间的关键联系,从而驱动CRC进展。我们在肥胖诱导的癌症小鼠模型中观察到微生物种群改变,其中氨促进caspase-3介导的SMAD3衔接蛋白βII-血影蛋白(SPTBN1)的切割。切割的SPTBN1片段与氨形成加合物,诱导促炎细胞因子表达并破坏TGF-β信号传导。从AlphaFold对接模拟延伸,我们确定了氨与N端SPTBN1可能通过残基D81、Y556、S663、Y666、N986和D1177相互作用形成氢键,从而破坏下游SMAD3信号传导,将TGF-β信号转变为促肿瘤生成表型。通过SPTBN1特异性siRNA阻断SPTBN1,可阻断氨毒性并通过减少SW480和Caco-2(CRC)细胞系中SPTBN1切割片段的丰度来恢复正常的SMAD3/TGF-β信号传导。此外,我们的研究建立了TGF-β信号传导与微生物传感器癌胚抗原相关细胞粘附分子1(CEACAM1)之间的串扰,后者在CRC患者中显著过表达。我们确定了CEACAM1胞质域免疫受体酪氨酸抑制基序内特定残基(E517和Y520)处的CEACAM1-SPTBN1相互作用,确定了一个可能被改变的微生物组利用的潜在轴。我们的研究提供了关于微生物代谢物如何靶向TGF-β作为主要信号通路以促进CRC的机制见解。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
微生物代谢物氨如何通过影响TGF-β信号通路促进结直肠癌的发生?
核心机制
氨通过激活caspase-3导致SMAD3衔接蛋白SPTBN1切割,切割的SPTBN1片段与氨形成加合物,破坏TGF-β-SMAD3信号传导,使信号转向促肿瘤生成表型。CEACAM1通过其胞质域ITIM基序与SPTBN1相互作用,促进氨介导的信号破坏。
主要证据
AlphaFold对接显示氨与SPTBN1多个残基结合;Western blot证实氨剂量依赖地诱导SPTBN1切割并降低p-SMAD3水平;siRNA敲低SPTBN1可阻断氨毒性并恢复SMAD3磷酸化和核定位;临床样本分析显示高CEACAM1表达与SMAD3突变共现且预后更差。
研究意义
研究揭示βII-血影蛋白和CEACAM1是CRC治疗的潜在分子靶点,通过恢复正常TGF-β信号传导可能抑制癌症进展。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

临床样本生存分析

评估TGF-β通路基因改变对CRC患者预后的影响

利用cBioportal分析348例CRC患者(Sidra-LUMC AC-ICAM队列)中SPTBN1、SMAD3、SMAD4基因改变与总生存期的关系,并进行共发生分析。

2

小鼠模型肠道菌群分析

比较肥胖TGF-β驱动小鼠与野生型小鼠的肠道微生物组成差异

对HFD喂养的OTM小鼠(Aldh2-/-Sptbn1+/-)和WT小鼠的粪便样本进行宏基因组测序,分析门、科、种水平和性别差异。

3

氨与SPTBN1的分子对接模拟

预测氨与SPTBN1的相互作用位点

使用AlphaFold结构数据和分子对接模拟氨与N端SPTBN1(M1-D1454)的结合,分析相互作用残基。

4

细胞实验验证氨对SPTBN1切割和TGF-β信号的影响

验证氨是否诱导SPTBN1切割并影响SMAD3磷酸化

用不同浓度NH4Cl处理HCT116细胞,Western blot检测SPTBN1切割和caspase-3活性;用NH4Cl和TGF-β处理SW480细胞,检测p-SMAD3水平。

5

SPTBN1过表达和敲低实验

明确SPTBN1(尤其N端片段)在氨毒性中的作用

在SW480细胞中过表达N-SPTBN1或用siSPTBN1敲低SPTBN1,检测p-SMAD3水平和SMAD3亚细胞定位。

6

RNA-seq分析

分析氨和TGF-β处理对基因表达的影响

对经NH4Cl和TGF-β处理的HCT116细胞,以及siSPTBN1或siControl处理的SW480细胞进行RNA测序,分析TGF-β/SMAD3调节基因的表达变化。

7

CEACAM1与SPTBN1相互作用验证

验证CEACAM1与SPTBN1是否发生物理相互作用并定位其结合位点

通过AlphaFold预测和分子对接模拟SPTBN1与CEACAM1胞质域(453-526氨基酸)的结合,并用免疫共沉淀实验验证。

8

CEACAM1突变体功能分析

确定CEACAM1胞质域是否参与氨介导的TGF-β信号破坏

在SW480细胞中过表达CEACAM1-FL或缺失ITIM基序的CEACAM1-ΔC突变体,经NH4Cl和TGF-β处理后检测p-SMAD3和SPTBN1切割水平。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
高脂饮食----
DMEM/F12培养基----
胎牛血清----
链霉素-青霉素----
氯化铵----
转化生长因子-β----
Lipofectamine RNAiMAX转染试剂Thermo Fisher13778150
SPTBN1 siRNADharmacon--
PureLink RNA小提试剂盒Invitrogen--
Nextera XT DNA文库制备试剂盒IlluminaFC-131-1096
Mid Output v2.5(300循环)试剂盒Illumina20024905
NextSeq 500测序仪Illumina--
抗SPTBN1抗体in-house--
抗pSMAD3抗体Cell Signaling9520
抗SMAD3抗体Cell Signaling9523
抗Caspase3抗体Proteintech19677-1-AP
抗CEACAM1抗体Santa Cruzsc-166453
抗GAPDH抗体Santa Cruzsc-32233
cOmplete蛋白酶抑制剂Sigma-Aldrich4906845001
磷酸酶抑制剂混合物Sigma-Aldrich11836170001
SuperSignal West Pico PLUS化学发光底物Thermo Fisher34577
Azure Biosystem 300成像系统----
蛋白A/G混合磁珠MilliporeSigmaLSKMAGAG02
兔IgGCell Signaling2729
Alexa Fluor 488偶联抗兔二抗----
Alexa Fluor 568偶联抗鼠二抗----
DAPI----
Zeiss LSM880共聚焦显微镜Zeiss--
pENTER-CMV-His-SPTBN1v1质粒Charles River--
pCMV3-SP-FLAG-CEACAM1质粒Sino BiologicalHG10822-NF
NEB试剂NEBE0554S
ChemBioDraw Ultra 14.0软件----
InstaDock v1.1软件----
PyMOL软件----
HDOCK服务器----
c-QUARK软件----
PyPAN软件----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
临床样本分析
CRC患者队列(Sidra-LUMC AC-ICAM)样本量n=348;SPTBN1/SMAD3杂合缺失定义;CEACAM1蛋白表达分组阈值
阅读提示:Methods中Data analysis部分
小鼠模型
小鼠基因型(Aldh2-/-Sptbn1+/-);饮食方案(HFD vs 对照)及喂养时长(16周);小鼠年龄(12周龄);粪便样本量(OTM n=14,WT n=7)
阅读提示:Methods中Microbiome DNA extraction部分
细胞培养和处理
细胞系(SW480、Caco-2、HCT116);培养基(DMEM/F12 + 10% FBS + 1% 双抗);氨处理浓度(1、5、10 mM NH4Cl);TGF-β浓度(200 pM);处理时间(NH4Cl 24h,TGF-β 1h)
阅读提示:Methods中Cell culture, transfection, and siRNA-mediated silencing部分
SPTBN1敲低
siRNA序列(siSPTBN1#1-#4);转染试剂(Lipofectamine RNAiMAX);敲低效率(80%)
阅读提示:Methods中Cell culture, transfection, and siRNA-mediated silencing部分
蛋白检测
抗体信息(anti-pSMAD3 #9520, anti-SMAD3 #9523等);裂解缓冲液成分;p-SMAD3/SMAD3比值定量方法
阅读提示:Methods中Immunoblotting and immunoprecipitation analyses部分
分子对接
AlphaFold结构(Q01082);氨结构;搜索空间中心坐标;CEACAM1胞质域(453-526氨基酸)
阅读提示:Methods中AlphaFold 2 protein modeling部分