临床样本生存分析
评估TGF-β通路基因改变对CRC患者预后的影响
利用cBioportal分析348例CRC患者(Sidra-LUMC AC-ICAM队列)中SPTBN1、SMAD3、SMAD4基因改变与总生存期的关系,并进行共发生分析。
Microbial metabolite ammonia disrupts TGF-β signaling to promote colon cancer.
包含AlphaFold分子对接模拟、细胞实验(HCT116、SW480、Caco-2)、siRNA敲低、RNA-seq、免疫印迹、免疫荧光、免疫共沉淀及临床样本分析等多个独立证据层级。
HCT116人结肠癌细胞系 SW480人结肠癌细胞系 Caco-2人结肠癌细胞系 肥胖TGF-β驱动的癌症小鼠模型(OTM,Aldh2-/-Sptbn1+/-)
氨处理浓度:1、5、10 mM NH4Cl TGF-β处理浓度:200 pM siSPTBN1敲低效率:约80% 样本量:OTM小鼠n=14,WT小鼠n=7 蛋白磷酸化水平检测:p-SMAD3/SMAD3比值
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估TGF-β通路基因改变对CRC患者预后的影响
利用cBioportal分析348例CRC患者(Sidra-LUMC AC-ICAM队列)中SPTBN1、SMAD3、SMAD4基因改变与总生存期的关系,并进行共发生分析。
比较肥胖TGF-β驱动小鼠与野生型小鼠的肠道微生物组成差异
对HFD喂养的OTM小鼠(Aldh2-/-Sptbn1+/-)和WT小鼠的粪便样本进行宏基因组测序,分析门、科、种水平和性别差异。
预测氨与SPTBN1的相互作用位点
使用AlphaFold结构数据和分子对接模拟氨与N端SPTBN1(M1-D1454)的结合,分析相互作用残基。
验证氨是否诱导SPTBN1切割并影响SMAD3磷酸化
用不同浓度NH4Cl处理HCT116细胞,Western blot检测SPTBN1切割和caspase-3活性;用NH4Cl和TGF-β处理SW480细胞,检测p-SMAD3水平。
明确SPTBN1(尤其N端片段)在氨毒性中的作用
在SW480细胞中过表达N-SPTBN1或用siSPTBN1敲低SPTBN1,检测p-SMAD3水平和SMAD3亚细胞定位。
分析氨和TGF-β处理对基因表达的影响
对经NH4Cl和TGF-β处理的HCT116细胞,以及siSPTBN1或siControl处理的SW480细胞进行RNA测序,分析TGF-β/SMAD3调节基因的表达变化。
验证CEACAM1与SPTBN1是否发生物理相互作用并定位其结合位点
通过AlphaFold预测和分子对接模拟SPTBN1与CEACAM1胞质域(453-526氨基酸)的结合,并用免疫共沉淀实验验证。
确定CEACAM1胞质域是否参与氨介导的TGF-β信号破坏
在SW480细胞中过表达CEACAM1-FL或缺失ITIM基序的CEACAM1-ΔC突变体,经NH4Cl和TGF-β处理后检测p-SMAD3和SPTBN1切割水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 高脂饮食 | -- | -- |
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 链霉素-青霉素 | -- | -- | |
| 药物处理 | 氯化铵 | -- | -- |
| 转化生长因子-β | -- | -- | |
| siRNA转染 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Thermo Fisher | 13778150 |
| SPTBN1 siRNA | Dharmacon | -- | |
| RNA提取 | PureLink RNA小提试剂盒 | Invitrogen | -- |
| RNA-seq | Nextera XT DNA文库制备试剂盒 | Illumina | FC-131-1096 |
| Mid Output v2.5(300循环)试剂盒 | Illumina | 20024905 | |
| NextSeq 500测序仪 | Illumina | -- | |
| Western blot | 抗SPTBN1抗体 | in-house | -- |
| 抗pSMAD3抗体 | Cell Signaling | 9520 | |
| 抗SMAD3抗体 | Cell Signaling | 9523 | |
| 抗Caspase3抗体 | Proteintech | 19677-1-AP | |
| 抗CEACAM1抗体 | Santa Cruz | sc-166453 | |
| 抗GAPDH抗体 | Santa Cruz | sc-32233 | |
| cOmplete蛋白酶抑制剂 | Sigma-Aldrich | 4906845001 | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | 11836170001 | |
| SuperSignal West Pico PLUS化学发光底物 | Thermo Fisher | 34577 | |
| Azure Biosystem 300成像系统 | -- | -- | |
| 免疫共沉淀 | 蛋白A/G混合磁珠 | MilliporeSigma | LSKMAGAG02 |
| 兔IgG | Cell Signaling | 2729 | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 488偶联抗兔二抗 | -- | -- |
| Alexa Fluor 568偶联抗鼠二抗 | -- | -- | |
| DAPI | -- | -- | |
| Zeiss LSM880共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| 质粒构建 | pENTER-CMV-His-SPTBN1v1质粒 | Charles River | -- |
| pCMV3-SP-FLAG-CEACAM1质粒 | Sino Biological | HG10822-NF | |
| NEB试剂 | NEB | E0554S | |
| 分子对接 | ChemBioDraw Ultra 14.0软件 | -- | -- |
| InstaDock v1.1软件 | -- | -- | |
| PyMOL软件 | -- | -- | |
| HDOCK服务器 | -- | -- | |
| c-QUARK软件 | -- | -- | |
| PyPAN软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | CRC患者队列(Sidra-LUMC AC-ICAM)样本量n=348;SPTBN1/SMAD3杂合缺失定义;CEACAM1蛋白表达分组阈值 阅读提示:Methods中Data analysis部分 |
| 小鼠模型 | 小鼠基因型(Aldh2-/-Sptbn1+/-);饮食方案(HFD vs 对照)及喂养时长(16周);小鼠年龄(12周龄);粪便样本量(OTM n=14,WT n=7) 阅读提示:Methods中Microbiome DNA extraction部分 |
| 细胞培养和处理 | 细胞系(SW480、Caco-2、HCT116);培养基(DMEM/F12 + 10% FBS + 1% 双抗);氨处理浓度(1、5、10 mM NH4Cl);TGF-β浓度(200 pM);处理时间(NH4Cl 24h,TGF-β 1h) 阅读提示:Methods中Cell culture, transfection, and siRNA-mediated silencing部分 |
| SPTBN1敲低 | siRNA序列(siSPTBN1#1-#4);转染试剂(Lipofectamine RNAiMAX);敲低效率(80%) 阅读提示:Methods中Cell culture, transfection, and siRNA-mediated silencing部分 |
| 蛋白检测 | 抗体信息(anti-pSMAD3 #9520, anti-SMAD3 #9523等);裂解缓冲液成分;p-SMAD3/SMAD3比值定量方法 阅读提示:Methods中Immunoblotting and immunoprecipitation analyses部分 |
| 分子对接 | AlphaFold结构(Q01082);氨结构;搜索空间中心坐标;CEACAM1胞质域(453-526氨基酸) 阅读提示:Methods中AlphaFold 2 protein modeling部分 |