体外激酶活性及靶点结合评价
验证BMS-986408对DGKα/ζ的抑制活性及直接结合。
使用重组DGKα/ζ进行生化激酶实验测定IC50;采用NanoBRET和CETSA验证细胞内靶点结合;检测化合物诱导的DGK膜转位和蛋白降解。
Discovery of BMS-986408, a First-In-Class Dual DGKα and DGKζ Inhibitor that Unleashes PD-1 Checkpoint and CAR T-cell Immunotherapies.
包含生化激酶实验、细胞靶点结合与降解实验、CRISPR碱基编辑结合位点鉴定、多个同基因肿瘤模型体内药效、NSCLC患者样本分析及CAR T细胞模型等多层级验证。
Jurkat T细胞系 MC38、CT26和SA1N同基因小鼠肿瘤模型 NSCLC患者来源的类器官样肿瘤球(PDOTS) CD19 CAR T细胞体内模型(Raji和Nalm6异种移植)
BMS-986408剂量(0.3 mg/kg QD)及给药方式(口服) 抗PD-1抗体剂量(10 mg/kg,每4天一次,共3次) 细胞系来源(ATCC等)及培养条件 NSCLC患者样本处理(PDOTS生成及药物浓度0.3 μmol/L) CAR T细胞模型所用细胞系(Raji、Nalm6)及接种量
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证BMS-986408对DGKα/ζ的抑制活性及直接结合。
使用重组DGKα/ζ进行生化激酶实验测定IC50;采用NanoBRET和CETSA验证细胞内靶点结合;检测化合物诱导的DGK膜转位和蛋白降解。
确定BMS-986408在DGKα/ζ上的结合位点。
利用CRISPR碱基编辑筛选抗性突变,结合AlphaFold模型和诱导契合对接预测结合口袋;通过生化实验确认DAG竞争性抑制。
评估BMS-986408对T细胞激活和效应功能的影响。
通过人全血中pERK和IL2检测、小鼠OT-1 T细胞增殖和IL2产生、NY-ESO-1 T细胞杀伤实验等检测T细胞功能增强。
验证BMS-986408与PD-1抑制剂联合的抗肿瘤效果。
在MC38、CT26、SA1N模型中评估单药及联合治疗的肿瘤生长抑制和完全缓解率;分析肿瘤和引流淋巴结中T细胞应答。
确立BMS-986408/PD-1联合在NSCLC中的临床转化依据。
分析NSCLC患者肿瘤中DGKα/ζ表达(scRNA-seq和多重免疫荧光);利用PDOTS培养检测药物处理后的细胞因子分泌。
评估BMS-986408对CAR T细胞治疗的功能改善作用。
在Raji和Nalm6异种移植模型中比较BMS-986408与DGK基因敲除CAR T细胞的疗效;体外模拟慢性刺激和缺乏共刺激条件检测CAR T功能。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| McCoy 5A培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞工程 | FuGENE HD转染试剂盒 | Promega | -- |
| 基因编辑 | Alt-R S.p. HiFi Cas9核酸酶V3 | Integrated DNA Technologies | -- |
| DNA-PK抑制剂M3814 | MedChemExpress | -- | |
| NucleoSpin血液中提试剂盒 | Machery Nagel | 740954.20 | |
| 生化实验 | D4-二油酰二酰甘油 | Avanti Polar Lipids | -- |
| 二油酰磷脂酸 | Avanti Polar Lipids | -- | |
| 蛋白检测 | 抗人DGKα抗体 | Abcam | ab243647 |
| 抗人DGKζ抗体 | Abcam | ab239081 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 8457 | |
| 流式细胞术 | 活力染料 | Thermo Fisher Scientific | L34976 |
| UltraComp补偿微球 | Thermo Fisher Scientific | 01-2222-42 | |
| 体内实验 | 抗小鼠PD-1抗体 | Bristol Myers Squibb | -- |
| 小鼠IgG1同型对照 | Bio X Cell | BE0083 | |
| RNA-seq | RNeasy Plus微量提取试剂盒 | Qiagen | -- |
| NEBNext Ultra II定向RNA文库制备试剂盒 | New England Biolabs | -- | |
| 患者样本处理 | IV型胶原酶 | Thermo Fisher Scientific | 17104019 |
| 脱氧核糖核酸酶I | Roche | 10104159001 | |
| CAR T生产 | CliniMACS Plus细胞分选系统 | Miltenyi Biotec | -- |
| CAR T检测 | Cellometer Auto 2000计数仪 | Nexcelom Biosciences | -- |
| 细胞毒性检测 | Incucyte S3活细胞分析系统 | Sartorius | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体外激酶实验 | 重组DGKα/ζ来源、ATP浓度、底物DAG浓度、化合物浓度范围 阅读提示:Materials and Methods: Biochemical and cellular DGK lipid kinase assays; PhosphoSens DAG phosphorylation lipid kinase assay |
| 细胞靶点结合与降解 | 细胞系(Jurkat或HEK293A)、化合物处理时间与浓度、检测方法(NanoBRET、CETSA、Western blot) 阅读提示:Materials and Methods: Nanoluciferase bioluminescence resonance energy transfer DGK target engagement assay; DGK cellular thermal shift assay; Western blotting of DGK degradation |
| T细胞功能实验 | T细胞来源、刺激条件(anti-CD3浓度)、化合物浓度、检测指标(pERK、IL2、增殖) 阅读提示:Materials and Methods: Whole blood DGK potentiation assay; Chicken egg white albumin cross-presentation assay; NY-ESO-1 T-cell tumor killing assay |
| 同基因肿瘤模型 | 小鼠品系与年龄、肿瘤细胞系及接种量、给药方案(剂量、频率、途径)、评估指标(肿瘤体积、CR) 阅读提示:Materials and Methods: Syngeneic mouse tumor model efficacy study; Murine tumor model studies; Figure 3 |
| NSCLC患者样本 | 患者样本来源与数量、PDOTS生成方法、药物浓度(BMS-986408 250 nmol/L,nivolumab 100 μg/mL)、处理时间、细胞因子检测 阅读提示:Materials and Methods: NSCLC patient-derived organotypic tumor spheroid generation, cytokine analysis, and flow cytometry; Figure 5 |
| CAR T模型 | CAR T细胞构建方法、慢性刺激条件、3D共培养靶细胞系、体内模型(Raji或Nalm6)、BMS-986408剂量(0.3 mg/kg QD) 阅读提示:Materials and Methods: CAR T-cell generation; CAR T-cell chronic stimulation and proliferation assay; CAR T-cell 3D spheroid cytotoxicity assay; Raji and Nalm6 in vivo study |