原发性纤毛和TULP3依赖的ACE2纤毛靶向在SARS-CoV-2嗜性中的作用

Primary cilium and TULP3-dependent ciliary targeting of ACE2 in SARS-CoV-2 tropism.

作者信息Yun Hong Du, Wai Lam Tung, Ho Hoi Wu, Xuewen Hong, Alexis Shiying Huang, Run Huang, Zecheng Zhang, Qian-Yuan Tang, Bor Luen Tang, Xing-Lou Yang, Ruklanthi de Alwis, Chee Wah Tan, Catherine Hong Huan Hor
PMID41316318
发布时间2025-11-28
DOI10.1186/s12964-025-02519-y

实验完整度

包含多种证据层级:临床样本转录组分析、细胞模型功能验证、共定位与互作实验、结构预测、基因敲低及假病毒感染实验。

主要模型

A549人肺癌细胞系 hTERT-RPE1人视网膜色素上皮细胞系 SH-SY5Y人神经母细胞瘤细胞系 人iPSC来源神经祖细胞

重点核对

TULP3敲低效率约60% 假病毒感染实验采用MOI 3-5包装,感染时polybrene浓度10 μg/mL,感染4小时后换液再培养12小时 ARL13B和IFT88敲低导致A549细胞纤毛形成率分别降低约50%和60% SARS-CoV-2假病毒变异株包括祖先型、Delta和Omicron BA.5 细胞血清饥饿48小时诱导纤毛形成

摘要

背景:病毒通过结合宿主细胞表面的特定受体启动感染。虽然表面受体ACE2介导SARS-CoV-2的进入,但亚细胞运输的精确作用,特别是初级纤毛运输在病毒进入中的确切参与,在很大程度上仍未解决。方法:我们使用体外人类细胞模型和SARS-CoV-2假病毒来阐明病毒附着和宿主细胞进入机制。机制研究采用多维方法,结合流式细胞术分析、共免疫荧光和共聚焦显微镜、共免疫沉淀、遗传操作和纤毛扰动以及结构预测。结果:本研究揭示了Tubby样蛋白3(TULP3)作为一个关键的纤毛运输适配器,促进ACE2定位到初级纤毛。我们显示ACE2和TULP3物理关联,TULP3耗竭不仅将ACE2从纤毛轴丝移除,还损害SARS-CoV-2假病毒进入。这种ACE2定位部分依赖于TULP3与IFT-A复合物的相互作用,因为缺乏IFT-A结合的TULP3突变体仍能部分恢复纤毛ACE2水平。此外,在人类肺细胞和视网膜色素上皮细胞中,ACE2富集的初级纤毛的遗传破坏显著降低了SARS-CoV-2假病毒的感染性,包括祖先型、Delta和Omicron BA.5变体。病毒刺突蛋白附着实验显示SARS-CoV-2刺突优先结合并在ACE2丰富的纤毛轴丝上积累。此外,我们证明了在不同的SARS-CoV-2易感人类细胞类型中,包括肺上皮细胞、视网膜色素上皮细胞、神经母细胞瘤细胞和人类iPSC来源的神经祖细胞,ACE2在初级纤毛轴丝中的内源性富集程度不同,这为组织特异性易感性和COVID-19的异质性临床表现提供了潜在的机制框架。结论:我们的发现首次证明了ACE2存在专门的纤毛运输机制。我们提供了令人信服的证据表明SARS-CoV-2劫持了进化上保守的纤毛运输途径,其中TULP3依赖的ACE2靶向初级纤毛作为病毒宿主细胞嗜性和入侵的决定因素。这项工作揭示了SARS-CoV-2感染的新型分子机制,并强调了初级纤毛作为病毒进入的关键节点。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
ACE2在初级纤毛上的定位机制及其在SARS-CoV-2宿主细胞嗜性和感染中的作用。
核心机制
TULP3作为纤毛运输适配器,通过部分依赖IFT-A复合物,介导ACE2靶向初级纤毛轴丝,从而促进SARS-CoV-2刺突蛋白结合和病毒进入。
主要证据
TULP3与ACE2共定位并物理互作;TULP3敲低减少ACE2纤毛定位并降低假病毒感染;IFT-A结合缺陷的TULP3突变体仅部分恢复;基因敲低ARL13B或IFT88破坏纤毛形成,显著降低多种SARS-CoV-2假病毒变异株的感染;刺突蛋白优先结合ACE2阳性纤毛。
研究意义
首次揭示ACE2的专门纤毛运输机制,表明SARS-CoV-2劫持保守的纤毛运输途径,为组织特异性易感性和COVID-19症状异质性提供机制解释,并提示靶向纤毛运输可能是限制病毒进入的潜在抗病毒策略。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

患者样本转录组分析

探索SARS-CoV-2感染与初级纤毛相关基因表达变化的关联

分析已发表的COVID-19患者肺组织单细胞RNA测序数据,将差异表达基因与纤毛相关基因数据库(CiliaCarta)交叉对比,鉴定共有的纤毛相关DEGs,并进行GO和GSEA富集分析。

2

ACE2互作组分析

鉴定可能参与ACE2纤毛运输的候选蛋白

将BioGRID数据库中ACE2互作蛋白与纤毛数据库交叉比对,筛选重叠的候选蛋白。

3

ACE2与TULP3共定位和物理互作验证

验证ACE2与TULP3在初级纤毛上的共定位和物理相互作用

在A549细胞中进行共免疫荧光染色,检测内源性ACE2与TULP3及ARL13B的共定位;在HEK293T细胞中过表达ACE2-GFP,进行免疫共沉淀(co-IP)验证物理互作。

4

结构预测

预测TULP3与ACE2的相互作用界面

使用AlphaFold3进行片段配对预测,分析ACE2(749-773)与TULP3(271-430)的相互作用。

5

TULP3敲低对ACE2纤毛定位的影响

验证TULP3是否介导ACE2的纤毛靶向

在A549细胞中通过shRNA敲低TULP3或ARL13B,检测ACE2在初级纤毛上的富集变化;进行TULP3野生型和IFT-A结合缺陷突变体的过表达拯救实验。

6

SARS-CoV-2假病毒感染效率检测

评估TULP3敲低及纤毛破坏对SARS-CoV-2进入的影响

使用携带GFP的SARS-CoV-2假病毒(祖先型、Delta、Omicron BA.5)感染TULP3敲低及ARL13B/IFT88敲低细胞,通过流式细胞术检测GFP阳性细胞百分比。

7

刺突蛋白附着实验

验证SARS-CoV-2刺突蛋白是否优先结合ACE2富集的初级纤毛

在A549细胞中加入重组SARS-CoV-2刺突蛋白(S1),4°C孵育1小时,然后进行共免疫荧光染色,分析刺突蛋白与ACE2共定位。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
DMEM培养基Thermo Fisher Scientific11995073
胎牛血清Thermo Fisher Scientific16140071
青霉素/链霉素Thermo Fisher Scientific15140122
DMEM/F12培养基Thermo Fisher Scientific11320033
蛋白酶抑制剂Thermo Fisher ScientificA32963
SuperSignal West Femto最大灵敏度底物Thermo Fisher Scientific34095
ChemiDoc MP成像分析仪BioRad--
抗ACE2抗体R&D systemsAF933
抗ARL13B抗体Proteintech17711-1-AP
抗IFT88抗体Abcamab42497
抗TULP3抗体Proteintech13637-1-AP
抗KIF3A抗体Abcamab11259
抗NRP1抗体Abcamab81321
抗GAPDH抗体Abcamab8245
抗β-actin抗体Santa Cruz Biotechnologysc-47778
Pierce蛋白A/G磁珠Thermo Fisher Scientific88802
抗GFP抗体Rockland Immunochemicals, Inc.600-101-215
抗TULP3抗体Proteintech13637-1-AP
IgG抗体Cell Signaling Technology; Sino Biological2729; CR2
抗乙酰化α-微管蛋白抗体Sigma-AldrichT6793
抗多聚谷氨酰化微管蛋白抗体AdipoGenAG-20B-0020-C100
抗SARS-CoV-2刺突S1抗体Sino Biological40150-R007
SARS-CoV-2刺突S1-His重组蛋白SinoBiological40591-V08H
Alexa抗兔488荧光二抗InvitrogenA-21206
Alexa抗山羊555荧光二抗InvitrogenA-21432
Alexa抗鼠647荧光二抗InvitrogenA-31571
尼康C2 Plus共聚焦显微镜Nikon--
尼康AX R共聚焦显微镜Nikon--
pCAGGS-G-Kan质粒Kerafast--
pcDNA3.1-ACE2-GFP质粒Addgene154962
pLV-mCherry-Puro-U6-sh-hKIF3A#1质粒VectrorBuilderVB900133-9107hbv
pLV-mCherry-Puro-U6-sh-hTULP3#1质粒VectorBuilderVB900134-5571pbw
pLV-mCherry-Puro-U6-sh-hTULP3#2质粒VectorBuilderVB900145-2770rfn

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞培养与纤毛诱导
细胞系(A549、RPE1、SH-SY5Y、hiPSC-NPCs)的来源;培养条件(培养基、血清、抗生素);血清饥饿时间(48小时)和细胞密度(满融合)
阅读提示:Methods: Cell culture
基因敲低
shRNA靶序列(ARL13B: 5'CCTATATTGGTGTTGGCAAAT-3'; IFT88: 5'-GCCTTATGAGATCATCCTCAT-3'); 载体(FUGW-DsRed, pLV-mCherry-Puro); 嘌呤霉素筛选浓度(1.25 μg/ml); 敲低效率验证(至少50%)
阅读提示:Methods: Establishment of stable cell line; Plasmids
蛋白表达检测
抗体信息(anti-ACE2 AF933; anti-TULP3 13637-1-AP; anti-ARL13B 17711-1-AP; anti-IFT88 ab42497; anti-NRP1 ab81321); 稀释比例(如ACE2 1:3000, TULP3 1:500); 曝光条件
阅读提示:Methods: SDS-PAGE and Western blot
免疫共沉淀
细胞裂解液量(2 mg蛋白); IP抗体量(1 μg); 磁珠量(0.1 mg); 孵育时间(抗体与裂解液过夜,磁珠2小时); 洗脱条件(30 μL SDS上样缓冲液,100°C 10分钟)
阅读提示:Methods: Co-immunoprecipitation
免疫荧光
固定条件(4% PFA 10分钟); 封闭液组成(0.1% Triton X-100, 1% BSA, 2% donkey serum); 抗体孵育时间(RT 1小时或4°C过夜); 图像获取显微镜型号(Nikon C2 Plus 或 AX R)
阅读提示:Methods: Immunofluorescence staining
假病毒感染实验
假病毒包装方法(pCAGGS质粒转染HEK293, MOI 3-5); 感染条件(细胞血清饥饿48小时, polybrene 10 μg/mL, 4小时孵育, 换液后12小时); 流式细胞术检测GFP阳性细胞
阅读提示:Methods: Pseudovirus packaging; Pseudovirus infectivity assay and flow cytometry analysis
刺突蛋白附着实验
重组刺突蛋白浓度(10 μg/mL); 孵育条件(4°C 1小时, 37°C 5分钟); 抗体:anti-Spike (40150-R007), anti-ACE2 (AF933), anti-ARL13B (N295B/66)
阅读提示:Methods: Recombinant spike protein attachment assay
统计分析
统计检验方法(t检验、ANOVA、Wilcoxon等); 显著性水平(*p≤0.05, **p≤0.01, ***p≤0.001); 独立实验次数(3-5次)
阅读提示:Methods: Statistical analysis