患者样本转录组分析
探索SARS-CoV-2感染与初级纤毛相关基因表达变化的关联
分析已发表的COVID-19患者肺组织单细胞RNA测序数据,将差异表达基因与纤毛相关基因数据库(CiliaCarta)交叉对比,鉴定共有的纤毛相关DEGs,并进行GO和GSEA富集分析。
Primary cilium and TULP3-dependent ciliary targeting of ACE2 in SARS-CoV-2 tropism.
包含多种证据层级:临床样本转录组分析、细胞模型功能验证、共定位与互作实验、结构预测、基因敲低及假病毒感染实验。
A549人肺癌细胞系 hTERT-RPE1人视网膜色素上皮细胞系 SH-SY5Y人神经母细胞瘤细胞系 人iPSC来源神经祖细胞
TULP3敲低效率约60% 假病毒感染实验采用MOI 3-5包装,感染时polybrene浓度10 μg/mL,感染4小时后换液再培养12小时 ARL13B和IFT88敲低导致A549细胞纤毛形成率分别降低约50%和60% SARS-CoV-2假病毒变异株包括祖先型、Delta和Omicron BA.5 细胞血清饥饿48小时诱导纤毛形成
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探索SARS-CoV-2感染与初级纤毛相关基因表达变化的关联
分析已发表的COVID-19患者肺组织单细胞RNA测序数据,将差异表达基因与纤毛相关基因数据库(CiliaCarta)交叉对比,鉴定共有的纤毛相关DEGs,并进行GO和GSEA富集分析。
鉴定可能参与ACE2纤毛运输的候选蛋白
将BioGRID数据库中ACE2互作蛋白与纤毛数据库交叉比对,筛选重叠的候选蛋白。
验证ACE2与TULP3在初级纤毛上的共定位和物理相互作用
在A549细胞中进行共免疫荧光染色,检测内源性ACE2与TULP3及ARL13B的共定位;在HEK293T细胞中过表达ACE2-GFP,进行免疫共沉淀(co-IP)验证物理互作。
预测TULP3与ACE2的相互作用界面
使用AlphaFold3进行片段配对预测,分析ACE2(749-773)与TULP3(271-430)的相互作用。
验证TULP3是否介导ACE2的纤毛靶向
在A549细胞中通过shRNA敲低TULP3或ARL13B,检测ACE2在初级纤毛上的富集变化;进行TULP3野生型和IFT-A结合缺陷突变体的过表达拯救实验。
评估TULP3敲低及纤毛破坏对SARS-CoV-2进入的影响
使用携带GFP的SARS-CoV-2假病毒(祖先型、Delta、Omicron BA.5)感染TULP3敲低及ARL13B/IFT88敲低细胞,通过流式细胞术检测GFP阳性细胞百分比。
验证SARS-CoV-2刺突蛋白是否优先结合ACE2富集的初级纤毛
在A549细胞中加入重组SARS-CoV-2刺突蛋白(S1),4°C孵育1小时,然后进行共免疫荧光染色,分析刺突蛋白与ACE2共定位。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11995073 |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | 16140071 | |
| 青霉素/链霉素 | Thermo Fisher Scientific | 15140122 | |
| DMEM/F12培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11320033 | |
| 蛋白质印迹 | 蛋白酶抑制剂 | Thermo Fisher Scientific | A32963 |
| SuperSignal West Femto最大灵敏度底物 | Thermo Fisher Scientific | 34095 | |
| ChemiDoc MP成像分析仪 | BioRad | -- | |
| 抗ACE2抗体 | R&D systems | AF933 | |
| 抗ARL13B抗体 | Proteintech | 17711-1-AP | |
| 抗IFT88抗体 | Abcam | ab42497 | |
| 抗TULP3抗体 | Proteintech | 13637-1-AP | |
| 抗KIF3A抗体 | Abcam | ab11259 | |
| 抗NRP1抗体 | Abcam | ab81321 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 | |
| 抗β-actin抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-47778 | |
| Pierce蛋白A/G磁珠 | Thermo Fisher Scientific | 88802 | |
| 免疫共沉淀 | 抗GFP抗体 | Rockland Immunochemicals, Inc. | 600-101-215 |
| 抗TULP3抗体 | Proteintech | 13637-1-AP | |
| IgG抗体 | Cell Signaling Technology; Sino Biological | 2729; CR2 | |
| 免疫荧光 | 抗乙酰化α-微管蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | T6793 |
| 抗多聚谷氨酰化微管蛋白抗体 | AdipoGen | AG-20B-0020-C100 | |
| 抗SARS-CoV-2刺突S1抗体 | Sino Biological | 40150-R007 | |
| 刺突蛋白附着实验 | SARS-CoV-2刺突S1-His重组蛋白 | SinoBiological | 40591-V08H |
| 免疫荧光 | Alexa抗兔488荧光二抗 | Invitrogen | A-21206 |
| Alexa抗山羊555荧光二抗 | Invitrogen | A-21432 | |
| Alexa抗鼠647荧光二抗 | Invitrogen | A-31571 | |
| 共聚焦成像 | 尼康C2 Plus共聚焦显微镜 | Nikon | -- |
| 尼康AX R共聚焦显微镜 | Nikon | -- | |
| 假病毒包装 | pCAGGS-G-Kan质粒 | Kerafast | -- |
| 分子克隆 | pcDNA3.1-ACE2-GFP质粒 | Addgene | 154962 |
| 假病毒包装 | pLV-mCherry-Puro-U6-sh-hKIF3A#1质粒 | VectrorBuilder | VB900133-9107hbv |
| pLV-mCherry-Puro-U6-sh-hTULP3#1质粒 | VectorBuilder | VB900134-5571pbw | |
| pLV-mCherry-Puro-U6-sh-hTULP3#2质粒 | VectorBuilder | VB900145-2770rfn |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与纤毛诱导 | 细胞系(A549、RPE1、SH-SY5Y、hiPSC-NPCs)的来源;培养条件(培养基、血清、抗生素);血清饥饿时间(48小时)和细胞密度(满融合) 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 基因敲低 | shRNA靶序列(ARL13B: 5'CCTATATTGGTGTTGGCAAAT-3'; IFT88: 5'-GCCTTATGAGATCATCCTCAT-3'); 载体(FUGW-DsRed, pLV-mCherry-Puro); 嘌呤霉素筛选浓度(1.25 μg/ml); 敲低效率验证(至少50%) 阅读提示:Methods: Establishment of stable cell line; Plasmids |
| 蛋白表达检测 | 抗体信息(anti-ACE2 AF933; anti-TULP3 13637-1-AP; anti-ARL13B 17711-1-AP; anti-IFT88 ab42497; anti-NRP1 ab81321); 稀释比例(如ACE2 1:3000, TULP3 1:500); 曝光条件 阅读提示:Methods: SDS-PAGE and Western blot |
| 免疫共沉淀 | 细胞裂解液量(2 mg蛋白); IP抗体量(1 μg); 磁珠量(0.1 mg); 孵育时间(抗体与裂解液过夜,磁珠2小时); 洗脱条件(30 μL SDS上样缓冲液,100°C 10分钟) 阅读提示:Methods: Co-immunoprecipitation |
| 免疫荧光 | 固定条件(4% PFA 10分钟); 封闭液组成(0.1% Triton X-100, 1% BSA, 2% donkey serum); 抗体孵育时间(RT 1小时或4°C过夜); 图像获取显微镜型号(Nikon C2 Plus 或 AX R) 阅读提示:Methods: Immunofluorescence staining |
| 假病毒感染实验 | 假病毒包装方法(pCAGGS质粒转染HEK293, MOI 3-5); 感染条件(细胞血清饥饿48小时, polybrene 10 μg/mL, 4小时孵育, 换液后12小时); 流式细胞术检测GFP阳性细胞 阅读提示:Methods: Pseudovirus packaging; Pseudovirus infectivity assay and flow cytometry analysis |
| 刺突蛋白附着实验 | 重组刺突蛋白浓度(10 μg/mL); 孵育条件(4°C 1小时, 37°C 5分钟); 抗体:anti-Spike (40150-R007), anti-ACE2 (AF933), anti-ARL13B (N295B/66) 阅读提示:Methods: Recombinant spike protein attachment assay |
| 统计分析 | 统计检验方法(t检验、ANOVA、Wilcoxon等); 显著性水平(*p≤0.05, **p≤0.01, ***p≤0.001); 独立实验次数(3-5次) 阅读提示:Methods: Statistical analysis |