验证IFNγ对TKI敏感性的作用
检测IFNγ是否增强TKI对HCC细胞的杀伤作用。
使用重组IFNγ预处理HCC细胞(SNU-182、Hep3B等),随后给予索拉非尼、瑞戈非尼或乐伐替尼处理,通过细胞活力、细胞死亡和LDH释放检测评估效果。
IFNγ augments TKI efficacy by alleviating protein unfolding stress to promote GSDME-mediated pyroptosis in hepatocellular carcinoma.
涵盖体外细胞系、体内小鼠模型、患者数据及临床样本等多个层级,并包含功能验证和机制验证。
HCC细胞系(SNU-182、Hep3B、SNU-387、Hepa1-6、Hep-55.1C) 小鼠皮下移植瘤模型(C57BL/6) HCC患者队列(STORM试验及TMA样本)
HCC细胞系中IFNγ(10 ng/mL)预处理24小时 TKI处理浓度:索拉非尼(8-20 μM)、瑞戈非尼(15-20 μM)、乐伐替尼(10 μM) PERK抑制剂GSK2606414(1 μM体外,50 mg/kg体内) GSDME表达状态 PD-1抗体(100 μg/只)给药
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测IFNγ是否增强TKI对HCC细胞的杀伤作用。
使用重组IFNγ预处理HCC细胞(SNU-182、Hep3B等),随后给予索拉非尼、瑞戈非尼或乐伐替尼处理,通过细胞活力、细胞死亡和LDH释放检测评估效果。
确定IFNγ和TKI诱导的细胞死亡是否为焦亡。
使用铁死亡抑制剂(Fer-1)、坏死性凋亡抑制剂(Nec-1)和泛caspase抑制剂(zVAD-fmk、IDN-6556)处理,观察LDH释放;并通过形态学观察和免疫印迹检测caspase-3和GSDME裂解。
验证GSDME表达是否增强体内TKI抗肿瘤效果。
在低GSDME表达的小鼠HCC细胞(Hep-55.1C和Hepa1-6)中异位表达GSDME-Flag,接种至C57BL/6小鼠,给予索拉非尼处理,监测肿瘤生长和免疫细胞浸润。
确定UPR是否保护HCC细胞免受TKI诱导的焦亡,并鉴定关键分支。
使用UPR抑制剂(4-PBA)或各分支抑制剂(4μ8C、GSK2606414、PF429242)处理,检测细胞死亡、caspase-3和GSDME裂解;并分析PERK通路蛋白(p-PERK, p-eIF2α, ATF4, CHOP等)表达。
探索IFNγ增强TKI诱导焦亡的机制是否涉及PERK通路抑制。
检测IFNγ预处理对索拉非尼诱导的PERK磷酸化及下游蛋白表达的影响;并通过STAT1敲除、PDIA1敲低或过表达进一步验证分子机制。
评估PD-1阻断联合TKI及PERK抑制剂在体内的抗肿瘤效果。
在GSDME表达的Hep-55.1C肿瘤模型中,给予抗PD-1抗体、索拉非尼和/或GSK2606414治疗,监测肿瘤生长和生存期。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Procell | -- |
| MEM培养基 | Procell | -- | |
| DMEM培养基 | Procell | -- | |
| 胎牛血清 | Cegrogen Biotech | -- | |
| 药物处理 | 索拉非尼 | MedChemExpress | -- |
| 4-苯基丁酸 | MedChemExpress | -- | |
| GSK2606414 | MedChemExpress | -- | |
| 4μ8C | MedChemExpress | -- | |
| PF429242 | MedChemExpress | -- | |
| ISRIB | MedChemExpress | -- | |
| 铁抑素-1 | MedChemExpress | -- | |
| 巴瑞替尼 | MedChemExpress | -- | |
| 瑞戈非尼 | APExBIO | -- | |
| 乐伐替尼 | APExBIO | -- | |
| 坏死抑素-1 | Cayman Chemical | -- | |
| Z-VAD-FMK | Cayman Chemical | -- | |
| 恩瑞卡生 | Selleck Chemical | -- | |
| 流式分析 | BODIPY 581/591 C11 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 细胞因子处理 | 重组人IFNγ | R&D | -- |
| 重组小鼠IFNγ | R&D | -- | |
| 细胞死亡检测 | 细胞毒性LDH检测试剂盒 | Dojindo | -- |
| 碘化丙啶 | -- | -- | |
| 7-AAD | -- | -- | |
| 流式分析 | Zombie NIR染料 | BioLegend | -- |
| 固定/透化溶液 | BioLegend | 420801 | |
| 透化/洗涤缓冲液 | BioLegend | 421002 | |
| 抗CD45抗体 | BioLegend | 30-F11, | |
| 抗CD3抗体 | BioLegend | 145-2C11, | |
| 抗CD4抗体 | BioLegend | GK1.5, | |
| 抗CD8抗体 | BioLegend | 53-6.7, | |
| 抗IFNγ抗体 | BioLegend | XMG1.2, | |
| 免疫印迹 | RIPA裂解液 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | MedChemExpress | HY-K0010 | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | MedChemExpress | HY-K0022, | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23225 | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 抗PARP抗体 | CST | 9542 | |
| 抗裂解PARP抗体 | CST | 5625 | |
| 抗GSDME抗体 | Abcam | ab215191 | |
| 抗caspase-3抗体 | Santa Cruz | sc-56053 | |
| 抗XBP1S抗体 | ABclonal | A22546 | |
| 抗磷酸化PERK抗体 | Invitrogen | MA5-15033 | |
| 抗PERK抗体 | Proteintech | 20582-1-AP | |
| 抗eIF2α抗体 | CST | 5324 | |
| 抗磷酸化eIF2α抗体 | Abcam | ab32157 | |
| 抗ATF4抗体 | Santa Cruz | sc-390063 | |
| 抗CHOP抗体 | CST | 5554 | |
| 抗GADD34抗体 | Proteintech | 10449-1-AP | |
| 抗PDIA1抗体 | Proteintech | 11245-1-AP | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-1g | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Proteintech | 11224-1-AP | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Santa Cruz | sc-47778 | |
| qPCR | RNAiso Plus | TaKaRa | 9108 |
| PrimeScript RT预混液 | TaKaRa | RR036A | |
| PowerUp SYBR Green预混液 | Thermo Fisher Scientific | 4309155 | |
| 基因编辑 | lentiCRISPR v2载体 | Addgene | 52961 |
| pLKO.1载体 | Addgene | 10878 | |
| Lipofectamine 2000 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 基因克隆 | ClonExpress II一步克隆试剂盒 | Vazyme | C112 |
| T细胞共培养 | OVA257-264肽 | GenScript | RP10611CN |
| 重组小鼠IL-2 | Sino Biological | 51061-nmae | |
| β-巯基乙醇 | Sigma | M3148 | |
| EasySep人CD8+ T细胞富集试剂盒 | StemCell Technologies | 19053 | |
| CFSE | -- | -- | |
| 流式分析 | 流式细胞仪 | BD | FACSVerse |
| 未折叠蛋白检测 | PROTEOSTAT聚集体检测试剂盒 | Enzo | ENZ-51035-0025 |
| RNA测序 | NanoDrop 2000 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Agilent Bioanalyzer 2100 | Agilent Technologies | -- | |
| Illumina HiSeq 2000 | Illumina | -- | |
| 免疫组化 | EDTA抗原修复液 | -- | -- |
| DAPI | -- | -- | |
| 动物实验 | 抗PD-1抗体 | BioXCell | -- |
| 统计分析 | GraphPad Prism | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和处理 | 细胞系来源、培养基组成、IFNγ处理时间和浓度(10 ng/mL,24小时)、TKI种类和剂量(索拉非尼8-20 μM、瑞戈非尼15-20 μM、乐伐替尼10 μM) 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture; 图1和图2图注 |
| 基因编辑 | sgRNA序列、shRNA序列、敲除或敲低效率验证、筛选时间 阅读提示:Materials and Methods: Generation of knockout and knockdown cells |
| 体内肿瘤模型 | 细胞接种数量(5×10^6)、小鼠品系(C57BL/6)、给药方案(索拉非尼10-20 mg/kg、GSK2606414 50 mg/kg、抗PD-1 100 μg)、分组和样本量 阅读提示:Materials and Methods: Animal experiments; 图4、图6图注 |
| 细胞死亡检测 | LDH释放实验的试剂盒、细胞铺板密度、处理时间 阅读提示:Materials and Methods: LDH release assay |
| UPR分析 | qPCR引物、PROTEOSTAT检测步骤、抑制剂浓度(4-PBA 1 mM, GSK2606414 1 μM) 阅读提示:Materials and Methods: Quantitative PCR analysis, Unfolded protein load assay |
| 蛋白免疫印迹 | 抗体列表及稀释比、裂解液成分、电泳条件 阅读提示:Materials and Methods: Immunoblotting |