神经元感染模型建立与EV分离
建立弓形虫感染神经元模型并分离EVs,以分析感染对EV产生的影响。
使用原代小鼠皮层神经元,以MOI 0.50感染弓形虫ME49B7株,3天后收集培养基,通过超速离心和ExoEasy Kit分离EVs,并通过NTA、TEM、CD63 ELISA和Western blot表征EVs。
Toxoplasma gondii infection of neurons alters the production and content of extracellular vesicles directing astrocyte phenotype and contributing to the loss of GLT-1 in the infected brain.
研究包含体外原代神经元感染模型、EVs表征与内容分析、星形胶质细胞体外功能验证及体内scRNAseq转录组验证,形成多层级证据链,并涵盖蛋白组、miRNA和转录组等多组学验证。
原代小鼠皮层神经元 原代小鼠皮层星形胶质细胞 弓形虫ME49B7株感染神经元模型 体内小鼠慢性感染模型(scRNAseq)
神经元感染MOI为0.50 EV分离采用超速离心结合ExoEasy Kit 星形胶质细胞刺激条件:EVs 2 μg/mL孵育24小时 GLT-1蛋白检测使用western blot 体内转录变化通过scRNAseq验证
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立弓形虫感染神经元模型并分离EVs,以分析感染对EV产生的影响。
使用原代小鼠皮层神经元,以MOI 0.50感染弓形虫ME49B7株,3天后收集培养基,通过超速离心和ExoEasy Kit分离EVs,并通过NTA、TEM、CD63 ELISA和Western blot表征EVs。
鉴定感染神经元EVs的蛋白质和miRNA组成变化,特别是寄生虫来源蛋白。
对EVs进行LC-MS/MS和miRNA测序,分析蛋白和miRNA表达变化,并通过Western blot验证部分蛋白。
验证星形胶质细胞能否摄取神经元EVs,并观察EVs及寄生虫蛋白GRA7的定位。
用PKH67标记EVs并孵育原代星形胶质细胞2小时,通过免疫荧光观察EVs摄取和GRA7定位,并使用内吞抑制剂(EIPA和Cytochalasin D)检测摄取机制。
测定EVs处理对星形胶质细胞GLT-1表达和基因表达的影响。
星形胶质细胞经地塞米松预处理后,分别加入未感染或感染神经元EVs(2 μg/mL)孵育24小时,通过RNASeq分析基因表达,Western blot检测GLT-1蛋白水平。
验证体外EVs诱导的星形胶质细胞转录变化是否在体内感染中发生。
利用scRNAseq分析慢性感染小鼠脑内星形胶质细胞亚群,比较体外EVs处理上调的基因与体内感染后差异表达基因。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 神经组织解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-093-231 |
| EV分离 | ExoEasy试剂盒 | Qiagen | 76064 |
| 小鼠胚胎成纤维细胞EVs | STEMON | EDA04-00 | |
| EV表征 | NanoSight NS300纳米粒子追踪分析仪 | Malvern Instruments | -- |
| TEM | Talos L120C透射电子显微镜 | Thermo Scientific | -- |
| ELISA | CD63捕获抗体 | Abcam | ab253503 |
| CD63标准品 | Sino Biological | 50557-MNCH | |
| 生物素化CD63检测抗体 | Abcam | ab253503 | |
| 免疫细胞化学 | MAP2抗体 | Abcam | ab5392 |
| 生物素化DBA | Vector Labs | B-1035 | |
| NeuN抗体 | Abcam | ab177487 | |
| 羊抗鸡568纳米二抗 | Invitrogen | A11041 | |
| 链霉亲和素偶联647纳米 | Invitrogen | 532357 | |
| 羊抗兔488纳米二抗 | Invitrogen | A11034 | |
| 含DAPI的VECTASHIELD封片剂 | Vector Laboratories | H-1500 | |
| PKH67染料 | Sigma | PKH67GL-1KT | |
| GFAP抗体 | Invitrogen | 13-0300 | |
| 驴抗大鼠568纳米二抗 | Invitrogen | A78946 | |
| GRA7抗体(兔抗GRA7) | gifted by Li-av Zarko | -- | |
| 驴抗兔647纳米二抗 | Invitrogen | A31573 | |
| 羊抗兔555纳米二抗 | Invitrogen | A21428 | |
| 鬼笔环肽647纳米 | AAT Bioquest | 23127 | |
| 内吞抑制实验 | EIPA | Bio-techne | 3378/10 |
| 细胞松弛素D | Gibco | PHZ1063 | |
| LC-MS/MS | RIPA裂解液 | Thermo | 89901 |
| 蛋白酶抑制剂迷你片剂 | Thermo | A32955 | |
| 二硫苏糖醇 | Bio-rad | 1610611 | |
| 吲哚乙酸 | Sigma-Aldrich | I3750 | |
| 碳酸氢铵 | Fisher Scientific | 02-002-270 | |
| 胰蛋白酶 | Thermo Scientific | 20233 | |
| C18 ZipTip纯化柱 | Thermo Scientific | 87782 | |
| EASY-nLC 1200系统 | Thermo Fisher | -- | |
| Orbitrap Fusion Tribrid质谱仪 | Thermo Fisher | -- | |
| Acclaim PepMap 100 C18 HPLC色谱柱 | Thermo Scientific | 164946 | |
| Western blot | Micro BCA蛋白测定试剂盒 | Thermo | 23235 |
| 抗CD9抗体 | Sigma | SAB4700567 | |
| 抗HSP90B抗体 | Proteintech | 11405-1-AP | |
| 抗Vimentin抗体 | Abcam | ab92547 | |
| 抗Calnexin抗体 | Abcam | ab22595 | |
| 羊抗大鼠HRP偶联二抗 | Cell Signaling | 70775 | |
| 羊抗兔HRP偶联二抗 | Bio-Rad | 170-5046 | |
| ECL蛋白质印迹底物 | BioRad | 170-5061 | |
| Gel Doc XR+凝胶成像系统 | BioRad | -- | |
| Western blot(星形胶质细胞) | 地塞米松 | -- | -- |
| 脂多糖 | -- | -- | |
| 干扰素γ | -- | -- | |
| BCA蛋白测定试剂盒 | Thermo | 23250 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Abcam | AB8227 | |
| 抗GLT-1抗体 | Millipore Sigma | AB1783 | |
| 羊抗豚鼠HRP偶联二抗 | Invitrogen | A18769 | |
| RNA提取 | exoRNeasy Midi试剂盒 | Qiagen | 77144 |
| RNeasy Mini试剂盒 | Qiagen | 74104 | |
| RNA测序 | QIAseq miRNA文库构建试剂盒 | Qiagen | 331502 |
| NEBNext文库定量试剂盒(Illumina) | NEB | E7630S | |
| NextSeq2000测序仪 | Illumina | -- | |
| NovaSeqXPlus测序仪 | Illumina | LH00444 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 神经元感染 | 神经元培养天数(8天)、感染MOI(0.50)、感染后时间(3天) 阅读提示:Methods: Infections, Results 2.1 |
| EV分离 | 差速离心参数(500 g, 15 min; 15,000 g, 20 min)、ExoEasy Kit使用、EV储存条件(-80°C) 阅读提示:Methods: EV isolation |
| 星形胶质细胞处理 | 地塞米松浓度(100 nM)预处理时间(1天)、EV浓度(2 μg/mL)、EV孵育时间(24小时) 阅读提示:Methods: Western blot (astrocyte conditions), Results 2.5 |
| GLT-1蛋白检测 | 蛋白上样量(星形胶质细胞9 μg/mL)、一抗(anti-GLT-1 1:500)和二抗浓度、孵育时间 阅读提示:Methods: Western blot |
| 体内验证 | 小鼠品系(C57BL/6)、感染时间点(naïve, 14 dpi, 28 dpi, 42 dpi) 阅读提示:Methods: Animal infection, Results 2.5, Figure 7 |