评估PARP14对poly(I:C)诱导IFN产生的影响
确定PARP14是否及如何调控poly(I:C)诱导的IFN反应
在A549 WT和PARP14 KO细胞中转染poly(I:C),定量IFN-β/λ mRNA和蛋白水平,并使用PARP14抑制剂和降解剂处理验证催化活性。
PARP14 is an interferon-induced host factor that promotes IFN production and affects the replication of multiple viruses.
包含体内/体外模型(BMDMs、A549细胞、SARS-CoV-2感染)、功能验证(病毒复制、IFN产生)及机制验证(MDA5通路、催化抑制剂和降解剂)。
A549细胞 PARP14敲除小鼠来源的BMDMs和DCs A549-ACE2细胞
poly(I:C)转染浓度0.5 μg/mL,转染后18小时检测IFN-β/λ mRNA和蛋白。 MHV感染MOI 0.1,感染后12或20小时检测IFN-β mRNA和病毒滴度。 SARS-CoV-2感染MOI 0.1,感染后48小时检测IFN和CXCL-10 mRNA。 PARP14i浓度(如100 nM、1 μM等)和PARP14降解剂处理条件。 HSV-1感染MOI 0.1,感染后24小时测定病毒滴度和即刻早期基因表达。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定PARP14是否及如何调控poly(I:C)诱导的IFN反应
在A549 WT和PARP14 KO细胞中转染poly(I:C),定量IFN-β/λ mRNA和蛋白水平,并使用PARP14抑制剂和降解剂处理验证催化活性。
检验PARP14在MHV N1347A感染中促进IFN产生的作用
利用诱导型PARP14 KO小鼠的BMDMs和DCs感染MHV WT或N1347A,并加PARP14i处理,检测IFN-β/λ mRNA和蛋白。
确定PARP14是否参与SARS-CoV-2 ΔMac1诱导的IFN反应
在A549-ACE2细胞中感染SARS-CoV-2 WT或ΔMac1,加PARP14i处理,检测IFN-β、IFN-λ和CXCL-10 mRNA。
阐明PARP14促进IFN产生所依赖的RNA传感器
在MAVS、MDA5或RIG-I KO BMDMs中感染MHV N1347A,检测IFN-β;在A549细胞中过表达MDA5或RIG-I并加PARP14i,检测IFN-β;用SeV和EMCV感染验证。
全面识别受PARP14催化活性调控的基因
对N1347A感染的BMDMs加或不加PARP14i进行RNA-seq,比较基因差异表达并做通路富集分析。
确定PARP14是否限制Mac1缺陷型冠状病毒复制
在PARP14 KO细胞或PARP14i处理条件下感染MHV N1347A或SARS-CoV-2 ΔMac1,测定病毒滴度。
探究PARP14是否限制HSV-1复制
感染A549 WT和PARP14 KO细胞HSV-1,测定病毒滴度、即刻早期基因表达和蚀斑效率,并用PARP14i或降解剂处理。
评估PARP14对RNA病毒复制的作用
感染A549 WT和PARP14 KO细胞VSV-GFP,测定病毒滴度;在BMDMs中感染LCMV并检测感染率。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 巨噬细胞集落刺激因子 | Millipore-Sigma | -- | |
| 粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子 | Millipore-Sigma | -- | |
| 药物处理 | 干扰素γ | R&D Systems | -- |
| 聚肌胞苷酸高分子量 | Millipore-Sigma | -- | |
| RBN012759 | Atomwise | -- | |
| RBN012811 | -- | -- | |
| RBN013527 | -- | -- | |
| 转染 | PolyJet转染试剂 | Amgen | -- |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Fisher Scientific | -- | |
| 免疫印迹 | LI-COR Odyssey成像系统 | Li-COR | -- |
| 抗PARP14抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-377150 | |
| 抗OAS3抗体 | Cell Signaling | 41440 | |
| 抗SARS-CoV-2 N蛋白抗体 | SinoBiological | 40143-R001 | |
| 抗GAPDH抗体 | Millipore-Sigma | G8795 | |
| RT-qPCR | PowerUp SYBR绿色预混液 | Applied Biosystems | -- |
| RNA-seq | NEB Next RNA文库制备试剂盒 | NEB | -- |
| Illumina NextSeq2000测序平台 | Illumina | -- | |
| 病毒滴度测定 | Vero E6细胞 | -- | -- |
| 动物实验 | C57BL/6J小鼠 | Jackson Labs | 000664 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| poly(I:C)诱导IFN实验 | poly(I:C)浓度0.5 μg/mL,转染时间18小时,检测IFN-β/λ mRNA和蛋白;PARP14i处理浓度范围。 阅读提示:Figure 1A-D, Figure S1A-E |
| MHV感染实验 | MHV JHMIA WT和N1347A病毒滴度,感染MOI 0.1,感染后12或20小时检测IFN-β和病毒滴度。 阅读提示:Materials and Methods: Virus infections, MHV-JHMIA; Figure 2B-D |
| SARS-CoV-2感染实验 | SARS-CoV-2 WT和ΔMac1病毒,A549-ACE2细胞,MOI 0.1,感染后48小时;PARP14i处理条件和浓度。 阅读提示:Materials and Methods: Virus infections, SARS-CoV-2; Figure 2F, Figure 5E |
| HSV-1感染实验 | HSV-1 strain KOS,MOI 0.1,感染后24小时;PARP14i浓度1 μM;PARP14 degron处理条件。 阅读提示:Materials and Methods: Virus infections, HSV-1; Figure 6 |
| VSV感染实验 | VSV-GFP,A549细胞,MOI 1,感染后10小时;PARP14i浓度100 nM;PARP14 degron处理条件。 阅读提示:Materials and Methods: Virus infections, VSV; Figure 7 |
| RNA-seq实验 | BMDMs感染MHV N1347A MOI 0.1,PARP14i浓度100 nM,RNA收集时间12 hpi;差异表达阈值。 阅读提示:Materials and Methods: RNAseq; Figure 4 |