发现队列HDL蛋白组学分析
鉴定ARDS患者与健康对照之间HDL蛋白组成的差异。
对8名ARDS患者和8名健康对照的HDL进行DIA-MS蛋白质组学分析,鉴定了384个蛋白,其中102个差异表达蛋白。
Increased pro-SFTPB in HDL promotes the pro-inflammatory transition of HDL and represents a sign of poor prognosis in ARDS patients.
包含发现队列和验证队列的蛋白质组学分析、血浆细胞因子检测、HDL-pro-SFTPB与预后关联的ROC分析,以及体外构建pro-SFTPB富集HDL验证其对巨噬细胞M1极化的功能,涉及多个证据层级。
脓毒症ARDS患者队列 健康对照队列 THP1来源巨噬细胞 pro-SFTPB富集HDL体外模型
ARDS患者和健康对照的纳入标准及排除标准 HDL分离方法(密度梯度超速离心) pro-SFTPB富集HDL的构建条件(HDL浓度、重组pro-SFTPB浓度、孵育时间) THP1细胞分化条件(PMA浓度和持续时间) M1极化检测指标(TNF-α, IL-1β, IL-8)和统计方法
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定ARDS患者与健康对照之间HDL蛋白组成的差异。
对8名ARDS患者和8名健康对照的HDL进行DIA-MS蛋白质组学分析,鉴定了384个蛋白,其中102个差异表达蛋白。
确认发现队列中显著改变的HDL蛋白,并评估其与预后和炎症标志物的关联。
在22名ARDS患者和10名健康对照中,通过PRM靶向蛋白质组学定量18个候选蛋白,并分析其与28天死亡率和血浆细胞因子/趋化因子的相关性。
直接验证pro-SFTPB富集HDL对巨噬细胞M1极化的影响。
将正常HDL与重组人SFTPB孵育构建PS-HDL,处理THP1来源的M0巨噬细胞,检测M1标志物表达、吞噬能力和ROS产生。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| HDL分离 | apoA-I抗体 | Santa Cruz | sc-376818 |
| apoB抗体 | Sigma | AB742 | |
| 细胞因子检测 | MILLIPLEX MAP人细胞因子/趋化因子/生长因子检测panel | Merck Millipore | HCYTA-60K |
| 蛋白质组学 | 二硫苏糖醇 | -- | -- |
| 胰蛋白酶 | -- | -- | |
| iRT | Biognosys, ThermoFisher | -- | |
| SOLA固相萃取板 | ThermoFisher | 60309-001 | |
| 1100高效液相色谱系统 | Agilent | -- | |
| 安捷伦Zorbax Extend反相色谱柱 | Agilent | -- | |
| Q-Exactive HF质谱仪 | Thermo | -- | |
| EASY-nLC 1200系统 | Thermo | -- | |
| Spectronaut Pulsar | Biognosys | -- | |
| Skyline软件 | -- | -- | |
| 构建pro-SFTPB富集HDL | 高密度脂蛋白 | Sigma | L1567 |
| 重组人SFTPB蛋白 | Sino Biological | 17682-H08C1 | |
| SFTPB抗体 | Santa Cruz | sc-13978 | |
| 细胞培养 | THP1细胞系 | ATCC | -- |
| RPMI 1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| L-谷氨酰胺 | -- | -- | |
| 佛波醇肉豆蔻酸乙酸酯 | Sigma | -- | |
| 吞噬检测 | pHrodo生物颗粒 | Invitrogen | P35360 |
| ROS检测 | 2',7'-二氯荧光黄双乙酸盐 | Beyotime | S0033S |
| Varioskan Flash酶标仪 | ThermoFisher Scientific | -- | |
| RT-qPCR | Trizol试剂 | Invitrogen | 15596-018 |
| PrimeSTAR Max DNA聚合酶 | Takara | R045A | |
| TB Green Premix Ex Taq II | Takara | RR820 | |
| 统计分析 | SPSS软件 | SPSS | version |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 队列研究 | ARDS患者纳入标准(Sepsis-3和柏林定义)、排除标准(死亡<3天、糖尿病、高胆固醇血症、降脂治疗等)、血浆样本采集时间(ARDS确诊后24小时内) 阅读提示:Methods: Subjects and samples |
| HDL分离 | HDL分离方法:密度梯度超速离心,密度范围1.063-1.210 g/ml 阅读提示:Methods: HDL isolation |
| 蛋白质组学分析 | DIA-MS参数(质量范围、窗口数)、差异蛋白筛选标准(fold-change≥1.2或≤0.83, p<0.05)、PRM分析中每个蛋白监测的肽段 阅读提示:Methods: DIA-MS proteomic analysis, Targeted proteomics, Supplemental Table 1 |
| 细胞因子检测 | Luminex检测的38种细胞因子及试剂盒信息 阅读提示:Methods: Cytokine measurement |
| 体外功能验证 | pro-SFTPB富集HDL构建条件(HDL和重组pro-SFTPB浓度、孵育时间、缓冲液)、THP1分化条件(PMA浓度、时间)、PS-HDL处理浓度和时间、M1标志物检测 阅读提示:Methods: Construction of Pro-SFTPB enriched HDL, Cell culture and differentiation, Results: The enrichment of pro-SFTPB within the HDL promoted M1 macrophage polarization in vitro |