检测SUMO化水平
验证PDAC细胞和组织中SUMO化水平的变化
Western blot检测了正常胰腺导管上皮细胞(HPNE)和PDAC细胞系(Capan-1、AsPC-1、MIA-PaCa2、PANC-1、BxPC-3)中SUMO1和SUMO2/3的蛋白水平;IHC分析来自HPA数据库的PDAC和正常胰腺组织样本
SUMOylation substrate encoding genes as prognostic biomarkers in pancreatic ductal adenocarcinoma with functional assessment of SAF-B2.
包含体外细胞实验(TAK-981处理、SAFB2过表达)、患者样本验证(IHC、RT-qPCR、Western blot)、公共数据库分析(TCGA、GTEx、GEO)及单细胞RNA测序,功能验证和机制验证兼备。
PDAC细胞系(Capan-1、AsPC-1、MIA-PaCa2、PANC-1、BxPC-3) 正常胰腺导管上皮细胞系(HPNE) PDAC患者组织和癌旁组织(5对) TCGA-PAAD、GTEx及GEO数据集(GSE62452、GSE183795)
SUMO化抑制剂TAK-981的处理浓度(文中未明确说明具体浓度范围)及处理时间(24和48小时) Sscore模型基于CDK1、AHNAK2、SAFB2的表达水平,公式已提供 SAFB2过表达慢病毒载体pLV3-CMV-3×FLAG-SAFB2(human)-Puro,转染细胞系为PANC-1和AsPC-1 Western blot检测SAFB2、β-catenin、c-MYC、CCND1等蛋白表达 细胞增殖实验(CCK-8)细胞接种密度为2000个/孔,检测时间点为0、24、48、72、96小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证PDAC细胞和组织中SUMO化水平的变化
Western blot检测了正常胰腺导管上皮细胞(HPNE)和PDAC细胞系(Capan-1、AsPC-1、MIA-PaCa2、PANC-1、BxPC-3)中SUMO1和SUMO2/3的蛋白水平;IHC分析来自HPA数据库的PDAC和正常胰腺组织样本
评估SUMO化抑制对PDAC细胞增殖的影响
用TAK-981处理PDAC细胞系,通过CCK-8检测细胞增殖,通过流式细胞术分析细胞周期
基于DE-SSEGs构建预后模型并验证其预测能力
从TCGA和GTEx队列中鉴定DE-SSEGs,通过LASSO和Cox回归构建Sscore模型,并使用GEO队列(GSE62452、GSE183795)验证
评估Sscore与基因组变异、免疫浸润和药物敏感性的关系
分析高低Sscore组的体细胞突变、TMB、CNV、免疫浸润(ESTIMATE、CIBERSORT、ssGSEA)和药物敏感性(OncoPredict)
在单细胞水平验证Sscore与PDAC恶性特征的关系
分析GSE212966(6个PDAC和3个正常组织)和GSE194247的scRNA-seq数据,鉴定细胞类型,分析Sscore分布、CNV、拟时间轨迹和GSVA通路活性
验证SAFB2在PDAC细胞中的肿瘤抑制作用及其机制
在PANC-1和AsPC-1细胞中过表达SAFB2,检测细胞增殖、迁移、侵袭能力,并通过Western blot检测Wnt/β-Catenin通路相关蛋白
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | GIBCO | -- |
| RPMI 1640培养基 | GIBCO | -- | |
| IMDM培养基 | GIBCO | -- | |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| RT-qPCR | ABScript III RT预混液 | ABclonal | RK20428 |
| 通用SYBR Green快速qPCR预混液 | ABclonal | RK21203 | |
| Western blot | PVDF膜 | Sigma | IPVH00010 |
| HRP标记的山羊抗兔IgG二抗 | EARTHOX | E030110-01 | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG二抗 | EARTHOX | E030120-01 | |
| 抗SUMO1抗体 | SinoBiological | 13095-RP02 | |
| 抗SUMO2/3抗体 | Cell Signaling Technology | 4971S | |
| 抗SAFB2抗体 | Proteintech | 11642-1-AP | |
| 抗β-catenin抗体 | Abmart | M24002F | |
| 抗c-MYC抗体 | Abmart | T55150F | |
| 抗CCND1抗体 | MCE | HY-P80633 | |
| 慢病毒包装 | pLV3-CMV-3×FLAG-SAFB2(human)-Puro载体 | -- | -- |
| psPAX2包装质粒 | -- | -- | |
| pMD2.G包膜质粒 | -- | -- | |
| 细胞功能实验 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | C0038 |
| 细胞周期分析 | 细胞周期与凋亡分析试剂盒 | Beyotime | C1052 |
| 药物处理 | TAK-981 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(ATCC),培养基种类(DMEM/F12, RPMI 1640, IMDM),血清浓度(10% FBS),青霉素/链霉素(1%) 阅读提示:Methods 2.14 Cell lines |
| SUMO化抑制实验 | TAK-981处理浓度梯度(文中未明确说明具体浓度),处理时间(24和48小时),对照(0.05% DMSO) 阅读提示:Results 3.1, Methods 2.17 |
| Sscore模型构建 | TCGA-PAAD样本数,GTEx样本数,DE-SSEGs筛选标准(|log2FC|>1, adj p<0.05),LASSO回归参数,Cox回归模型,Sscore公式 阅读提示:Methods 2.2, 2.3, 2.5 |
| SAFB2过表达实验 | 慢病毒载体构建,细胞系(PANC-1, AsPC-1),嘌呤霉素筛选时间(1周),过表达验证(Western blot) 阅读提示:Methods 2.16 |
| 功能实验 | CCK-8接种密度(2000细胞/孔),检测时间点(0,24,48,72,96小时),Transwell迁移和侵袭实验的细胞数(5×10^4)和孵育时间(24和48小时) 阅读提示:Methods 2.17 |