评估HCC细胞对单核细胞迁移的影响
研究HCC细胞是否通过分泌因子促进单核细胞迁移
收集PLC5或Huh7细胞的条件培养基,通过transwell迁移实验检测THP-1细胞迁移。
The Hedgehog Pathway Promotes Monocytes Infiltration Through CCL20-CCR6 Axis in Hepatocellular Carcinoma.
包含体外迁移实验、RNA-seq、荧光素酶报告基因实验、ChIP、CRISPR敲除、异种移植小鼠模型及临床样本分析等多个独立证据层级,且有明确的功能和机制验证。
PLC5肝癌细胞系 Huh7肝癌细胞系 THP-1单核细胞系 PLC5异种移植小鼠模型(NOD-SCID小鼠)
GLI1敲低或敲除的肝癌细胞系 CCL20敲低或敲除的肝癌细胞系 THP-1单核细胞迁移实验 NOD-SCID小鼠异种移植模型 TCGA数据库及Kaplan-Meier Plotter的生存分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
研究HCC细胞是否通过分泌因子促进单核细胞迁移
收集PLC5或Huh7细胞的条件培养基,通过transwell迁移实验检测THP-1细胞迁移。
确定Hh通路是否调控HCC细胞中炎症因子/趋化因子的表达
在原发性HCC细胞中,用Hh抑制剂HPI-1处理进行RNA-seq分析,并通过qPCR验证Shh配体或GLI1敲低对CCL20、CSF2、IL6和IL17表达的影响。
在受Hh调控的因子中筛选对单核细胞迁移关键的因子
分别敲低CCL20、CSF2、IL6和IL17,并检测条件培养基对THP-1细胞迁移的影响。
确认CCL20通过其受体CCR6发挥作用
在THP-1细胞中敲低CCR6,并观察对条件培养基诱导迁移的影响。
证明转录因子GLI1直接调控CCL20表达
通过荧光素酶报告基因实验和ChIP分析,确定GLI1在CCL20启动子上的结合位点。
在体内模型中确认GLI1和CCL20对肿瘤发生及单核细胞浸润的作用
利用CRISPR/Cas9敲除GLI1或CCL20的PLC5细胞,进行NOD-SCID小鼠异种移植,检测肿瘤生长和单核/巨噬细胞标志物的免疫组化染色。
探讨GLI1和CCL20在临床HCC样本中的表达关系及预后意义
检测12例HCC患者肿瘤及配对癌旁组织中GLI1和CCL20 mRNA表达,并利用TCGA数据库(329例)和Kaplan-Meier Plotter(364例)进行相关性及生存分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | Biological Industries | -- |
| 胎牛血清 | ThermoFisher | -- | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Biological Industries | -- | |
| 药物处理 | 重组人Sonic Hedgehog/SHH蛋白(aa 1-197,His标签) | Sino Biological | 10372-H08H1 |
| HPI-1 | Cayman | -- | |
| transwell迁移实验 | Transwell小室(8μm孔径) | Jet Biofil | -- |
| 慢病毒包装和感染 | T-pro NTRII转染试剂 | T-Pro Biotechnology | -- |
| 慢病毒感染 | 聚凝胺 | Sigma | -- |
| 嘌呤霉素 | EMD Millipore | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | ThermoFisher | -- |
| 逆转录 | iScript cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad | -- |
| RT-qPCR | StepOnePlus实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- |
| RNA-seq | TrueSeq链特异性mRNA文库制备试剂盒 | Illumina | -- |
| HiSeq 4000测序平台 | Illumina | -- | |
| 荧光素酶报告基因实验 | pRL-TK海肾荧光素酶载体 | Promega | -- |
| pGL3对照载体 | Promega | -- | |
| 免疫组织化学 | 抗F4/80抗体 | GeneTex | GTX26640 |
| 抗CSF-1受体(CD115)抗体 | Abcam | EPR23529-26 | |
| 抗Ly-6C抗体 | Biolegend | 128002 | |
| ChIP | Dynabeads蛋白G磁珠 | Invitrogen | -- |
| CRISPR/Cas9基因敲除 | PX459载体 | Addgene | Plasmid #62988 |
| 动物实验 | 基质胶 | BD Biosciences | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和条件培养基制备 | 细胞类型(PLC5、Huh7、THP-1);种子密度(5×10^5细胞/10cm皿);培养时间(24小时后更换培养基,再培养24小时);培养基成分(DMEM、10% FBS等);过滤(0.45μm滤膜)。 阅读提示:见2.3节 |
| 迁移实验 | THP-1细胞数量(1×10^5);transwell孔径(8μm);孵育时间(12小时)。 阅读提示:见2.4节 |
| 慢病毒感染 | MOI(10-25);polybrene浓度(10 μg/mL);嘌呤霉素筛选浓度(3 mg/mL)。 阅读提示:见2.5节 |
| RT-qPCR | RNA提取方法(TRIzol);逆转录试剂盒;PCR参数(95°C 1min;45个循环:95°C 10s,60°C 5s,72°C 20s);内参基因(GAPDH)。 阅读提示:见2.6节 |
| RNA-seq | RNA量(200-500 ng);文库制备试剂盒(TrueSeq Stranded mRNA Kit);测序平台(HiSeq 4000);差异表达分析软件(IPA)。 阅读提示:见2.7节 |
| 荧光素酶报告基因实验 | 细胞种植密度(6孔板3×10^5);转染量(5000 ng);处理(Shh配体,1 μg/mL,12小时);检测系统(Dual-Glo luciferase assay system)。 阅读提示:见2.8节 |
| ChIP | 交联浓度(1%甲醛,10分钟);交联终止(125 mM甘氨酸);裂解缓冲液成分;超声处理(Covaris S220);抗体(抗GLI1);IgG阴性对照;DNA纯化试剂盒(Qiagen)。 阅读提示:见2.9节 |
| CRISPR/Cas9基因敲除 | 细胞系(PLC5);载体(PX459);转染试剂(T-pro NTRII);筛选药物(嘌呤霉素3 μg/mL);单克隆筛选方法;验证方法(Sanger测序和qPCR)。 阅读提示:见2.10节 |
| 异种移植肿瘤模型 | 小鼠品系(NOD/SCID,6周龄,雄性);细胞接种量(5×10^5细胞);接种体积(50 μL PBS + 50 μL Matrigel);肿瘤体积测量公式;伦理批准号(IACUC #1121112)。 阅读提示:见2.11节 |
| 临床样本分析 | 样本来源(TLCN和Far Eastern Memorial Hospital);患者特征(Stage I或II,HBV/HCV阴性,未接受化放疗,男性);样本量(12例);数据库(TCGA,329例;Kaplan-Meier Plotter,364例)。 阅读提示:见2.13节和3.6节 |
| 统计分析 | 统计软件(GraphPad Prism 8.3.0,SPSS 20.0);相关分析(Spearman);显著性阈值(p<0.05,p<0.01);数据表示(mean±SD)。 阅读提示:见2.14节 |