生物信息学分析
筛选精神分裂症中差异表达的铁死亡相关基因,识别关键调控基因。
利用GSE27383数据集的922个差异表达基因与FerrDb数据库中264个铁死亡相关基因取交集,鉴定出17个重叠基因,其中KEAP1显著下调(log FC = -0.173, p < 0.05)。
KEAP1-NRF2/HO-1 Pathway Promotes Ferroptosis and Neuronal Injury in Schizophrenia.
包含患者样本(前额叶皮层、PBMCs)检测、hiPSC衍生cINs模型、KEAP1过表达和KI696干预等功能验证,但缺乏体内动物模型验证。
精神分裂症患者前额叶皮层组织 精神分裂症患者外周血单个核细胞(PBMCs) 精神分裂症患者hiPSC来源的皮层中间神经元(cINs)
KEAP1表达下调已在15例SCZ患者和15例健康对照的前额叶皮层和PBMCs中通过qRT-PCR和Western blot验证 SCZ患者cINs中KEAP1过表达采用pcDNA KEAP1转染,KI696处理浓度为1 µM,处理48小时 铁死亡指标包括细胞内Fe2+、MDA、GSH和GPX4活性,在患者样本和cINs中检测 炎症因子TNF-α、IL-1β、IL-6通过ELISA检测,在KEAP1过表达后降低,在KI696处理后升高 所有实验均进行三次重复,数据以mean ± SD表示,使用Student's t-test或ANOVA分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选精神分裂症中差异表达的铁死亡相关基因,识别关键调控基因。
利用GSE27383数据集的922个差异表达基因与FerrDb数据库中264个铁死亡相关基因取交集,鉴定出17个重叠基因,其中KEAP1显著下调(log FC = -0.173, p < 0.05)。
验证生物信息学发现的KEAP1下调和铁死亡激活。
收集15例SCZ患者和15例健康对照的前额叶皮层组织和PBMCs,通过qRT-PCR和Western blot检测KEAP1表达,并测量Fe2+、MDA、GSH、GPX4等铁死亡指标。
从SCZ患者hiPSCs分化获得cINs,用于探索神经发育相关的KEAP1异常。
从15例SCZ患者皮肤成纤维细胞重编程为hiPSCs,通过双SMAD抑制和SHH/WNT通路调控分化成cINs,经免疫荧光和Western blot验证神经元标记物β-tubulin和SOX6。
在SCZ cINs中过表达KEAP1,观察其对铁死亡和炎症的影响。
使用Lipofectamine 2000转染pcDNA KEAP1或空载体对照,培养48小时后检测Fe2+、MDA、GSH、GPX4水平和炎症因子(TNF-α、IL-1β、IL-6)。
验证KEAP1通过NRF2/HO-1通路发挥功能。
在KEAP1过表达的SCZ cINs中加入KI696(1 µM)处理48小时,检测NRF2和HO-1表达、铁死亡指标、脂质过氧化(C11-BODIPY)和炎症因子。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织保存 | RNA稳定液 | Qiagen | -- |
| PBMC分离 | Ficoll-Paque PLUS | -- | -- |
| qRT-PCR | SYBR Green PCR预混液 | -- | -- |
| Western blot | β-微管蛋白抗体 | Cell Signaling | 2146 |
| SOX6抗体 | Proteintech | 14010-1-AP | |
| NRF2抗体 | Proteintech | 80593-1 | |
| HO-1抗体 | Novus Bio | NBP1-97507 | |
| GAPDH抗体 | Santa Cruz | sc32233 | |
| GPX4抗体 | Thermo Fischer | MA5-32827 | |
| KEAP1抗体 | Cell Signaling | 8047 | |
| HRP标记的抗兔二抗 | Biotechne | HAF008 | |
| HRP标记的抗鼠二抗 | Biotechne | HAF007 | |
| 硝酸纤维素膜 | -- | -- | |
| 化学发光检测试剂 | Pierce Biotechnology | -- | |
| MDA检测 | MDA检测试剂盒 | Sigma | MAK568 |
| GSH检测 | GSH检测试剂盒 | Sigma | MAK440 |
| ELISA | ELISA试剂盒 | NEB | 10754C |
| 重编程 | 重编程因子Oct4, Sox2, Klf4, c-Myc | -- | -- |
| 分化 | Noggin | Sino Biological | 10267-HNAH |
| SB431542 | Tocris | 1614 | |
| 重组SHH蛋白 | R&D Systems | 1845-SH-025 | |
| CHIR99021 | Stem cells | 99021 | |
| 脑源性神经营养因子 | Life sciences | BLC-06003 | |
| 胶质细胞源性神经营养因子 | Sigma | SRP3200 | |
| 抗坏血酸(维生素C) | -- | -- | |
| 免疫荧光 | β-微管蛋白抗体 | Proteintech | 10094-1-AP |
| SOX6抗体 | Proteintech | 14010-1-AP | |
| Alexa Fluor488标记的二抗 | Invitrogen | A12379 | |
| Alexa Fluor568标记的二抗 | Fisher scientific | A12380 | |
| DAPI(4',6-二脒基-2-苯基吲哚) | -- | -- | |
| 荧光显微镜 | Nikon | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| pcDNA3.1空载体 | -- | -- | |
| pcDNA KEAP1过表达载体 | -- | -- | |
| 药物处理 | KI696 | -- | -- |
| 脂质过氧化检测 | C11-BODIPY(581/591)荧光探针 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本采集 | SCZ患者和健康对照的纳入排除标准,样本类型(前额叶皮层、PBMCs) 阅读提示:见Methods 2.2患者样本 |
| 生物信息学分析 | GSE27383数据集和FerrDb数据库的版本、差异表达基因筛选阈值 阅读提示:见Methods 2.1生物信息学分析 |
| hiPSC分化 | 重编程方法、分化因子浓度、处理时间、cINs成熟时间 阅读提示:见Methods 2.8和2.9 |
| KEAP1过表达 | 质粒浓度、转染试剂用量、转染时间(48小时) 阅读提示:见Methods 2.11转染 |
| KI696处理 | KI696浓度(1 µM)、处理时间(48小时) 阅读提示:见Methods 2.11转染 |
| 铁死亡指标检测 | Fe2+测定波长(593 nm)、MDA检测波长(532 nm)、GSH荧光波长(490/520 nm) 阅读提示:见Methods 2.5和2.6 |