患者队列分析
评估MDS和AML患者成骨细胞中β-catenin激活水平及其与生存的关系。
对305例MDS/AML患者和21例健康对照的骨髓样本进行流式或免疫组化检测核β-catenin,并分析生存数据。
A niche driven mechanism determines response and a mutation-independent therapeutic approach for myeloid malignancies.
研究包含患者样本分析(305例骨髓活检)、ATRA治疗患者转录组数据分析、基因工程小鼠模型(βcat(ex3)osb)体内疗效验证、小鼠模型功能验证(造血恢复、生存期延长)和机制研究(RARα敲除、抗JAG1抗体)等多层级验证。
βcat(ex3)osb转基因小鼠(成骨细胞β-catenin组成性激活诱导MDS/AML模型) MDS/AML患者骨髓样本(成骨细胞及CD34+细胞) 患者来源的骨髓间充质干细胞共培养体系 MLL-AF9小鼠AML模型
βcat(ex3)osb小鼠模型中ATRA给药剂量(5mg/kg,每周两次,皮下注射) ATRA治疗后小鼠外周血细胞计数(RBC、血小板、WBC)恢复情况 抗JAG1抗体D1对βcat(ex3)osb小鼠生存期的影响(3mg/kg,每周一次) 患者样本中成骨细胞β-catenin激活水平与ATRA治疗反应的相关性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估MDS和AML患者成骨细胞中β-catenin激活水平及其与生存的关系。
对305例MDS/AML患者和21例健康对照的骨髓样本进行流式或免疫组化检测核β-catenin,并分析生存数据。
验证ATRA是否直接抑制成骨细胞中β-catenin的核活性及其机制。
用Wnt-3a处理小鼠和人类原代成骨细胞,随后加入ATRA,检测β-catenin核定位、转录活性、靶基因表达等。
检验ATRA治疗反应与成骨细胞β-catenin激活及Notch信号的相关性。
分析公开RNA-seq数据(ATRA+TCP和ATRA+VPA临床试验)以及ATRA联合治疗患者骨髓活检样本。
在转基因小鼠模型中评估ATRA对成骨细胞β-catenin驱动的MDS/AML的治疗效果。
对βcat(ex3)osb小鼠(10天龄)给予ATRA治疗,监测血液学参数、免疫表型、存活率等。
确定ATRA疗效是否通过成骨细胞中的RARα介导。
在βcat(ex3)osb小鼠中敲除成骨细胞的RARα(βcat(ex3)osb;RARαosb−/−),并给予ATRA治疗,观察疗效是否消失。
评估靶向JAG1的抗体对βcat(ex3)osb小鼠的治疗效果及对患者来源细胞的作用。
使用抗JAG1抗体(D1)处理βcat(ex3)osb小鼠,监测血液学恢复和生存期;同时用患者细胞共培养体系测试D1和ATRA的疗效。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 小鼠治疗 | 全反式维甲酸 | Sigma | R2625 |
| 阿糖胞苷 | Sigma | C3350000 | |
| 多柔比星 | Sigma | D2975000 | |
| 5-氮杂胞苷 | StemCell Technologies | 72012 | |
| 抗体制备 | 抗JAG1抗体(D1) | AvantGen Inc | -- |
| 细胞培养 | MEM-α培养基 | Corning | 10-009-CV |
| RPMI 1640培养基 | Thermo Fisher Scientific | 30-2001 | |
| 胎牛血清 | Gibco | 10-082-147 | |
| GlutaMAX添加剂 | Gibco | 35-050-061 | |
| 青霉素-链霉素 | Corning | 30-004-CI | |
| 细胞因子处理 | 重组小鼠Wnt-3a | R&D | 1324-WNP |
| 重组人Wnt-3a | R&D | 5035-WNP | |
| 抑制剂处理 | MG-132蛋白酶体抑制剂 | Sigma-Aldrich | M7449 |
| 流式细胞术 | TruStain FcX(小鼠) | Biolegend | 101320 |
| TruStain FcX(人) | Biolegend | 422302 | |
| 固定/破膜缓冲液 | Invitrogen | 00-5123-43 | |
| 破膜缓冲液 | Invitrogen | 00-833356 | |
| 可固定活力染料eFluor 450 | Invitrogen | 65-0863-18 | |
| Western blot | 细胞分级分离试剂盒 | Cell Signaling Technology | 9038 |
| Bio-Rad DC蛋白定量试剂盒 | Bio-Rad | 500-0116 | |
| UbiTest-磁珠TUBE洗脱试剂盒 | LifeSensors | UM414M | |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| AllPrep DNA/RNA微量提取试剂盒 | Qiagen | 80284 | |
| RT-qPCR | PowerUP SYBR Green预混液 | Applied Biosystems | A25742 |
| 细胞增殖检测 | Click-iT Edu细胞增殖检测试剂盒 | Invitrogen | C10337 |
| 细胞凋亡检测 | AnnexinV-Pacific Blue/Sytox AADvanced凋亡检测试剂 | Invitrogen | A35136 |
| 荧光素酶报告基因 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E2920 |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000015 |
| Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | 13778150 | |
| siRNA | 靶向RARα的ON-TARGETplus SMARTpool siRNA | Dharmacon | L-047625-02-0005 |
| 靶向RARγ的ON-TARGETplus SMARTpool siRNA | Dharmacon | L-040974-00-0005 | |
| 靶向Siah1的ON-TARGETplus SMARTpool siRNA | Dharmacon | L-044891-01-0005 | |
| 靶向Trim33的ON-TARGETplus SMARTpool siRNA | Dharmacon | L-063673-01-0005 | |
| 靶向c-Cbl的ON-TARGETplus SMARTpool siRNA | Dharmacon | L-040165-01-0005 | |
| 细胞分选 | 谱系细胞去除试剂盒 | MACS | 130-092-211 |
| T细胞去除试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-094-973 | |
| B细胞去除试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-090-862 | |
| 细胞培养 | StemSpan SFEM-II培养基 | StemCell Technologies | 09605 |
| HSC扩增添加剂 | Miltenyi Biotec | 130-100-843 | |
| 分化培养 | StemSpan红系扩增添加剂 | StemCell | 02692 |
| StemSpan髓系扩增添加剂 | StemCell | 02693 | |
| 免疫组化 | BLOXALL封闭液 | Vector Labs | SP-6000 |
| 正常山羊血清 | Vectastain | S-1012-50 | |
| VECTASTAIN Elite ABC试剂 | Vectastain | PK-7100 | |
| DAB底物 | Vectastain | SK-4100 | |
| 苏木素QS | Vector Labs | H-3404 | |
| 免疫荧光 | DAPI染料 | Sigma-Aldrich | D9542 |
| 鬼笔环肽-iFluor 647 | Abcam | ab176759 | |
| 固定和包埋 | 尿素 | Sigma-Aldrich | U5128 |
| 蔗糖 | Sigma-Aldrich | S7903 | |
| Triton X-100 | Sigma-Aldrich | T8787 | |
| 猪皮明胶 | Sigma-Aldrich | G1890 | |
| 封片 | Fluoromont-G封片剂 | Invitrogen | 00-4958-02 |
| 抗体 | β-Catenin抗体(用于免疫组化) | Cell Signaling | 2677 |
| β-Catenin抗体(用于免疫组化) | Cell Signaling | 9587 | |
| HEY1抗体 | Abcam | ab154077 | |
| Runx2抗体 | Abcam | ab192256 | |
| Western blot | 活化β-Catenin抗体 | Cell Signaling Technology | 8814 |
| 总β-Catenin抗体 | Cell Signaling Technology | 9562 | |
| GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 5174 | |
| β-actin抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-47778 | |
| 组蛋白H3抗体 | Cell Signaling Technology | 4499 | |
| 流式细胞术 | CD45抗体 | eBioscience | 45-0451-80 |
| Ter119抗体 | Biolegend | 116206 | |
| CD71抗体 | BD Biosciences | 553267 | |
| CD41抗体 | eBioscience | 25-0411 | |
| CD11b抗体 | eBioscience | 17-0112 | |
| Gr1抗体 | Invitrogen | 12-5931 | |
| B220抗体 | eBioscience | 12-0452 | |
| CD19抗体 | eBioscience | 11-0193 | |
| CD4抗体 | BD Pharmingen | 553051 | |
| CD8a抗体 | BD Biosciences | 560471 | |
| 谱系抗体混合物 | BD Pharmingen | 51-9006964 | |
| c-Kit抗体 | BD Pharmingen | 553356 | |
| Ly6A/E抗体 | BD Biosciences | 558162 | |
| CD48抗体 | Biolegend | 103432 | |
| CD150抗体 | Invitrogen | 11-1502-82 | |
| FcγRII/III抗体 | eBioscience | 12-0161-82 | |
| CD34抗体 | eBioscience | 11-0341-82 | |
| 人CD34抗体 | eBioscience | 48-0349-42 | |
| 人JAG1抗体 | R&D | FAB1277F | |
| 人谱系抗体混合物 | BioLegend | 348805 | |
| Runx2抗体(人) | Santa Cruz Biotechnology | sc-10758 | |
| 骨钙素抗体(人) | Santa Cruz Biotechnology | sc-18319 | |
| 活化β-Catenin抗体(人) | Cell Signaling | 13537S | |
| 血型糖蛋白A抗体 | BD Biosciences | 555570 | |
| Band 3抗体 | Miltenyi Biotec | 130-119-780 | |
| CD11b抗体(人) | Thermo Fisher Scientific | 17-0118-42 | |
| CD15抗体 | BD Pharmingen | 560828 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者成骨细胞β-catenin检测 | 成骨细胞鉴定标记物(RUNX2、Ocn),β-catenin活化检测方法(流式细胞术/免疫组化),β-cathigh定义(各队列上四分位数),样本量(305例患者,21例对照) 阅读提示:STAR Methods部分“Patient samples and stratification” |
| ATRA处理细胞实验 | 原代成骨细胞分离方法(小鼠颅盖骨、人骨外植体),Wnt-3a处理浓度(20ng/ml)和时间(3h),ATRA浓度(1μM)和时间(3h),MG-132预处理(10μM,2h) 阅读提示:STAR Methods部分“Cell culture and treatment”和“ATRA treatment” |
| ATRA治疗小鼠实验 | 小鼠品系(βcat(ex3)osb),给药方式(皮下注射),剂量(5mg/kg),频率(前2个月每周2次,之后每周1次),治疗时长(6个月),对照(赋形剂) 阅读提示:STAR Methods部分“Mice treatment” |
| 抗JAG1抗体治疗小鼠实验 | 抗体D1(来自AvantGen),给药方式(皮下注射),剂量(3mg/kg),频率(每周1次),治疗时长(3个月),对照组(IgG) 阅读提示:STAR Methods部分“Mice treatment” |
| 患者细胞共培养实验 | 患者BM-MNC(去谱系)与BM-MSC共培养比例(1500细胞/孔,384孔板),D1浓度(20nM),ATRA浓度(1μM),处理时间(24小时或7天分化),分化条件(红系/髓系添加剂) 阅读提示:STAR Methods部分“Co-cultures” |