通过大肠杆菌中与合成PPR-PLS因子的相互作用解析拟南芥叶绿体编辑体中辅助蛋白的作用

RNA编辑在植物细胞器转录本中将胞苷修饰为尿苷，使其序列与基因组DNA预测的序列不同。该过程涉及一个显著扩展的RNA结合蛋白家族——含有三角状五肽重复（PPR）的蛋白质。在被子植物中，PPR蛋白存在于与辅助蛋白相关的编辑体中。这些辅助蛋白的确切功能尚不清楚。细菌共表达被子植物合成因子和不同的辅助蛋白RIP2、RIP9及ORRM1，证明了它们在RNA靶标编辑中的重要作用。在细菌中，ORRM1与RIP2或ORRM1与RIP9连同PPR因子的存在导致靶标编辑程度达80%，这与在植物中观察到的相似。辅助蛋白增加了PPR因子对靶标RNA的亲和力，这可能是它们在提高编辑效率中作用的解释。对表达不同辅助蛋白组合及合成因子的细菌转录组进行RNA-seq分析，共鉴定出34个脱靶编辑事件。对其被合成因子识别和结合的上游序列的研究将有助于优化未来设计，以提高这种可编程RNA编辑因子的特异性。