单细胞转录组数据分析
绘制正常和薄型子宫内膜的细胞图谱,鉴定血管周围CD9+SUSD2+细胞及其特征。
整合两个公开scRNA-seq数据集,进行质控、归一化、聚类(13个簇),并通过UMAP、RNA velocity、GO富集分析等表征细胞类型和分化轨迹。
Single-cell RNA sequencing of endometrium uncovers dynamic characteristics and dysregulation of perivascular CD9+SUSD2+ cells in thin endometrium.
包含单细胞RNA测序分析、流式细胞术、集落形成实验、三系分化、Western blot、多重免疫荧光和CellChat等至少两个独立证据层级,且包含功能验证和机制验证。
正常增殖期子宫内膜(n=3) 正常分泌期子宫内膜(n=3) 薄型子宫内膜增殖期样本(n=3)
正常和薄型子宫内膜的增殖期和分泌期样本来源(GSE183837和PRJNA730360) CD9+SUSD2+细胞和CD9−SUSD2+细胞的分离和培养条件 CFU实验中细胞接种密度1000 cells/well和培养时间2周 三系分化诱导培养基和使用时间(脂肪21天、成骨21天、软骨3周) 免疫荧光中CD9+SUSD2+细胞百分比在增殖期显著高于分泌期
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
绘制正常和薄型子宫内膜的细胞图谱,鉴定血管周围CD9+SUSD2+细胞及其特征。
整合两个公开scRNA-seq数据集,进行质控、归一化、聚类(13个簇),并通过UMAP、RNA velocity、GO富集分析等表征细胞类型和分化轨迹。
从子宫内膜组织中分离CD9+SUSD2+细胞和CD9−SUSD2+细胞,用于功能实验。
通过酶消化、过滤、染色和FACS分选获得CD9+SUSD2+和CD9−SUSD2+细胞,并在DMEM/F12培养基中培养。
验证CD9+SUSD2+细胞的间充质干细胞免疫表型、克隆形成能力和多向分化潜能。
通过流式细胞术检测MSC标记物,CFU实验评估克隆形成效率,并进行三系(成脂、成骨、成软骨)分化实验。
比较正常和薄型子宫内膜中CD9+SUSD2+细胞的功能变化。
通过scRNA-seq分析差异表达基因和通路富集,免疫荧光检测Ki67表达,Western blot检测COL1A1、ITGB1、α-SMA蛋白水平。
阐明CD9+SUSD2+细胞与基质细胞之间的相互作用及胶原沉积在TE中的作用。
使用CellChat分析细胞通讯,免疫荧光和Masson染色验证胶原沉积和肌成纤维细胞标志物表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞分选与培养 | IV型胶原酶 | Worthington Biochemical | LS004189 |
| 脱氧核糖核酸酶I | Roche | 10104159001 | |
| 红细胞裂解液 | BioLegend | 420301 | |
| 牛血清白蛋白 | SIGMA | 9048468 | |
| 流式分析 | 抗人SUSD2-PE抗体 | BioLegend | 327406 |
| 抗人CD9-APC抗体 | BioLegend | 312107 | |
| 固定活力染料506 | Thermo Fisher | 65086618 | |
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 流式分析 | 牛血清白蛋白 | Solarbio | A8020 |
| 杜氏磷酸盐缓冲盐水 | Gibco | 14190250 | |
| FITC标记的抗CD73抗体 | Sino Biological | 10904-MM07-F | |
| FITC标记的抗CD90抗体 | Sino Biological | 16897-MM10-F | |
| FITC标记的抗CD105抗体 | BD Pharmingen | 561443 | |
| FITC标记的抗CD34抗体 | Sino Biological | 68035-XM01-F | |
| FITC标记的抗CD45抗体 | Sino Biological | 10086-MM05-F | |
| FITC标记的抗CD11b抗体 | BioGems | 03211-50 | |
| FITC标记的抗CD19抗体 | Sino Biological | 11880-MM17-F | |
| FITC标记的抗HLA-DR抗体 | Sino Biological | 68038-XM01-F | |
| 同型对照FITC | BioGems | 44212-50 | |
| 免疫荧光 | PANO多重免疫组化试剂盒 | PANOVUE | 10234100100 |
| 抗SUSD2抗体 | R&D | MAB9056 | |
| 抗CD9抗体 | R&D | MAB25292 | |
| 抗CD31抗体 | Invitrogen | MA5-13188 | |
| 抗COL1A1抗体 | Thermo Fisher | PA5-29569 | |
| 抗ITGB1抗体 | Cusabio | RA011880A0HU | |
| 抗α-SMA抗体 | CST | 19245T | |
| 抗Ki67抗体 | Abcam | ab16667 | |
| 酪胺信号放大试剂盒 | -- | -- | |
| DAPI | -- | -- | |
| Western blotting | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0010 | |
| 封闭液 | Beyotime | P0216 | |
| 抗GAPDH抗体 | CST | #97166 | |
| 辣根过氧化物酶标记的抗兔IgG二抗 | Beyotime | A0208 | |
| 辣根过氧化物酶标记的抗小鼠IgG二抗 | Beyotime | A0216 | |
| iBright1500成像系统 | Thermo Fisher | -- | |
| 三系分化 | 成脂诱导培养基 | HyCyte | UCHX-D102R |
| 成骨诱导培养基 | HyCyte | UCHX-D101R | |
| 成软骨诱导培养基 | HyCyte | UCHX-D203 | |
| 油红O染色液 | -- | -- | |
| 茜素红染色液 | -- | -- | |
| 阿尔新蓝染色液 | -- | -- | |
| 仪器设备 | BD FACSAria II流式细胞分选仪 | BD Bioscience | -- |
| CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| 徕卡BOND RX自动染色仪 | Leica | -- | |
| VS200全切片扫描仪 | Olympus | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞数据分析 | 样本来源:正常子宫内膜(增殖期n=3,分泌期n=3)和薄型子宫内膜(增殖期n=3);数据来源:PRJNA730360和GSE183837;细胞质量控制标准:少于1,000个基因和10,000个转录本的细胞排除。 阅读提示:Methods: Data retrieval 和 Single-cell transcriptomic sequencing data analysis |
| 细胞分选与培养 | 子宫内膜组织消化条件:胶原酶IV和DNase I,37°C消化1小时;过滤:100 μm和25 μm滤网;染色:SUSD2-PE、CD9-APC、Fix viability dye 506;分选:BD FACSAria II;培养:DMEM/F12含10% FBS,5% CO2,37°C,48小时。 阅读提示:Methods: Isolation and culture of endometrial CD9+SUSD2+ cells |
| 流式分析 | 细胞数量:1×10^5;封闭:1% BSA/DPBS 30分钟;抗体孵育:室温30分钟;检测标记物:CD73、CD90、CD105、CD34、CD45、CD11b、CD19、HLA-DR。 阅读提示:Methods: Flow cytometry |
| 免疫荧光 | 组织切片处理:脱蜡、热诱导抗原修复(95°C,10分钟,ER1/ER2);一抗孵育30分钟,二抗15分钟;抗体稀释比例:SUSD2 1:600, CD9 1:150, CD31 1:200, COL1A1 1:1500, ITGB1 1:800, α-SMA 1:300, Ki67 1:200。 阅读提示:Methods: Immunofluorescence |
| Western blotting | 蛋白提取:RIPA裂解液;蛋白定量:BCA试剂盒;上样量:20 µg;一抗浓度:COL1A1 1:1500, ITGB1 1:1500, α-SMA 1:2000, GAPDH 1:4000;二抗:HRP标记抗兔/抗鼠IgG。 阅读提示:Methods: Western blotting |
| 集落形成实验 | 细胞接种密度:1000 cells/well(6孔板);培养条件:5% CO2,37°C;培养时间:2周;染色:1%结晶紫。 阅读提示:Methods: Colony-forming unit assay |
| 三系分化 | 脂肪分化:细胞密度2×10^4 cells/cm2,诱导21天(循环);成骨分化:细胞密度2×10^4 cells/cm2,诱导21天;软骨分化:2.0×10^5 cells成球,培养3周。 阅读提示:Methods: Tri-lineage differentiation |