体外HMGB1二聚化检测
验证HMGB1在体外是否形成二聚体及其依赖性
将重组HMGB1与LPS或LTA及H2O2在正常小鼠血清中孵育,通过非还原SDS-PAGE检测二聚体形成。
ROS anchor PAMPs-mediated extracellular HMGB1 self-association and its dimerization enhances pro-inflammatory signaling.
研究包含体外生化实验(二聚化、ELISA、SPR)以及细胞实验(NF-κB信号、TNF-α产生),并包含小鼠体内验证,具备多层级验证。
HEK293T细胞 HEK293-hTLR4A/MD2/CD14细胞 RAW264.7小鼠巨噬细胞 J774A.1小鼠巨噬细胞
HMGB1二聚化依赖Cys106残基,突变C106A阻断二聚化 二聚化由H2O2和PAMPs(LPS/LTA)诱导,NAC和DTT抑制 HMGB1以单体形式分泌,在胞外形成二聚体 Di-HMGB1与TLR4和TLR2的结合亲和力高于单体(KD值分别为8.6×10^-8 M和1.523×10^-8 M) NF-κB信号和TNF-α产生在Di-HMGB1处理下显著增强
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证HMGB1在体外是否形成二聚体及其依赖性
将重组HMGB1与LPS或LTA及H2O2在正常小鼠血清中孵育,通过非还原SDS-PAGE检测二聚体形成。
确定HMGB1分泌时是单体还是二聚体
将HEK293T或HEK293-hTLR4A/MD2/CD14细胞转染HMGB1或(HMGB1)2,用LPS或氧化应激处理,收集上清,进行非还原SDS-PAGE和免疫印迹。
验证二聚体中HMGB1的取向
通过单分子pull-down和双分子荧光互补(BiFC)实验,检测GFPN和GFPC标记HMGB1的相互作用。
比较单体与二聚体HMGB1与TLR4和TLR2的结合亲和力
使用ELISA和表面等离子共振(SPR)检测HMGB1、Di-HMGB1和(HMGB1)2与TLR4/MD2和TLR2的结合,并计算KD值。
评估二聚体HMGB1对NF-κB信号的影响
用HMGB1、Di-HMGB1或(HMGB1)2处理RAW264.7细胞,通过免疫印迹检测磷酸化p65水平,并观察核转位。
评估二聚体HMGB1对巨噬细胞TNF-α产生的影响
用HMGB1、Di-HMGB1或(HMGB1)2处理RAW264.7和J774A.1细胞,ELISA检测TNF-α水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Corning Cellgro | 35-015-CV |
| 胎牛血清 | Corning Cellgro | 35-015-CV | |
| Normocin™抗生素 | InvivoGen | -- | |
| 杀稻瘟菌素 | -- | -- | |
| 潮霉素B | -- | -- | |
| 转染 | FuGeneHD转染试剂 | Promega Corporation | E2311 |
| 蛋白纯化 | 镍柱 | -- | -- |
| 肝素柱 | -- | -- | |
| 凝胶过滤柱 | -- | -- | |
| Triton X-114 | -- | -- | |
| 鲎阿米巴样细胞裂解物检测 | Lonza Bioscience | 50-650U | |
| HMGB1二聚化实验 | 过氧化氢 | -- | -- |
| 脂多糖 | Sigma-Aldrich | L5293 | |
| 枯草芽孢杆菌脂磷壁酸 | Sigma | L3265 | |
| 二硫苏糖醇 | -- | -- | |
| N-乙酰半胱氨酸 | -- | -- | |
| 多粘菌素B | -- | -- | |
| 免疫沉淀 | TLR4/MD2重组蛋白 | R&D Systems | 3146-TM/CF |
| 小鼠抗TLR4抗体 | Cayman | 13589 | |
| Dynabead蛋白G磁珠 | Biorad | 1614023 | |
| 兔抗HMGB1抗体 | Abcam | ab18256 | |
| 兔抗MD2抗体 | Abcam | ab24182 | |
| 兔抗TLR4抗体 | Sigma-Aldrich | SAB5700648 | |
| 细胞裂解 | RIPA裂解液 | GenDePOT | R4100 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | GenDEPOT | HY-K0010 | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | Thermo Scientific™ | 78420 | |
| 免疫印迹 | 硝酸纤维素膜 | GE Healthcare | 10600001 |
| 小鼠抗Myc抗体 | Invitrogen | 13-2500 | |
| 兔抗磷酸化NF-κB p65 (Ser536)抗体 | Cell Signaling | 3033 | |
| 兔抗NF-κB p65抗体 | Cell Signaling | 8242 | |
| 兔抗肌动蛋白抗体 | Cell Signaling | 4967 | |
| HRP偶联二抗 | Jackson laboratories | 111-035-003 | |
| 增强化学发光底物 | GenDEPOT | W3651-012 | |
| 共聚焦显微镜 | LabTek II培养室 | Nalgene | 154526 |
| 牛血清白蛋白 | -- | -- | |
| Alexa594偶联抗小鼠TLR4抗体 | R&D Systems | 1203B | |
| DAPI | Vector Laboratories | H-1200-10 | |
| 共聚焦FV1000显微镜 | Olympus | FV1000 | |
| Triton X-100 | -- | -- | |
| 单分子pull-down | Amicon超滤管 | Merck Millipore | UFC500396 |
| 多聚赖氨酸 | Sigma Aldrich | P4707 | |
| 抗GFP抗体 | Abcam | ab5449 | |
| ELISA | TLR2重组蛋白 | Sino Biological | 10061-H08B |
| PolySorp微孔板 | Invitrogen™ | 44-2404-21 | |
| 小鼠抗His抗体 | Abcam | ab18184 | |
| HRP偶联抗小鼠IgG | Jackson ImmunoResearch | 115-035-003 | |
| TMB溶液 | -- | -- | |
| SPR | Biacore™ T200 | GE Healthcare | T200 |
| HMGB1分泌 | OPTI-MEM培养基 | Gibco™ | 31985070 |
| Centricon超滤管 | Merck Millipore | UFC500396 | |
| TNF-α测量 | ELISA试剂盒 | Invitrogen | 88-7324-88 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| HMGB1二聚化 | HMGB1浓度、LPS/LTA浓度、H2O2浓度、孵育时间、C106A突变体、NAC和DTT处理 阅读提示:Methods 2.4,图2 |
| 细胞培养和转染 | 细胞系、培养基、FBS浓度、抗生素、转染试剂、融合度 阅读提示:Methods 2.1 |
| 蛋白纯化 | 表达菌株、裂解方法、纯化柱、内毒素去除 阅读提示:Methods 2.3 |
| 免疫沉淀 | TLR4/MD2浓度、抗体、孵育时间 阅读提示:Methods 2.5,图4C |
| 结合分析 | TLR蛋白包被浓度、HMGB1浓度范围、SPR参数 阅读提示:Methods 2.8, 2.9,图4 |
| NF-κB信号 | 细胞系、处理时间、蛋白浓度、NAC/DTT浓度 阅读提示:Methods 2.5, Results 3.5,图5 |
| TNF-α产生 | 细胞密度、处理时间、蛋白浓度、NAC/DTT浓度 阅读提示:Methods 2.11, Results 3.6,图6 |
| 小鼠实验 | 小鼠品系、周龄、性别、LPS剂量、血清采集时间 阅读提示:Methods 2.12,图1B |