合成与表征DNA纳米结构及ADC偶联物
验证成功合成包含吉西他滨的DNA纳米结构,并将其与西妥昔单抗偶联形成目标偶联物CTG。
通过磷酰胺化学合成含吉西他滨的DNA单链(T4-GEM),与互补链退火组装成DNA四面体(TDN-G),利用点击化学将西妥昔单抗(DBCO修饰)与TDN-N3偶联生成CTG,并通过SEC-MALS、PAGE、动态光散射、负染电镜等方法进行表征。
Antibody-DNA nanostructure conjugate enables targeted delivery of gemcitabine to tumor and improves the anti-tumor efficacy
包含体外细胞实验(增殖抑制、凋亡/坏死通路验证)、体内同系肿瘤模型(药效、生物分布、毒性评估),以及转录组和免疫组化分析,多层次功能与机制验证。
A549人非小细胞肺癌细胞 MC38小鼠结肠癌细胞 MC38-hEGFR-OE/MC38-mEGFR-KD同系小鼠肿瘤模型
CTG的DAR值(17.8) CTG在体外对A549和MC38的IC50值 体内实验中CTG的给药剂量(3 μmol/L,5 μL/g,尾静脉注射,每两天一次) 肿瘤模型中MC38-hEGFR-OE和MC38-mEGFR-KD的构建
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证成功合成包含吉西他滨的DNA纳米结构,并将其与西妥昔单抗偶联形成目标偶联物CTG。
通过磷酰胺化学合成含吉西他滨的DNA单链(T4-GEM),与互补链退火组装成DNA四面体(TDN-G),利用点击化学将西妥昔单抗(DBCO修饰)与TDN-N3偶联生成CTG,并通过SEC-MALS、PAGE、动态光散射、负染电镜等方法进行表征。
评估CTG对肿瘤细胞的增殖抑制作用,并比较其与游离吉西他滨的效力差异。
在A549和MC38细胞中,分别用不同浓度的CTG、吉西他滨、西妥昔单抗、混合药物等处理细胞72小时,通过ATP发光法测定细胞活力,计算IC50。
验证CTG的细胞内化效率及核内分布,以解释其高效细胞毒性的原因。
使用Cy3标记的CTG(100 nM)孵育细胞30分钟,通过激光共聚焦显微镜观察细胞摄取情况,并计算核/质荧光比值。
阐明CTG诱导肿瘤细胞死亡的途径,确认其是否与吉西他滨一致(凋亡和坏死性凋亡)。
通过流式细胞术(Annexin V/PI染色)检测细胞死亡比例;使用caspase抑制剂Q-VD-OPh、RIP3抑制剂GSK872、RIP1抑制剂Necrostatin-2等处理细胞,分析死亡途径;检测caspase 3活性、细胞色素C释放、PARP1/RIP3/MLKL的表达和磷酸化。
评估CTG在动物体内的靶向性、抗肿瘤效果及毒性。
建立MC38-hEGFR-OE和MC38-mEGFR-KD双侧移植瘤模型,尾静脉注射CTG(3 μM,5 μL/g)每两天一次,监测肿瘤生长和体重变化;使用Cy5标记的CTG进行活体成像和离体器官荧光分布分析。
评估CTG是否引起吉西他滨常见的血液毒性和骨髓抑制。
通过血液学分析(全血细胞计数)、血生化检测(ALT、AST、Cre、BUN)、组织切片HE染色和股骨Wright-Giemsa染色,评估CTG的毒性。
评估CTG对肿瘤免疫微环境的影响,特别是免疫细胞浸润情况。
对肿瘤组织进行转录组测序及多重荧光免疫组化染色,分析CD49b(NK细胞)、FOXP3(Treg)、CD4、CD8阳性细胞的密度。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA合成 | 吉西他滨亚磷酰胺单体 | Wuhuhuaren | HR-00206011 |
| 细胞培养 | Ham's F-12K培养基 | Gibco | 21127030 |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | 11875119 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140148 | |
| 胎牛血清 | VivaCell | C04001 | |
| ADC合成 | DBCO-NHS酯 | Xianruixi | R-CD-002 |
| 西妥昔单抗 | Merck | -- | |
| 转染 | HiTransG P转染试剂 | GENE | GCD0338215 |
| 细胞增殖检测 | ATP发光细胞活力检测试剂 | UElandy | A6103L |
| 流式细胞术 | Annexin V-PE | Uelandy | A6079M |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | Thermo Scientific | 89901 |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂 | Thermo Scientific | 78447 | |
| No-Stain蛋白标记试剂 | Thermo Scientific | a44449 | |
| PARP1单克隆抗体 | Proteintech | 13371-1-AP | |
| RIP3(磷酸化T231 + S232)一抗 | Abcam | ab222320 | |
| MLKL(磷酸化S345)一抗 | Abcam | ab196436 | |
| RIP3多克隆抗体 | Proteintech | 17563-1-AP | |
| MLKL单克隆抗体 | Proteintech | 66675-1-Ig | |
| DyLight 680山羊抗兔IgG(H+L) | Invitrogen | 35568 | |
| DyLight 800山羊抗小鼠IgG(H+L) | Invitrogen | SA5-10176 | |
| 细胞凋亡检测 | Q-VD-OPh | MCE | HY-12305 |
| GSK872 | MCE | HY-101872 | |
| Necrostatin 2 | MCE | HY-14622 | |
| 免疫荧光 | DAPI | Thermo Scientific | 62248 |
| 细胞色素C兔单克隆抗体 | Beyotime | AF2047 | |
| 动物实验 | 异氟烷 | RWD | R510-22 |
| 血生化检测 | 丙氨酸氨基转移酶检测试剂盒 | PUREBIO | ALT01 |
| 天冬氨酸氨基转移酶检测试剂盒 | PUREBIO | AST01 | |
| 肌酐检测试剂盒 | PUREBIO | CR01 | |
| 血尿素氮检测试剂盒 | PUREBIO | URE01 | |
| RNA提取 | 组织总RNA提取试剂盒 | Vazyme | RC112-01 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| DNA纳米结构合成 | DNA单链序列(见表S1)、gemcitabine phosphoramidite monomer的合成方法 阅读提示:Methods: DNA nanostructure containing gemcitabine synthesis |
| ADC偶联物合成 | DBCO-NHS酯与西妥昔单抗的摩尔比(5倍)、反应时间(2h)、温度(室温)、TDN-N3与CTM-DBCO的摩尔比(1:1)、反应时间(过夜)及温度(4°C) 阅读提示:Methods: Antibody-DNA nanostructure conjugates (ADNC) synthesis |
| 细胞培养 | 细胞系(A549, MC38)、培养基(Ham's F-12K, RPMI 1640)、血清浓度(10%)、青霉素-链霉素浓度(1%)、培养条件(37°C, 5% CO2) 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 体外药效 | 细胞接种密度(2000 cells/well)、处理时间(72 h)、药物浓度梯度(CTG及对照)、细胞活力检测方法(ATP luminescent assay) 阅读提示:Methods: Measurement of cell proliferation |
| 细胞死亡机制 | 抑制剂使用浓度及处理时间(Q-VD-OPh, GSK872, Necrostatin 2)、检测方法(流式、caspase 3活性、Western blot) 阅读提示:Methods: Flow cytometry, Caspase 3 activity assay |
| 动物模型 | 小鼠品系(C57BL/6)、性别(雄性)、年龄(6周)、细胞接种量(5×10^6)、给药剂量(5 μL/g)、给药途径(尾静脉)、给药频率(每两天一次) 阅读提示:Methods: Animal studies |
| 毒性评估 | 血液学指标检测(全血细胞计数)、血生化指标(ALT, AST, Cre, BUN)、组织学染色(HE, Wright's-Giemsa) 阅读提示:Methods: Blood sample detection, Hematoxylin-eosin staining, Wright's-Giemsa staining |
| 免疫微环境分析 | 肿瘤组织采集、转录组测序条件(Illumina)、多重免疫荧光抗体的稀释比例、阳性细胞计数方法 阅读提示:Methods: Transcriptome sequencing, Multiple fluorescence immunohistochemistry |