患者样本分析
鉴定与肝癌免疫治疗反应相关的分泌因子
对10例接受纳武单抗治疗的HCC患者的肿瘤样本进行全转录组测序,比较响应者与非响应者的基因表达差异,筛选上调的分泌蛋白。
Targeting ALK averts ribonuclease 1-induced immunosuppression and enhances antitumor immunity in hepatocellular carcinoma.
包含患者样本转录组分析、功能实验(细胞系、原代巨噬细胞)、体内模型(皮下及原位肿瘤模型)及机制验证(免疫共沉淀、Duolink等),并进行联合治疗效果评估。
人肝癌细胞系(HCA-1、Hepa1-6) 小鼠骨髓来源巨噬细胞(BMDM) 原位肝癌小鼠模型 皮下肝癌小鼠模型
RNase1在抗PD-1治疗非响应者中的表达水平 RNase1对巨噬细胞M2极化的诱导作用 ALK信号在RNase1介导的M2极化中的作用 ALK抑制剂与抗PD-1联合治疗的抗肿瘤效果 联合治疗对免疫记忆T细胞形成的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与肝癌免疫治疗反应相关的分泌因子
对10例接受纳武单抗治疗的HCC患者的肿瘤样本进行全转录组测序,比较响应者与非响应者的基因表达差异,筛选上调的分泌蛋白。
验证RNase1表达水平与HCC患者预后及免疫治疗反应的相关性
通过组织芯片免疫组化检测174例HCC样本中RNase1表达,并分析其与总生存期、复发时间及血浆RNase1水平的关系;另外检测了独立队列中RNase1表达与CD8+T细胞浸润的关系。
评估RNase1过表达对免疫治疗疗效和肿瘤微环境的影响
构建稳定表达RNase1的HCA-1细胞系(HCA-1/R1)及对照(HCA-1/Vec),接种至免疫活性小鼠,建立皮下和原位肝癌模型,并给予抗PD-1治疗;检测肿瘤生长、生存率、肿瘤免疫细胞浸润(质谱流式、流式)。
探究RNase1对巨噬细胞极化的影响及其机制
用RNase1处理BMDM和THP-1来源巨噬细胞,检测M1/M2标志物表达;通过RNA-seq、免疫印迹、免疫共沉淀、Duolink等检测ALK信号通路激活;使用ALK抑制剂(克唑替尼、艾乐替尼)或siRNA敲低ALK验证机制。
评估ALK抑制剂与抗PD-1联合治疗对肝癌模型的效果和免疫记忆
在HCA-1/R1原位和Hepa1-6皮下模型中,给予克唑替尼或艾乐替尼与抗PD-1联合治疗,评估肿瘤生长、生存、免疫细胞浸润(流式、IHC)、长期免疫记忆(再次接种挑战)。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| L929小鼠成纤维细胞 | -- | -- | |
| 佛波醇肉豆蔻酸乙酸酯 | MilliporeSigma | P8139 | |
| 人IFN-γ | BioLegend | 570202 | |
| 脂多糖 | Santa Cruz Biotechnology | sc-3535 | |
| 人IL-4 | PeproTech | 200-04 | |
| 小鼠IL-4 | Sino Biological | 51084-MNAE | |
| 小鼠IFN-γ | Sino Biological | 50709-MNAH | |
| 核糖核酸酶1 | -- | -- | |
| 克唑替尼 | Selleck Chemicals | PF-02341066 | |
| 艾乐替尼 | LC Laboratories | AF802 | |
| 稳定细胞系构建 | pLV-RNase1-GFPSpark | Sino Biological | MG53784-ACGLN |
| pLV-C-GFPSpark | -- | LVCV-35 | |
| RNase1 CRISPR引导RNA | GenScript | -- | |
| ALK CRISPR/Cas9敲除质粒 | Santa Cruz Biotechnology | sc-419085-KO-2 | |
| 对照CRISPR/Cas9质粒 | Santa Cruz Biotechnology | sc-418922 | |
| shALK#1 | Sigma | TRCN0000000786 | |
| shALK#2 | Sigma | TRCN0000000787 | |
| 聚凝胺 | -- | -- | |
| Lipofectamine 2000 | Life Technologies | -- | |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液 | EMD Millipore | -- |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| GST融合蛋白结合磁珠 | Thermo Fisher Scientific | 88821 | |
| 蓝色上样缓冲液 | Cell Signaling Technology | 7722 | |
| 聚偏二氟乙烯膜 | Millipore | -- | |
| ECL试剂 | Bio-Rad Laboratories | -- | |
| 抗体 | 抗RNase1抗体(兔多克隆) | Atlas Antibodies | HPA001140 |
| 抗微管蛋白抗体(小鼠单克隆B-5-1-2) | Sigma-Aldrich | T5168 | |
| 抗磷酸化ALK抗体(兔,Y1057) | Abcam | ab192809 | |
| 抗CD8抗体(大鼠单克隆YTS169.4) | Abcam | ab22378 | |
| 抗EphA4抗体(小鼠单克隆M280) | ECM Biosciences | EM2801 | |
| 抗磷酸化EphA4抗体(Y602) | ECM Biosciences | EP2731 | |
| 抗PD-L1抗体(兔单克隆2096C) | R&D Systems | MAB90781 | |
| 抗颗粒酶B抗体(山羊多克隆) | R&D Systems | AF1865 | |
| 抗ALK抗体(小鼠单克隆F-12) | Santa Cruz Biotechnology | sc-398791 | |
| 抗STAT3抗体(小鼠单克隆F-2) | Santa Cruz Biotechnology | sc-8019 | |
| 抗磷酸化STAT3抗体(兔单克隆D3A7) | Cell Signaling Technology | 9145S | |
| 抗磷酸化STAT1抗体(兔单克隆58D6) | Cell Signaling Technology | 9167 | |
| 抗磷酸化ERK1/2抗体(兔多克隆) | Cell Signaling Technology | 9101 | |
| 抗ERK1/2抗体(兔多克隆) | Cell Signaling Technology | 9102 | |
| 抗iNOS抗体(兔多克隆) | Cell Signaling Technology | 2977 | |
| 抗CD206抗体(兔多克隆) | Novus Biologicals | NBP1-90020 | |
| 免疫组织化学 | 抗PD-L1抗体(山羊多克隆) | R&D Systems | AF1019 |
| 抗RNase1抗体(兔多克隆) | Sigma-Aldrich | HPA001140 | |
| 抗CD206抗体(兔多克隆) | Novus Biologicals | NBP1-90020 | |
| 抗颗粒酶B抗体(兔多克隆) | Abcam | 4059 | |
| 抗磷酸化ALK抗体(兔多克隆) | Cell Signaling Technology | 3341 | |
| 抗CD8抗体(兔单克隆SP16) | Abcam | ab101500 | |
| 抗CD68抗体(兔单克隆EPR20545) | Abcam | ab213363 | |
| 动物实验 | 抗PD-1抗体(小鼠) | Bio X Cell | BE0146 |
| IgG对照 | Bio X Cell | BE0089 | |
| 重组蛋白 | 重组小鼠RNase1蛋白 | Abbexa | abx068908 |
| 免疫荧光 | Duolink原位红色启动试剂盒 | Sigma-Aldrich | DUO92101 |
| 抗大鼠Alexa Fluor 647 | Life Technologies | -- | |
| 抗山羊Alexa Fluor 488 | Life Technologies | -- | |
| 抗兔Alexa Fluor 594 | Life Technologies | -- | |
| DAPI | Life Technologies | -- | |
| ELISA | 人核糖核酸酶A/RNase1 ELISA试剂盒 | -- | LS-F4615 |
| 小鼠RNase1 ELISA试剂盒 | -- | LS-F49244 | |
| 流式细胞术 | 红细胞裂解液 | Tonbo Bioscience | -- |
| Ghost染料紫510 | Tonbo Biosciences | -- | |
| 细胞内固定和透化缓冲液套装 | eBioscience | -- | |
| 抗小鼠CD16/32抗体 | Tonbo Bioscience | -- | |
| 细胞迁移 | 细胞侵袭小室(24孔) | BD Biosciences | -- |
| 细胞活力 | MTT | -- | -- |
| 动物实验 | 异氟烷 | -- | -- |
| Bruker 7T磁共振成像扫描仪 | Bruker | -- | |
| 质谱流式 | gentleMACS组织处理器 | Miltenyi Biotec | -- |
| 小鼠肿瘤解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | -- | |
| Cell-ID Intercalator-103Rh | Fluidigm | -- | |
| 流式细胞术 | Ficoll梯度 | Sigma-Aldrich | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本分析 | 样本量(n=5/组)、治疗反应评估标准(mRECIST)、RNase1表达差异阈值(log2FC≥2, P<0.001) 阅读提示:Methods: Tissue samples, 图1a, 补充表1 |
| 细胞培养和极化 | BMDM培养条件(L929条件培养基)、RNase1处理浓度(1 μg/ml)、极化刺激(IFN-γ 10 ng/ml + LPS 200 ng/ml, IL-4 20 ng/ml)、处理时间(24小时) 阅读提示:Methods: Cell culture and treatment, 图3d-e |
| 体内模型和治疗 | 细胞接种数量(HCA-1 1×10^6, Hepa1-6 5×10^6)、给药剂量(抗PD-1 100 μg/只, 克唑替尼 50 mg/kg)、给药频率(抗PD-1每3天, 克唑替尼每日)、治疗周期(3周) 阅读提示:Methods: In vivo murine models, 图2b, 图3g, 图5a |
| 流式细胞术 | 抗体克隆和稀释度、细胞染色流程、门控策略 阅读提示:Methods: Cytometry by time of flight and flow cytometry, 补充表9, 补充图8-10 |
| 联合治疗效果评估 | 肿瘤体积测量、生存分析、免疫记忆评估(再次接种时间等) 阅读提示:Methods: In vivo murine models, 图5, 图6 |