人类遗传关联分析
评估SPTBN1和ALDH2基因变异与肥胖及脂肪肝疾病的关联
分析健康肥胖个体、脂肪肝患者和MASH患者的肝脏SPTBN1和ALDH2表达,并进行SNP关联分析和eQTL分析。
Aldehydes alter TGF-β signaling and induce obesity and cancer.
包含人类样本SNP分析、多种转基因小鼠模型、体外细胞实验、3D培养模型、组学分析及功能验证,证据层级完整。
Aldh2−/−小鼠 ASKO(Aldh2−/−Sptbn1+/−)小鼠 HepG2、Huh7细胞系 LX-2人肝星状细胞系 人类3D MASH培养模型
正常饮食下Aldh2−/−和ASKO小鼠自发出现MetS和MASH表型 4-HNE修饰SPTBN1并促进其切割,形成毒性加合物 siRNA靶向Sptbn1或肝特异性敲除Sptbn1改善肝脏和代谢表型 DEN加西式饮食诱导的肝癌模型中,Aldh2−/−和ASKO小鼠肿瘤发生率增加
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估SPTBN1和ALDH2基因变异与肥胖及脂肪肝疾病的关联
分析健康肥胖个体、脂肪肝患者和MASH患者的肝脏SPTBN1和ALDH2表达,并进行SNP关联分析和eQTL分析。
验证Aldh2缺失和Sptbn1单倍剂量不足对代谢综合征和脂肪肝病发展的影响
在正常饮食下,比较WT、Sptbn1+/−、Aldh2−/−和ASKO小鼠的体重、脂肪含量、血糖、胰岛素、血脂、肝重、ALT及组织学变化。
阐明4-HNE修饰SPTBN1的机制及其对TGF-β信号的影响
检测肝组织中4-HNE水平,验证4-HNE对SPTBN1的修饰和切割,通过免疫沉淀、质谱和分子对接确定结合位点,并评估对SMAD3核转位和下游信号的影响。
评估靶向SPTBN1对MASH和代谢综合征的治疗效果
通过流体力学尾静脉注射siSptbn1或使用肝特异性敲除Sptbn1小鼠,评估对肝脏脂肪变性、纤维化、葡萄糖处理及肝癌发展的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 蛋白检测 | 抗4-HNE抗体 | R&D Systems | MAB3249 |
| 抗SPTBN1抗体 | Chen et al. | N/A | |
| 抗SMAD3抗体 | Cell Signaling | 9523 | |
| 抗pSMAD3抗体 | Cell Signaling | 9520 | |
| 抗V5抗体 | Invitrogen | R96025 | |
| 抗I型胶原抗体 | Rockland | 600-401-103 | |
| 抗αSMA抗体 | Abcam | Ab7817 | |
| 抗AKT抗体 | Cell Signaling | 4691 | |
| 抗pAKT抗体 | Cell Signaling | 4060 | |
| 抗GAPDH抗体 | Cell Signaling | 97166 | |
| 抗ALDH2抗体 | Proteintech | 15310-1-AP | |
| 抗Vinculin抗体 | Sigma-Aldrich | V9131 | |
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | Corning | 10-090-CV |
| 高糖DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11965092 | |
| 药物处理 | 4-羟基壬烯醛 | Cayman | 32100 |
| siRNA转染 | Lipofectamine™ RNAiMAX转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 13778075 |
| TransIT®-QR流体力学输送溶液 | Mirus | MIR | |
| 生化检测 | 天冬氨酸氨基转移酶(AST)活性比色检测试剂盒 | Biovision | K753 |
| 丙氨酸氨基转移酶(ALT)活性比色检测试剂盒 | Biovision | K752 | |
| OxiSelect™ HNE加合物竞争性ELISA试剂盒 | Cell Biolabs | STA-838 | |
| 胰岛素小鼠ELISA试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | EMINS | |
| 游离脂肪酸定量试剂盒 | Sigma-Aldrich | MAK044 | |
| 甘油检测试剂盒 | abcam | ab133130 | |
| RNA提取 | TRI Reagent™溶液 | Thermo Fisher Scientific | AM9738 |
| RNeasy Plus Mini试剂盒 | Qiagen | 74134 | |
| RT-qPCR | PowerUp™ SYBR™ Green预混液 | Applied Biosystem | A25742 |
| TaqMan™逆转录试剂盒 | Applied Biosystem | 43-665-96 | |
| 免疫沉淀 | 蛋白A/G混合磁珠 | MilliporeSigma | LSKMAGAG02 |
| 蛋白提取 | PhosSTOP™ EASYpack磷酸酶抑制剂 | MilliporeSigma | 4906837001 |
| cOmplete™,Mini,无EDTA蛋白酶抑制剂混合物 | MilliporeSigma | 11836170001 | |
| Western blot | 硝酸纤维素印迹膜 | Bio-Rad | 1620112 |
| 免疫组织化学 | VECTASTAIN® Elite ABC-HRP试剂盒,过氧化物酶 | Vector Laboratories | PK-6106 |
| EnVision®+双链接系统-HRP(DAB+) | Agilent Technologies | K4065 | |
| siRNA | Ambion体内预设计siRNA siRNA ID: s74306 | Thermo Fisher Scientific | 4457302 |
| Silencer™ Cy™3标记阴性对照1号siRNA | Thermo Fisher Scientific | AM4621 | |
| Ambion Silencer®阴性对照1号siRNA | Thermo Fisher Scientific | AM4611 | |
| ON-TARGETplus小鼠SPTBN1 siRNA | Horizon Discovery | L-043666-01-0005 | |
| ON-TARGETplus人SPTBN1 siRNA | Horizon Discovery | L-018149-01-0005 | |
| ON-TARGETplus非靶向对照池 | Horizon Discovery | D-001810-10-05 | |
| 重组DNA | 质粒:pcDNA3.1/V5-小鼠SPTBN1全长 | Rao et al. | -- |
| 质粒:pcDNA3.1/V5-小鼠NSPTBN1 (1-1455) | Rao et al. | -- | |
| 质粒:pcDNA3.1/V5-小鼠CSPTBN1 | Rao et al. | -- | |
| 质粒:人pCMV3-ALDH2-FLAG | Sino Biological | HG12064-CF | |
| 仪器 | Synergy H1混合酶标仪 | BioTek | -- |
| CardioChek PA分析仪 | Pts Diagnostics | -- | |
| AimStrip® Plus血糖仪 | Germaine Laboratories | -- | |
| NanoDrop 2000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | ND-2000 | |
| CFX96实时PCR系统 | Bio-Rad | -- | |
| Trans-Blot Turbo转印系统 | Bio-Rad | 1704150J2 | |
| Eclipse E800显微镜 | Nikon | -- | |
| MMC100代谢笼 | Hatteras instruments | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | Aldh2−/−小鼠(C57BL/6J背景)和Sptbn1+/−小鼠(129SvEv x Black Swiss)的遗传背景及杂交方案 阅读提示:STAR Methods 中 'Husbandry, diets, and dietary intervention in mice' |
| 饮食模型 | 西式饮食(含42%脂肪,TD.88137)和高果糖-葡萄糖溶液(23.1 g/L D-果糖 + 18.9 g/L D-葡萄糖)的处理时间(12周)及起始周龄(10周龄) 阅读提示:STAR Methods 中 'Husbandry, diets, and dietary intervention in mice' |
| 化学诱导肝癌模型 | DEN剂量(25 mg/kg)和注射时间(14-15天龄),以及西式饮食的开始时间和持续时间(DEN后8周开始,共10个月) 阅读提示:STAR Methods 中 'Husbandry, diets, and dietary intervention in mice' |
| siRNA治疗 | siSptbn1的剂量(1.25 nmol/只)和注射方案(4次,间隔2周),以及流体力学尾静脉注射的溶液体积(2.0 mL) 阅读提示:STAR Methods 中 'Hydrodynamic in vivo siRNA targeting' |
| 细胞模型 | HepG2、Huh7和LX-2细胞的培养条件,以及4-HNE处理浓度(20 μM或40 μM)和时间(3-5小时) 阅读提示:STAR Methods 中 'Cell lines' 和结果中 Figure 3 的图注 |