GREM2表达与生存关联分析
评估GREM2在乳腺癌组织和细胞系中的表达水平及其与患者预后的关系。
利用GEPIA、TNMplot和Expression Atlas数据库分析GREM2 mRNA表达;Kaplan-Meier Plotter分析GREM2表达与患者总生存期的关联。
Gremlin-2 is a novel tumor suppressor that negatively regulates ID1 in breast cancer.
包含患者数据库分析、体外细胞功能实验(增殖、集落、迁移)、体内动物模型(皮下和原位移植瘤)以及RNA-seq和机制验证(BMP2回补),多层级验证支持。
乳腺癌细胞系(MDA-MB-453, SKBR3, MTV/TM-011) 小鼠同基因乳腺癌模型(MTV/TM-011细胞皮下注射) 小鼠原位乳腺癌模型(MTV/TM-011细胞注射至第四乳腺脂肪垫)
GREM2在乳腺癌组织和细胞系中的表达水平显著降低(数据库分析) GREM2启动子甲基化水平及其与患者生存期的关联(TCGA及MethSurv) GREM2过表达对细胞增殖、集落形成、迁移的抑制作用(体外实验) GREM2过表达对体内肿瘤生长和肺转移的抑制作用(动物模型) RNA-seq鉴定的差异表达基因及GREM2对ID1表达的负向调控机制(BMP2回补)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估GREM2在乳腺癌组织和细胞系中的表达水平及其与患者预后的关系。
利用GEPIA、TNMplot和Expression Atlas数据库分析GREM2 mRNA表达;Kaplan-Meier Plotter分析GREM2表达与患者总生存期的关联。
探讨GREM2启动子甲基化与乳腺癌患者生存及GREM2表达的关系。
使用GSCA和MethSurv数据库分析GREM2启动子甲基化水平及与生存的关系;用去甲基化药物地西他滨处理三种乳腺癌细胞系,检测GREM2表达变化。
验证GREM2过表达对乳腺癌细胞增殖、集落形成和迁移的影响。
通过稳定转染建立GREM2过表达细胞系,进行细胞增殖分析、集落形成实验和伤口愈合实验。
验证GREM2过表达对乳腺癌肿瘤生长和转移的抑制作用。
在小鼠皮下或乳腺脂肪垫接种MTV/TM-011-mock或MTV/TM-011-Grem2细胞,测量肿瘤体积,并观察肺转移情况。
鉴定GREM2调控的下游基因和信号通路。
对GREM2过表达和对照细胞进行RNA-seq,筛选差异表达基因,并进行GO分析,与组织样本数据进行比对,识别核心靶基因。
验证GREM2是否通过BMP2抑制ID1表达,以及该通路对细胞功能的影响。
在GREM2过表达细胞中检测ID1表达,通过BMP2过表达回补实验和Wnt抑制剂处理验证机制,并通过细胞增殖和迁移实验评估功能恢复。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI培养基 | Corning Inc. | -- |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Corning Inc. | -- | |
| 质粒转染 | GREM2 ORF质粒 | Sino Biological | HG10283-CY |
| 脂质体转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 稳定细胞系筛选 | 潮霉素 | InvivoGen | -- |
| 慢病毒包装 | Lenti-Pac™ HIV表达包装试剂盒 | GeneCopoeia | -- |
| 慢病毒转导 | 聚凝胺 | Merck Millipore | -- |
| 稳定细胞系筛选 | 嘌呤霉素 | InvivoGen | -- |
| RT-qPCR | TRIzol®试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| M-MLV逆转录酶 | Enzynomics | -- | |
| TOP real™ qPCR 2X预混液 | Enzynomics | -- | |
| StepOnePlus实时荧光定量PCR仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Western blot | 裂解缓冲液 | Cell Signaling Technology | -- |
| 蛋白酶抑制剂 | Roche | -- | |
| 磷酸酶抑制剂 | Roche | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 聚偏二氟乙烯膜 | Merck Millipore | -- | |
| 二抗 | AbFrontier | -- | |
| Westsave Gold检测试剂 | AbFrontier | -- | |
| 免疫荧光染色 | Alexa Fluor® 488抗体 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| ProLong® Gold抗淬灭封片剂(含DAPI) | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RNA-seq | RNeasy小型试剂盒 | Qiagen | -- |
| HISAT2程序 | -- | -- | |
| 细胞处理 | 地西他滨 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| GREM2表达与生存分析 | 数据库类型(GEPIA、TNMplot、Expression Atlas)、样本量(如TCGA乳腺癌组织n=1085)、分组标准(高/低表达)、受体亚型分类 阅读提示:见Results部分Fig. 1及相关描述 |
| GREM2启动子甲基化分析 | GREM2启动子CpG位点(如cg02577267)、甲基化数据来源、地西他滨处理浓度和持续时间 阅读提示:见Results部分Fig. 2及Methods部分 |
| 体外功能实验 | 细胞系来源、稳定转染方法、筛选药物(hygromycin或puromycin)浓度、细胞接种密度、检测时间点(如增殖48小时,集落7-10天,伤口愈合0-72小时) 阅读提示:见Methods部分(Establishment of stable cell line, Wound healing assay, Colony formation)和Results部分Fig. 3 |
| 体内动物模型 | 小鼠品系(BALB/c裸鼠)、周龄、性别、细胞接种数量(未明确)、接种部位(皮下或乳腺脂肪垫)、肿瘤体积测量频率(每周两次)、实验终点(未明确) 阅读提示:见Methods部分In vivo mouse model和Results部分Fig. 4 |
| RNA-seq分析 | 测序平台(未明确)、样本制备方法(RNeasy Mini Kit)、数据分析参数(fold change≥1.5,p<0.05)、参考基因组、差异表达基因筛选标准 阅读提示:见Methods部分RNA sequencing (RNA-seq) and data analysis |
| 机制验证 | BMP2过表达质粒转染方法、MSAB处理浓度(10 µM)和处理时间(24小时)、ID1表达检测方法(qPCR) 阅读提示:见Results部分Fig. 7及Methods部分 |