抗体发现和表位分箱
从人源噬菌体展示文库中筛选结合SARS-CoV-2刺突蛋白的scFv,并通过表位分箱鉴定非重叠表位的抗体组合。
使用两个未暴露的噬菌体文库,通过11种淘选策略回收60个独特scFv克隆,将其表达为全长人IgG1,并利用生物层干涉法进行配对竞争和多个抗体同时结合实验,确定六个先导抗体(TATX-03)分布于4个非重叠表位分箱。
Broad Epitope Coverage of Therapeutic Multi-Antibody Combinations Targeting SARS-CoV-2 Boosts In Vivo Protection and Neutralization Potency to Corner an Immune-Evading Virus.
包含体外假病毒/真病毒中和、ADCC/ADCP报告基因实验、体内仓鼠攻毒实验等至少两个独立证据层级,并进行表位分箱和机制验证。
VeroE6细胞(表达TMPRSS2) HEK293细胞(表达ACE2和TMPRSS2) MDA-MB-231-hACE2细胞 叙利亚金仓鼠(SARS-CoV-2感染模型)
抗体组合TATX-03b′(23-H7, 21-F2(N92Q), 22-F7, 2-A6)的组成和比例 仓鼠攻毒剂量:102.0 TCID50 SARS-CoV-2(BetaCoV/Munich/BavPat1/2020)经鼻内接种 抗体给药途径和时机:单次腹腔注射,攻毒前24小时(PrEP)或攻毒后4小时(PET) 中和试验中检测的病毒变异株列表(包括Omicron亚系) ADCC/ADCP报告基因实验中的效应细胞与靶细胞比例(ADCC为4:1,ADCP为3:2)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从人源噬菌体展示文库中筛选结合SARS-CoV-2刺突蛋白的scFv,并通过表位分箱鉴定非重叠表位的抗体组合。
使用两个未暴露的噬菌体文库,通过11种淘选策略回收60个独特scFv克隆,将其表达为全长人IgG1,并利用生物层干涉法进行配对竞争和多个抗体同时结合实验,确定六个先导抗体(TATX-03)分布于4个非重叠表位分箱。
评估单个抗体和组合对假病毒和真病毒的中和潜力。
利用VSV和HIV骨架的假病毒系统以及真病毒系统,检测抗体对多种变异株的中和能力,确定IC50值。
评估抗体组合激活ADCC和ADCP等FcγR介导效应的能力。
使用Jurkat ADCC报告细胞和THP-1 ADCP报告细胞与表达S蛋白的CHO-K1靶细胞共培养,检测荧光素酶报告基因活性。
在叙利亚金仓鼠SARS-CoV-2感染模型中评估抗体组合的预防和治疗效果。
仓鼠在攻毒前24小时(PrEP)或攻毒后4小时(PET)接受单次腹腔注射抗体组合或对照,攻毒后第4天处死,检测肺部、咽喉拭子中的病毒滴度和肺部炎症。
评估抗体组合对SARS-CoV-2关切变异株的结合和中和广度。
通过ELISA和细胞结合实验检测抗体对多种变异株刺突蛋白的结合,并通过假病毒和真病毒中和实验检测中和效力。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | FectoPRO转染试剂 | PolyPlus Transfection | -- |
| 蛋白表达 | 人ACE2-hFc融合蛋白 | -- | -- |
| SARS-CoV-2刺突蛋白三聚体 | Cube Biotech | 28702 | |
| RBD-hFc融合蛋白 | -- | -- | |
| ELISA | TMB底物 | Thermo Fisher Scientific | 10354603 |
| HRP标记的羊抗人IgG | SouthernBiotech | 2040-05 | |
| 流式细胞术 | 驴抗人IgG-PE | Abcam | ab102439 |
| 生物层干涉法 | Octet HTX生物层干涉仪 | Sartorius | -- |
| 流式细胞术 | iQue Screener高通量流式细胞仪 | Sartorius | -- |
| 假病毒中和实验 | D-荧光素 | Promega | -- |
| Steady Glo试剂 | Promega | -- | |
| 真病毒中和实验 | CellTiter-Glo 2.0试剂 | Promega | -- |
| ADCC/ADCP报告实验 | Bio-Glo底物 | Promega | -- |
| Bio-Glo NL底物 | Promega | -- | |
| 蛋白纯化 | MabSelect SuRe LX亲和层析介质 | Cytiva | 17-5474-02 |
| CaptureSelect CH1-XL亲和层析介质 | Thermo Fisher Scientific | 29-3219-05 | |
| Superdex200 Increase凝胶过滤柱 | Cytiva | 29-3219-05 | |
| HPLC分析 | Agilent 1260 Infinity II高效液相色谱系统 | Agilent | -- |
| SEC | Agilent AdvanceBio体积排阻色谱柱 | Agilent | -- |
| CIC | HiTrap NHS活化树脂 | Cytiva | 17-0716-01 |
| SMAC | Agilent SEC-3色谱柱 | Agilent | -- |
| 毛细管电泳 | LabChip GXII Touch HT毛细管电泳系统 | PerkinElmer | -- |
| 溶解度分析 | 聚乙二醇4000 | Sigma-Aldrich | 9727 |
| 病毒载量检测 | Magnapure LC总核酸提取试剂盒 | Roche | -- |
| 7500实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 抗体组合制备 | 抗体的表达系统(HEK293或CHO)、纯化方法、缓冲液组成(如TATX-03c′用20 mM组氨酸pH5.3含8.8%海藻糖和0.025%吐温-80) 阅读提示:见2.1节Reagents、2.2节Phage Display Library Panning、3.1节关于表达和优化的描述 |
| 体外中和实验 | 假病毒和真病毒检测的细胞系、病毒变异株、抗体起始浓度及稀释系列、孵育时间 阅读提示:见2.6节、2.7节、2.8节 |
| Fc效应功能实验 | ADCC/ADCP报告细胞与靶细胞的比例、抗体浓度范围、孵育时间、底物种类 阅读提示:见2.9节 |
| 动物实验 | 仓鼠品系、年龄、攻毒病毒株、剂量、给药途径和时机(PrEP或PET)、抗体剂量 阅读提示:见2.14节及图1 |
| 病毒载量定量 | 组织取样部位、病毒滴定方法(TCID50)、RNA提取和RT-qPCR引物探针 阅读提示:见2.15节 |