验证EV-D68对JAK-STAT信号通路的抑制
明确EV-D68感染是否影响JAK-STAT通路及ISG表达。
用IFN-β预处理HEK293T和RD细胞后感染EV-D68,检测EV-D68 RNA、蛋白水平及STAT1/STAT3磷酸化水平,并分析转录组、蛋白质组、磷酸化组学数据。
Enterovirus D68 infection upregulates SOCS3 expression to inhibit JAK-STAT3 signaling and antagonize the innate interferon response of the host.
包含细胞感染模型、组学分析、过表达/敲低功能实验、突变体分析、小肽抑制剂设计及验证等多个独立证据层级,并明确涵盖功能与机制验证。
HEK293T细胞 RD恶性胚胎性横纹肌瘤细胞 HeLa宫颈癌细胞
EV-D68感染时间(6、12、24小时)和MOI(0.01、0.1、1) SOCS3过表达(pCAGGS-SOCS3-flag质粒)和siRNA敲低 IFN-β处理浓度和时间 SOCS3截短突变体(ΔKIR、ΔSH2-Q、ΔSH2-H、ΔBOX) SOCS3抑制剂-1/-2/-NC的转染及效果验证
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
明确EV-D68感染是否影响JAK-STAT通路及ISG表达。
用IFN-β预处理HEK293T和RD细胞后感染EV-D68,检测EV-D68 RNA、蛋白水平及STAT1/STAT3磷酸化水平,并分析转录组、蛋白质组、磷酸化组学数据。
确定EV-D68感染是否能上调SOCS3并抑制STAT3磷酸化。
在不同感染时间和MOI下,通过qRT-PCR和Western blot检测SOCS3及STAT3表达和磷酸化水平。
探究SOCS3在调节干扰素抗病毒作用和病毒复制中的作用。
在HEK293T细胞中过表达或敲低SOCS3,检测EV-D68 RNA、蛋白、病毒滴度及ISG表达;结合IFN-β处理评估SOCS3对干扰素信号的影响。
确定EV-D68中哪个蛋白以及何种机制导致SOCS3上调。
检测EV-A71和EV-D68感染后miR-103/miR-107变化;过表达EV-D68各蛋白检测SOCS3表达;检测RFX7表达及敲低效果。
确定SOCS3哪些结构域对其促病毒复制功能至关重要。
在细胞中表达野生型SOCS3和四种截短突变体(ΔKIR、ΔSH2-Q、ΔSH2-H、ΔBOX),检测EV-D68 RNA和蛋白水平。
开发针对SOCS3 KIR结构域的抑制剂并评估其抗病毒效果。
设计SOCS3 inhibitor-1、inhibitor-2及阴性对照,通过CCK8和免疫荧光验证安全性和结合能力,并检测其对EV-D68复制的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Fisher | 11995500BT |
| 胎牛血清 | Excell | FSP500-12B031 | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Cytiva | SV30010 | |
| RNA提取和qRT-PCR | TRIzol试剂 | Ambion | 391312 |
| Hifair® III第一链cDNA合成试剂盒 | Yeasen | 11139ES10 | |
| Hieff® qPCR SYBR Green预混液 | Yeasen | 11201ES03 | |
| Western blot | 含蛋白酶抑制剂的RIPA裂解液 | Roche | 4693132001-20 |
| NT膜 | PALL Corporation | 6590786 | |
| siRNA敲低 | Lipo 2000转染试剂 | Invitrogen | 2191415 |
| Western blot | 增强化学发光检测系统 | Yeasen | 36208ES60 |
| 细胞因子处理 | 重组人干扰素β | Sino Biological Inc | 10704-HNAS |
| Western blot | SOCS3兔多抗 | ABclonal | A0694 |
| SOCS3兔多抗 | SAB | 38150 | |
| STAT3兔多抗 | ABclonal | A1192 | |
| 磷酸化STAT3-Y705兔单抗 | ABclonal | AP0705 | |
| 磷酸化STAT1-S727兔单抗 | ABclonal | AP1000 | |
| 磷酸化STAT1 (Tyr701)兔多抗 | Affinity | -- | |
| DYKDDDDK标签兔多抗 | Proteintech | 20543-1-AP | |
| HA标签兔多抗 | Proteintech | 51064-1-AP | |
| β-微管蛋白小鼠单抗 | Simu Biotechnology | M9003 | |
| 肠道病毒D68 VP1兔多抗 | GeneTex | -- | |
| 肠道病毒D68 VP1小鼠单抗 | -- | -- | |
| siRNA敲低 | 靶向SOCS3的siRNA | Hanbio | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系(RD、HEK293T、HeLa)、培养基、血清浓度、培养温度及CO2浓度 阅读提示:Materials and methods: Cells, viruses, and plasmids |
| 病毒感染 | EV-D68毒株(Fermon)、感染时间(6,12,24小时)及MOI(0.01,0.1,1) 阅读提示:Materials and methods: Cells, viruses, and plasmids; Figure legends 2 |
| 药物处理 | IFN-β浓度及处理时间(6小时) 阅读提示:Materials and methods: Antibodies and reagents; Figure legends 1 |
| 过表达与敲低 | 质粒(pCAGGS-SOCS3-flag等)、siRNA浓度、转染试剂及处理时间 阅读提示:Materials and methods: siRNA knockdown; Figure legends 3 and 4 |
| 蛋白检测 | 抗体类型、稀释比例、封闭条件、孵育时间及曝光系统 阅读提示:Materials and methods: Western blot; Materials and methods: Antibodies and reagents |
| RNA检测 | RNA提取试剂、逆转录试剂盒、qPCR试剂及引物序列 阅读提示:Materials and methods: RNA extraction and qRT-PCR; Supplementary Table S1 |
| 病毒滴度测定 | TCID50检测方法及细胞系 阅读提示:Materials and methods: Data analysis; Figure legends 3 |
| 小肽抑制剂处理 | 抑制剂序列、浓度、转染时间及检测指标 阅读提示:Results: SOCS3 KIR regions are critical sites; Figure legends 5 |