临床样本TCGA数据分析
评估PRDM2/RIZ2在结直肠癌中的表达和突变情况
利用TCGA-COAD数据集分析RIZ1和RIZ2表达差异,以及RIZ2与EGF/EGFR的相关性。
RIZ2 at the crossroad of the EGF/EGFR signaling in colorectal cancer.
实验包含体外细胞模型、转录组测序和功能验证,但缺乏动物模型和患者样本验证。
DLD1结直肠癌细胞系 DLD1-pEGFP_hRIZ2稳定转染细胞 DLD1-pEGFP对照细胞 3D类器官模型
RIZ2过表达通过EGF自分泌环激活EGFR及其下游信号 EGF中和抗体和ZD1839预处理 EGF刺激时间点(5和10分钟) 细胞迁移和侵袭实验条件
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估PRDM2/RIZ2在结直肠癌中的表达和突变情况
利用TCGA-COAD数据集分析RIZ1和RIZ2表达差异,以及RIZ2与EGF/EGFR的相关性。
选择RIZ2低表达的CRC细胞系并建立RIZ2过表达模型
通过qRT-PCR筛选DLD1细胞系,用pEGFP_hRIZ2质粒稳定转染,对照为pEGFP空载体。
检测RIZ2过表达对细胞增殖、集落形成、迁移和侵袭的影响
进行WST-1、细胞计数、集落形成、伤口愈合、Transwell迁移和侵袭实验,以及3D类器官培养。
探索RIZ2过表达对转录组的影响及富集通路
对DLD1-pEGFP和DLD1-pEGFP_hRIZ2进行RNA-seq,分析差异表达基因和IPA通路。
验证RIZ2过表达是否通过EGF自分泌环激活EGFR信号
ELISA检测培养上清EGF浓度,Western blot检测EGFR和ERK磷酸化,使用EGF中和抗体和ZD1839抑制。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI培养基 | -- | -- |
| 炭处理血清 | -- | -- | |
| 细胞处理 | 人表皮生长因子 | Sigma Aldrich | -- |
| 药物处理 | ZD1839 | Selleckem | -- |
| 细胞处理 | EGF中和抗体 | Sino Biological | 10605-R001 |
| 转染 | 脂质体2000 | Life Technologies | -- |
| OptiMem I减血清培养基 | Life Technologies | -- | |
| 克隆筛选 | 遗传霉素G418 | Sigma-Aldrich | -- |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Thermofisher | -- |
| 反转录 | SuperScript III反转录酶 | Thermofisher | -- |
| 免疫荧光 | 吐温 | Bio-Rad | -- |
| 抗EGF抗体 | Abcam | ab131498 | |
| Texas red偶联的AffiniPure抗兔IgG | Jackson ImmunoResearch Laboratories | -- | |
| Hoechst 33258 | Merck | -- | |
| DNA合成检测 | 溴脱氧尿苷 | Sigma-Aldrich | -- |
| 细胞增殖检测 | WST-1试剂 | Merck | -- |
| 类器官培养 | 基质胶 | Corning | -- |
| DMEM/F12培养基 | -- | -- | |
| GlutaMAX添加剂 | -- | -- | |
| B27补充剂 | -- | -- | |
| 烟酰胺 | Merck | -- | |
| N-乙酰半胱氨酸 | Sigma-Aldrich | -- | |
| Y-27632 | Merck-Millipore | -- | |
| ELISA | 人EGF ELISA试剂盒 | Invitrogen | KHG0061 |
| 蛋白质印迹 | 抗KMT8/Riz1/Riz2抗体 | Abcam | ab3790 |
| 抗FAK抗体 | BD Transduction Laboratories | 610088 | |
| 抗P-Tyr397 FAK抗体 | BD Transduction Laboratories | 611722 | |
| 抗p42 ERK抗体 | Santa Cruz | sc-1647 | |
| 抗p44/p42 P-ERK抗体 | Santa Cruz | sc-7383 | |
| 抗微管蛋白抗体 | Santa Cruz | DM1A | |
| 抗GAPDH抗体 | Elabscience | E-AB-20078 | |
| 抗EGFR抗体 | Millipore | 610016 | |
| 抗P-Tyr1068 EGFR抗体 | Cell Signaling | 2234S | |
| ECL化学发光系统 | GE Healthcare | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系、培养基、血清浓度 阅读提示:Methods, Cell culture and treatments |
| RIZ2过表达 | 质粒构建、转染方法、筛选浓度 阅读提示:Methods, Plasmids and DLD1 transfection |
| EGF处理 | EGF浓度、处理时间 阅读提示:Methods, Cell culture and treatments; Results, Fig. 7 |
| 抑制剂处理 | ZD1839浓度 阅读提示:Methods, Cell culture and treatments; Results, Fig. 5 |
| 细胞功能实验 | 细胞密度、培养时间、检测方法 阅读提示:Methods, Clonogenic assay, Wound scratch analysis, migration, invasiveness; Results, Fig. 1, 2 |