临床软骨样本中lncRNA WDR11-AS1表达分析
验证lncRNA WDR11-AS1在骨关节炎软骨组织中的表达水平,及其与炎症因子的关系。
利用Genevestigator数据库分析,并收集OA患者软骨样本(undamaged vs damaged),提取RNA进行RT-qPCR检测lncRNA WDR11-AS1表达。
LncRNA WDR11-AS1 Promotes Extracellular Matrix Synthesis in Osteoarthritis by Directly Interacting with RNA-Binding Protein PABPC1 to Stabilize SOX9 Expression.
研究包含临床软骨样本分析、细胞功能实验(敲低/过表达)、RNA pulldown/质谱、RIP、RNA稳定性实验等多层级验证,明确功能与机制。
人骨关节炎软骨组织 原代软骨细胞 SW1353细胞系
lncRNA WDR11-AS1在OA软骨组织与IL-1β/TNF-α处理细胞中的表达变化 敲低/过表达lncRNA WDR11-AS1对ECM蛋白(COLⅡ、ACAN、MMP3等)表达的影响 lncRNA WDR11-AS1与PABPC1的相互作用 PABPC1对SOX9 mRNA及蛋白稳定性的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证lncRNA WDR11-AS1在骨关节炎软骨组织中的表达水平,及其与炎症因子的关系。
利用Genevestigator数据库分析,并收集OA患者软骨样本(undamaged vs damaged),提取RNA进行RT-qPCR检测lncRNA WDR11-AS1表达。
观察促炎因子对lncRNA WDR11-AS1表达的影响。
用IL-1β和TNF-α处理原代软骨细胞和SW1353细胞,在不同时间和浓度下检测lncRNA WDR11-AS1表达水平。
验证lncRNA WDR11-AS1对软骨细胞ECM合成与降解的调控作用。
在SW1353细胞中转染siRNA,在原代软骨细胞中转染shRNA敲低lncRNA WDR11-AS1,检测ECM相关蛋白(COLⅡ、ACAN、MMP3等)表达变化。
验证lncRNA WDR11-AS1过表达是否具有保护性作用。
用pEGFP-C1-WDR11-AS1质粒转染SW1353细胞,用腺病毒Ad-AS1转染原代软骨细胞,检测ECM相关蛋白表达变化。
鉴定与lncRNA WDR11-AS1相互作用的蛋白。
在SW1353细胞中进行RNA pulldown实验,使用生物素标记的正义和反义WDR11-AS1,结合蛋白经质谱分析,并用Western blot验证PABPC1结合。
确认内源性WDR11-AS1与PABPC1的相互作用。
使用PABPC1抗体进行RNA免疫沉淀(RIP),RT-qPCR检测WDR11-AS1富集情况。
验证PABPC1对ECM相关基因表达的调控作用。
在SW1353细胞中转染siRNA敲低PABPC1,检测mRNA和蛋白水平变化。
探究PABPC1是否直接结合SOX9 mRNA并影响其稳定性。
通过RIP实验检测PABPC1与ECM相关mRNA的结合,并使用actinomycin D和cycloheximide处理检测SOX9 mRNA和蛋白稳定性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 软骨消化 | 胰蛋白酶 | HyClone | SV30031.01 |
| II型胶原酶 | Gibco | 17101015 | |
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | HyClone | SH30261.01 |
| 胎牛血清 | Gibco | 10100147 | |
| 青霉素/链霉素 | Thermo Fisher | 15140122 | |
| RPMI-1640培养基 | Hyclone | SH30809.01 | |
| 细胞处理 | 白细胞介素-1β | Sino Biological Inc. | 10139-HNAE |
| 肿瘤坏死因子-α | Sino Biological Inc. | HG10602-M | |
| 细胞转染 | 脂质体转染试剂3000 | Thermo Fisher | L3000015 |
| 免疫组化 | SABC-AP(兔IgG)试剂盒 | BOSTER | SA1052 |
| 抗COL2A1抗体 | BOSTER | A00517-1 | |
| 抗MMP13抗体 | Proteintech | 18165-1-AP | |
| 抗PABPC1抗体 | Proteintech | 10970-1-AP | |
| 山羊抗兔IgG | BOSTER | #72040-63-2 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | 15596-026 |
| 逆转录 | cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | K1622 |
| qPCR | SYBR Green系统 | Roche | 04913850001 |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013C |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Beyotime | P1006 | |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | TIANGEN | PA115 |
| 蛋白质印迹 | PVDF膜 | Millipore | PVH00010 |
| ECL化学发光试剂盒 | NCM Biotech | P2200 | |
| Western blot | 抗ACAN抗体 | Proteintech | 13880-1-Ig |
| 抗MMP3抗体 | CST | 14351S | |
| 抗ADAMTS4抗体 | ABclonal | A2525 | |
| 抗ADAMTS5抗体 | ABclonal | A2836 | |
| 抗SOX9抗体 | Abcam | ab185966 | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 抗β肌动蛋白抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| 驴抗小鼠IgG | Thermo Fisher | A21202 | |
| 山羊抗兔IgG | Thermo Fisher | A11036 | |
| 核质分离 | PARIS™ 试剂盒 | Thermo Fisher | AM1921 |
| RNA体外转录 | HiScribe™ T7快速高产RNA合成试剂盒 | NEB | E2050S |
| RNA pulldown | Pierce™ RNA-蛋白质下拉试剂盒 | Thermo Fisher | 20614 |
| 银染 | 快速银染试剂盒 | Beyotime | P0017S |
| RIP | Magna RIP试剂盒 | Millipore | #17-700 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | OA患者软骨样本来源、Kellgren-Lawrence分级、样本分组(undamaged/damaged)标准 阅读提示:Materials and Methods 4.1 Cartilage Sample Collection |
| 细胞培养与处理 | 原代软骨细胞和SW1353细胞的培养条件、IL-1β和TNF-α的浓度与时间 阅读提示:Materials and Methods 4.2 Chondrocytes Culture和4.3 Cells Treatment and Transfection |
| 转染实验 | siRNA序列、转染试剂、剂量(50nM或2μg/well)、转染时间 阅读提示:Materials and Methods 4.3 Cells Treatment and Transfection |
| Western blot | 抗体稀释度、蛋白质提取方法、上样量、检测蛋白列表 阅读提示:Materials and Methods 4.6 Western Blot |
| RNA pulldown与质谱 | RNA生物素标记方法、RNA与蛋白质孵育条件、质谱分析平台 阅读提示:Materials and Methods 4.8 RNA Pulldown Assay |
| RIP实验 | 抗体(PABPC1)和IgG对照、裂解液、洗涤条件 阅读提示:Materials and Methods 4.9 RNA Immunoprecipitation (RIP) Assay |
| RNA和蛋白稳定性分析 | ActD和CHX的浓度、处理时间点 阅读提示:Materials and Methods 4.10 RNA Decay Assay和4.11 Protein Stability Assay |