鉴定LDLR中负责Tcnα摄取的结构域
确定LDLR的哪些细胞外结构域(LA重复域、LB重复域或NPxY基序)对介导Tcnα进入细胞是必需的。
构建Ldlr截短突变体(Ldlr∆LA、Ldlr∆LB)和NPxY基序缺失突变体,在HeLa LDLR−/−细胞中表达,并用Tcnα处理检测细胞变圆效果。
LDLR, LRP1, and Megalin redundantly participate in the uptake of Clostridium novyi alpha-toxin.
包含体外细胞模型(HeLa、U-87 MG)、重组蛋白表达、CRISPR/Cas9基因敲除、功能验证(细胞变圆实验)及机制验证(受体识别LA域、sGAG依赖性)。
HeLa细胞(LDLR−/−及SLC35B2−/−) U-87 MG细胞(人胶质瘤细胞系,LDLR−/−和LRP1−/−) 重组蛋白表达系统(Expi293F细胞表达LDLRLA-Fc,B. subtilis表达毒素)
Tcnα浓度6 nM处理HeLa细胞3小时用于细胞变圆实验 Tcnα浓度30 pM处理U-87 MG细胞20小时用于细胞变圆实验 sGAG依赖性验证使用HeLa SLC35B2−/−细胞 U-87 MG细胞LDLR和LRP1的蛋白表达水平通过免疫印迹验证 CRISPR/Cas9敲除LDLR和LRP1的效率通过免疫印迹验证
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定LDLR的哪些细胞外结构域(LA重复域、LB重复域或NPxY基序)对介导Tcnα进入细胞是必需的。
构建Ldlr截短突变体(Ldlr∆LA、Ldlr∆LB)和NPxY基序缺失突变体,在HeLa LDLR−/−细胞中表达,并用Tcnα处理检测细胞变圆效果。
评估除LDLR外,其他LDLR家族成员(如VLDLR、ApoER2、LRP1等)是否也能介导Tcnα进入细胞。
在HeLa LDLR−/−细胞中过表达Ldlr、Vldlr、ApoER2、Lrp4、Lrp10、Lrp11以及重构的LRP1CII-LdlrC、MegalinCII-LdlrC、LRP1BCII-LdlrC等,检测细胞对Tcnα的敏感性。
确定细胞表面硫酸化糖胺聚糖(sGAG)是否是LDLR、LRP1和Megalin介导的Tcnα进入所必需的。
在HeLa SLC35B2−/−细胞(sGAG阴性)中过表达Ldlr、LRP1CII-LdlrC或MegalinCII-LdlrC,并用Tcnα处理。
验证在同时表达LDLR和LRP1的细胞(U-87 MG)中,两者是否都参与Tcnα的进入和细胞毒性。
使用CRISPR/Cas9在U-87 MG细胞中分别敲除LDLR和LRP1,比较WT、LDLR−/−、LRP1−/−细胞对Tcnα的敏感性,并进行内化实验和共定位分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 免疫印迹 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | -- | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0011 | |
| 硝酸纤维素膜 | GE Healthcare | 10600002 | |
| 增强化学发光试剂 | Thermo Fisher Scientific | 34080 | |
| 细胞培养 | 聚乙烯亚胺 | YEASEN | 40816ES03 |
| 转染 | Polyjet转染试剂 | -- | -- |
| 蛋白表达纯化 | 镍亲和层析 | -- | -- |
| 尺寸排阻色谱 | GE Healthcare | -- | |
| 毒素结合实验 | NHS-罗丹明荧光标记试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | #46406 |
| 免疫荧光 | Hoechst 33258染色液 | BBI | E607301 |
| 免疫印迹分析 | β-肌动蛋白抗体 | Abcam | ab227387 |
| 免疫印迹/免疫荧光 | LDLR抗体 | Abcam | ab52818 / ab30532 |
| LRP1抗体 | Abcam | ab92544 | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 488标记的山羊抗兔IgG | Abcam | ab150077 |
| 免疫印迹 | HRP标记的山羊抗人IgG-Fc抗体 | Sino Biological | SSA001 |
| 蛋白互作分析 | 肝素-琼脂糖 | Abcam | ab193268 |
| LRP1 Cluster II Fc嵌合蛋白 | R&D Systems | 2368-L2 | |
| 蛋白表达 | Expi293F细胞 | Thermo Fisher Scientific | A14527 |
| 细胞培养 | HeLa细胞 | ATCC | CRL-1958 |
| MCF-7细胞 | ATCC | HTB-22 | |
| 小鼠胚胎成纤维细胞 | CTCC | CTCC-003-0036 | |
| BJ细胞 | CTCC | CTCC-400-0144 | |
| U-87 MG细胞 | CTCC | CTCC-ZHYC-0434 | |
| 基因编辑 | LentiGuide-Puro载体 | Addgene | #52963 |
| sgRNA | -- | -- | |
| 蛋白表达 | pLVX-IRES-mCherry载体 | Miaoling | P0424 |
| pHLsec载体 | -- | -- | |
| pSPAX2包装质粒 | -- | -- | |
| pMD2g包膜质粒 | -- | -- | |
| 细胞培养 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| 蛋白互作分析 | AHC生物传感器 | ForteBio | -- |
| 统计 | GraphPad Prism软件 | -- | -- |
| OriginPro软件 | -- | -- | |
| 显微镜 | 奥林巴斯IX73显微镜 | Olympus | -- |
| 蔡司LSM 880 NLO共聚焦显微镜 | Zeiss | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(HeLa、U-87 MG、MEF等)及培养条件(DMEM+10%FBS+青霉素/链霉素,37°C,5% CO2) 阅读提示:Methods - Materials |
| 基因敲除 | CRISPR/Cas9敲除LDLR和LRP1使用的sgRNA序列、载体(LentiGuide-Puro)及嘌呤霉素筛选浓度(5 µg/ml) 阅读提示:Methods - Gene knockout in U-87 MG cell line |
| 细胞变圆实验 | Tcnα浓度、处理时间(HeLa: 6 nM, 3h; U-87 MG: 30 pM, 20h)、转染方法(Polyjet)及转染后培养时间(36h后铺板,再培养12h) 阅读提示:Methods - Cytopathic cell rounding assay |
| sGAG依赖性实验 | 使用HeLa SLC35B2−/−细胞,Tcnα浓度为200 nM,冰上预结合30分钟,然后换液37°C孵育3小时 阅读提示:Methods - Cytopathic cell rounding assay, Results 相关段落 |