Myd88在S1WT诱导过度炎症和紧急髓系造血中的作用
确定Myd88是否介导S1WT诱导的炎症和造血反应
将S1WT或flagellin注射至Myd88缺陷和野生型斑马鱼幼虫后脑室,在6、12、24 hpi观察免疫细胞募集和总数,并在12 hpi检测炎症基因表达和24 hpi检测caspase-1活性。
The Spike protein of SARS-CoV-2 signals via Tlr2 in zebrafish.
包含基因敲除(CRISPR/Cas9)和突变体(Myd88缺陷)的功能验证,体内成像观察免疫细胞募集,RT-qPCR和Caspase-1活性检测,以及多种转基因报告系,证据层级至少两个。
斑马鱼幼虫(Tg(mpx:eGFP)、Tg(lyz:dsRED2)、Tg(mfap4:mCherry)、Tg(NFkB-RE:eGFP)等) 斑马鱼Myd88突变体(myd88hu3668/hu3568) 斑马鱼Tlr2敲低模型(CRISPR/Cas9)
S1WT注射浓度0.25 mg/ml,注射部位为48 hpf幼虫后脑室,每只注射1 nl CRISPR/Cas9注射:gRNA浓度250 ng/μl,Cas9 500 ng/μl,注射至1-8细胞期胚胎卵黄囊 观察时间点:3、6、12、24 hpi(免疫细胞募集和Nfkb活性) 基因敲低效率约70%,并通过TIDE确认 使用阴性对照gRNA和阳性质控flagellin
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定Myd88是否介导S1WT诱导的炎症和造血反应
将S1WT或flagellin注射至Myd88缺陷和野生型斑马鱼幼虫后脑室,在6、12、24 hpi观察免疫细胞募集和总数,并在12 hpi检测炎症基因表达和24 hpi检测caspase-1活性。
测试Il1b是否参与S1WT诱导的炎症反应
通过CRISPR/Cas9敲除il1b基因,然后注射S1WT,观察免疫细胞募集、Nfkb活性、炎症基因表达和caspase-1活性。
确定Tlr2是否介导S1WT诱导的炎症反应
检测S1WT注射后tlr2等基因表达变化,并通过CRISPR/Cas9敲低tlr2,观察免疫细胞募集、Nfkb活性和炎症基因表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 逆转录 | SuperScript IV RNase H逆转录酶 | Invitrogen | -- |
| 实时PCR | SYBR Green PCR核心试剂 | Applied Biosystems | -- |
| ABIPRISM 7500 | Applied Biosystems | -- | |
| CRISPR注射 | Cas9核酸酶V3 | IDT | 1081058 |
| 阴性对照crRNA | IDT | 1072544 | |
| 蛋白注射 | 重组His标签刺突S1野生型蛋白 | Sino Biological | 40591-V08B1 |
| 鞭毛蛋白 | Invivogen | -- | |
| Caspase-1活性检测 | Z-YVAD-AFC | Calbiochem | -- |
| 活体成像 | Leica MZ16F荧光体视显微镜 | Leica | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 斑马鱼品系与饲养 | 所用转基因和突变体品系的具体来源及饲养条件,如Tg(mpx:eGFP)、Tg(lyz:dsRED2)、Tg(mfap4:mCherry)、Tg(NFkB-RE:eGFP)和myd88突变体等。 阅读提示:Methods部分‘Animals’小节 |
| CRISPR/Cas9基因敲除 | crRNA序列、浓度、注射量和胚胎期,以及敲除效率确认方法。 阅读提示:Methods部分‘CRISPR and recombinant protein injections’小节及补充表S2 |
| S1WT注射与剂量 | S1WT蛋白浓度0.25 mg/ml,注射体积1 nl,注射部位为48 hpf幼虫后脑室。 阅读提示:Methods部分‘CRISPR and recombinant protein injections’小节 |
| 体内成像与细胞计数 | 成像时间点(3、6、12、24 hpi),使用的荧光显微镜型号,以及细胞计数方法(视觉计数和ImageJ分析)。 阅读提示:Methods部分‘In vivo imaging’小节 |
| 基因表达分析 | RNA提取方法、逆转录条件、实时PCR所用仪器和试剂,以及内参基因rps11。 阅读提示:Methods部分‘Analysis of gene expression’小节 |