尸检队列收集与分类
建立COVID-19死亡患者队列,并根据SARS-CoV-2感染与死因的关联进行分层。
收集2020年3月至2022年3月期间150例COVID-19尸检病例,获取人口统计学和临床数据,并根据标准定义将死因分为强、贡献性、弱关联。
Liver alterations and detection of SARS-CoV-2 RNA and proteins in COVID-19 autopsies.
包含150例尸检队列的组织病理学分析、20例快速尸检的IHC、RT-PCR、ISH多重验证,并进行统计学相关性分析。
COVID-19尸检肝脏组织 快速尸检(死后≤2天)肝脏FFPE样本
尸检队列:150例,尸检间隔(PMI)平均3.5天,其中20例PMI≤2天用于病毒检测 死因分类:强、贡献性、弱关联,用于相关分析 病毒检测方法:RT-PCR、ISH(RNAscope®)、IHC(NP和刺突蛋白) 肝组织病理评分:脂肪变性、坏死、纤维化、炎症、窦状隙扩张、内皮损伤和纤维蛋白(SEF评分) 统计关联:SEF评分与肺损伤评分及死因类别的相关性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立COVID-19死亡患者队列,并根据SARS-CoV-2感染与死因的关联进行分层。
收集2020年3月至2022年3月期间150例COVID-19尸检病例,获取人口统计学和临床数据,并根据标准定义将死因分为强、贡献性、弱关联。
评估COVID-19肝脏的组织学改变,包括脂肪变性、坏死、纤维化、炎症和血管异常。
对所有尸检肝脏样本进行HE、PAS和dPAS染色,由3位肝病理学专家独立评估,对脂肪变性、胆汁淤积、慢性炎症、窦状隙扩张、内皮损伤、纤维蛋白沉积、坏死和纤维化进行半定量评分;对血管改变使用SEF评分。
在快速尸检(PMI≤2天)的肝脏FFPE样本中检测SARS-CoV-2 RNA和蛋白,并确定其细胞定位。
对20例快速尸检肝脏FFPE样本进行RT-PCR检测SARS-CoV-2 RNA(N1、N2),ISH(RNAscope®)定位病毒RNA,IHC检测NP和刺突蛋白,并分析其在肝内细胞分布。
评估肝脏组织学改变与肺损伤程度、死因类别及临床化验数据的相关性。
使用ANOVA检验分析SEF评分与TP评分、死因类别的相关性,并分析各组织学改变与年龄和病毒检出状态的关系。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织病理学 | 3DHistech Pannoramic® 1000 数字切片扫描仪 | 3DHistech Ltd | -- |
| 免疫组织化学 | SARS-CoV-2核蛋白抗体 | Sino Biological | 40143-MM05 |
| SARS-CoV-2刺突蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 99423 | |
| CK7抗体 | Dako | M7018 | |
| CD31抗体 | Dako | M0823 | |
| CD34抗体 | Leica | NCL-L-END | |
| CD68抗体 | Dako | M0814 | |
| Claudin-5抗体 | Abcam | ab131259 | |
| 因子VIII抗体 | Dako | M0616 | |
| Ventana Benchmark Ultra自动免疫组化系统 | Ventana Medical Systems | -- | |
| OptiView DAB免疫组化检测试剂盒 | Ventana Medical Systems | -- | |
| UltraView通用碱性磷酸酶红色检测试剂盒 | Ventana Medical Systems | -- | |
| RT-PCR | RNeasy FFPE试剂盒 | Qiagen | -- |
| NanoDrop 2000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| SARS-CoV-2研究使用仅qPCR引物和探针试剂盒 | Integrated DNA Technologies | 10006770 | |
| Light Cycler 480 II系统 | Roche Diagnostics | -- | |
| TaqPathTM 1步RT-qPCR预混液 | Thermo Fisher Scientific | A15300 | |
| 原位杂交 | RNAscope® 2.5 HD检测试剂-RED | Advanced Cell Diagnostics (ACD) | 322350 |
| SARS-CoV-2 RNAscope®原位杂交探针 | Advanced Cell Diagnostics (ACD) | 848561 | |
| HybEZ™烤箱 | Advanced Cell Diagnostics (ACD) | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 尸检与样本采集 | 尸检队列规模:150例;PMI≤2天用于病毒检测。 阅读提示:Patients and methods 部分,第一段和第四段 |
| 组织病理学评估 | 肝脏切片的染色方法(HE、PAS、dPAS),半定量评分标准(0-3,纤维化0-4),SEF评分组成。 阅读提示:Gross anatomy and histology 部分,图2图注 |
| 免疫组织化学 | 抗体克隆、稀释度、抗原修复条件(CC1 pH8.0)、检测系统(OptiView DAB或UltraView AP Red)。 阅读提示:Immunohistochemistry 部分,表3 |
| RT-PCR检测 | RNA提取试剂盒(RNeasy FFPE)、RT-PCR试剂盒(N1、N2探针)、热循环仪型号。 阅读提示:SARS-CoV-2 detection by RT-PCR assay 部分 |
| 原位杂交 | 探针(RNAscope® SARS-CoV-2 ISH探针)、检测试剂(RNAscope® 2.5 HD RED)、靶标修复和蛋白酶处理时间。 阅读提示:SARS-CoV-2 genomic RNA detection by in situ hybridization 部分 |