筛选cGAS相互作用E3连接酶
鉴定与cGAS相互作用的E3连接酶,以寻找调控cGAS修饰和功能的因子。
使用酵母双杂交筛选,以pGBT9-cGAS为诱饵,筛选约200个pGADT7-E3构建体,鉴定出ARIH1作为cGAS相互作用蛋白。
The E3 ubiquitin ligase ARIH1 promotes antiviral immunity and autoimmunity by inducing mono-ISGylation and oligomerization of cGAS.
研究包含体外细胞实验(HEK293、THP-1、BMDCs等)、体内动物模型(Cre-ER;Arih1fl/fl和Lyz2-Cre;Arih1fl/fl小鼠、Trex1−/−小鼠)以及机制验证(ISGylation、寡聚化、点突变等),具有多层级证据。
HEK293细胞 THP-1细胞 小鼠骨髓来源树突状细胞(BMDCs) Cre-ER;Arih1fl/fl和Lyz2-Cre;Arih1fl/fl小鼠
细胞系:HEK293、THP-1、BMDCs、MLFs、cGas−/− MEFs HSV-1感染复数(MOI)和感染时间:如MOI=0.5,感染时间0-8小时 DNA转染剂量:如ISD45、HSV60、DNA90等1μg 小鼠模型:Cre-ER;Arih1fl/fl、Lyz2-Cre;Arih1fl/fl、Trex1−/−小鼠,HSV-1感染剂量(1×10^7 PFU腹腔或1×10^6 PFU颅内) 关键分子:cGAS K187(人)和K173(鼠)位点的ISGylation
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与cGAS相互作用的E3连接酶,以寻找调控cGAS修饰和功能的因子。
使用酵母双杂交筛选,以pGBT9-cGAS为诱饵,筛选约200个pGADT7-E3构建体,鉴定出ARIH1作为cGAS相互作用蛋白。
确认ARIH1与cGAS的特异性结合,并确定相互作用的结构域。
通过共免疫沉淀(co-IP)验证外源和內源相互作用,GST pull-down验证直接相互作用,并通过截短突变体进行结构域定位。
评估ARIH1在HSV-1和胞质DNA触发的先天免疫信号通路中的作用。
在THP-1细胞中敲低ARIH1,检测HSV-1或DNA转染诱导的ISG表达和IRF3/TBK1/p65磷酸化;在BMDCs中敲除ARIH1,检测细胞因子表达和HSV-1复制。
评价ARIH1在体内抗病毒免疫中的作用。
使用他莫昔芬诱导的Cre-ER;Arih1fl/fl和Lyz2-Cre;Arih1fl/fl小鼠,腹腔或颅内感染HSV-1,监测存活率、细胞因子产生、病毒载量和组织病理。
确定ARIH1的E3连接酶活性是否是其促进抗病毒免疫所必需的。
在ARIH1缺陷细胞中回补野生型ARIH1或催化失活突变体ARIH1C357S,检测抗病毒反应。
揭示ARIH1作用机制是否在cGAS水平影响cGAMP产生和寡聚化。
利用cGAMP活性测定评估ARIH1缺陷细胞中DNA转染后cGAMP产生;通过SDD-AGE分析HSV-1感染后cGAS寡聚化。
评估ARIH1在自身DNA触发的自身免疫中的作用。
在Trex1−/−背景下髓系敲除ARIH1,观察自身免疫表型是否减轻或挽救致死性。
确定ARIH1是否作为E3连接酶催化cGAS的ISGylation,并鉴定修饰位点。
在HEK293细胞中过表达ARIH1和ISG化系统组分,检测cGAS的ISGylation;体外ISG化实验确认直接催化;通过LC-MS鉴定修饰位点并验证突变。
确定cGAS上ISG化位点对抗病毒反应的影响。
通过LC-MS鉴定cGAS ISG化位点为K187,构建突变体,在细胞和体外实验中验证其对cGAS激活和寡聚化的影响。
理解ISG化修饰如何通过调节K187影响cGAS功能。
比较野生型cGAS与K187突变体(R、S、D、G、F)在DNA刺激下的寡聚化和活性,确认K187抑制cGAS激活,而ISG化解除此抑制。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子 | PeproTech | 500-P65 | |
| 巨噬细胞集落刺激因子 | PeproTech | 500-P62G | |
| I型胶原酶 | Worthington | -- | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Sigma-Aldrich | -- | |
| 药物处理 | 他莫昔芬 | Sigma | T5648 |
| 4-羟基他莫昔芬 | Sigma | H6278 | |
| 信号转导研究 | MLN4924 | MedChemExpress | HY-70062 |
| 转染 | PEI转染试剂 | Polysciences Inc | 24765-1 |
| 蛋白质纯化 | 谷胱甘肽-琼脂糖基质 | Transgen Biotech | -- |
| Ni-NTA琼脂糖 | QIAGEN | -- | |
| 蛋白质表达 | TNT快速偶联转录/翻译系统试剂盒 | Promega | -- |
| RNA提取和qRT-PCR | TRIzol试剂 | Life Technologies | -- |
| All-in-One cDNA合成SuperMix | Aidlab Biotechnologies | -- | |
| SYBR Green快速qPCR预混液 | Yeasen Biotechnology | -- | |
| ELISA | IFN-β ELISA试剂盒 | Biolegend | -- |
| IL-6 ELISA试剂盒 | Biolegend | -- | |
| TNF ELISA试剂盒 | Biolegend | -- | |
| CCL5 ELISA试剂盒 | 4A Biotech | -- | |
| 蛋白纯化(体外ISG化) | UBE1L蛋白 | Sino Biological | 11990-H20B |
| UBCH8蛋白 | Enzo Life Sciences | BML-UW9135 | |
| PCR和免疫染色 | Phusion聚合酶 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞模型 | 细胞类型:HEK293、THP-1、BMDCs、MLFs、cGas−/− MEFs、L929和HFF细胞;需确认来源和培养条件。 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 动物模型 | 小鼠品系:Cre-ER;Arih1fl/fl和Lyz2-Cre;Arih1fl/fl;他莫昔芬注射剂量和方案(80mg/kg,连续5天);HSV-1感染途径和剂量(腹腔1×10^7 PFU,颅内1×10^6 PFU)。 阅读提示:Methods: Mice, Tamoxifen-mediated deletion, Viral infection |
| 病毒和转染 | HSV-1毒株(H129-G4或野生型),MOI和感染时间;dsDNA配体(ISD45, HSV60, DNA90)浓度(1μg);转染试剂PEI使用比例。 阅读提示:Methods: Transfection of DNA ligands, poly(I:C) and cGAMP, Viral infection |
| 蛋白修饰检测 | ISGylation检测需共转染UBE1L、UBCH8、ISG15和ARIH1;变性IP洗涤缓冲液成分;体外ISG化反应条件(各组分浓度,37°C 2小时)。 阅读提示:Methods: Denature-IP and ISGylation assays, In vitro ISGylation assay |
| cGAS寡聚化检测 | SDD-AGE凝胶浓度和电泳条件(2%琼脂糖,100V,4°C);体外DNA结合实验使用ISD45(2μM),孵育条件。 阅读提示:Methods: SDD-AGE, Analysis of in vitro oligomerization of cGAS |
| 敲除验证 | Arih1fl/+小鼠构建使用CRISPR/Cas9,loxP位点位于第3外显子;Cre品系:Lyz2-Cre、Cre-ER、Trex1+/−;基因分型引物序列。 阅读提示:Methods: Mice, Tamoxifen-mediated deletion |