生物信息学分析BSG表达和预后
评估BSG在不同癌症类型中的表达水平及其与患者生存的关系。
利用GEPIA2、HPA、TCGA和GTEx数据库分析BSG mRNA表达差异和生存曲线。
Impact of BSG/CD147 gene expression on diagnostic, prognostic and therapeutic strategies towards malignant cancers and possible susceptibility to SARS-CoV-2.
包含多种癌组织及正常组织的生物信息学分析,RT-PCR和Western blot验证小分子对BSG表达的影响,IHC检测临床样本蛋白表达。
PC3人前列腺癌细胞系 H460人肺癌细胞系 HepG2人肝癌细胞系 22RV1人前列腺癌细胞系
BSG在不同肿瘤组织中表达上调,包括ACC、ESCA、KICH、LIHC、PAAD、SKCM和THYM(Fig. 1) BSG高表达与LGG、LIHC和OV患者较短OS相关,与KIRP患者较长OS相关(Fig. 5) CD、HEA、m62A和UMP处理可下调BSG蛋白水平,且呈剂量依赖性(Fig. 8) BSG突变与更短的无病生存和无进展生存相关(Fig. 6C, D)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估BSG在不同癌症类型中的表达水平及其与患者生存的关系。
利用GEPIA2、HPA、TCGA和GTEx数据库分析BSG mRNA表达差异和生存曲线。
验证BSG蛋白在实体肿瘤组织中的表达和定位。
对肺腺癌和乳腺癌患者的福尔马林固定石蜡包埋组织进行IHC染色。
检测CD、HEA、m62A和UMP对癌细胞中BSG表达的影响。
用不同浓度的小分子处理前列腺癌、肺癌和肝癌细胞系,然后通过Western blot和RT-PCR检测BSG蛋白和mRNA水平。
研究m62A对BSG蛋白稳定性的影响。
用cycloheximide (CHX)处理H460细胞,并联合或不联合m62A处理,通过Western blot检测BSG蛋白随时间的变化。
评估BSG甲基化作为泛癌诊断标志物的潜力。
利用DNMIVD数据库比较泛癌组织与正常组织的BSG启动子甲基化水平,并构建诊断模型。
评估BSG突变对泛癌预后的影响。
利用cBioPortal分析TCGA中BSG突变频率和位置,并比较突变组与未突变组的生存率。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| RPMI 1640培养基 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| 药物处理 | 虫草素 | Must Bio-Technology Co. Ltd | -- |
| N6-(2-羟乙基)腺苷 | BOC Sciences | -- | |
| N6,N6-二甲基腺苷 | BOC Sciences | 2620-62-4 | |
| 5'-尿苷酸 | Aladdin Biochemical Technology company | 58-97-9 | |
| Western blot | 抗BSG/CD147抗体 | Sino Biological, Inc. | -- |
| HSP70/90抗体 | Sigma-Aldrich | -- | |
| β-肌动蛋白抗体 | -- | -- | |
| 免疫组织化学 | BSG/CD147抗体 | SCBT—Santa Cruz Biotechnology | -- |
| BSG抗体 (HPA036048) | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | 细胞系来源和培养条件;药物处理浓度(0, 10, 20, 40 µM),处理时间24小时。 阅读提示:Methods中的Cell lines and cell culture和药物处理部分 |
| Western blot分析 | 抗体(BSG抗体、HSP70/90或β-actin)稀释比例(1:2000和1:5000);重复次数(3次)。 阅读提示:Methods中的Western blot and semi-quantitative RT-PCR analysis |
| RT-PCR分析 | 引物序列;PCR产物大小(242 bp);内参基因(ACTB);重复次数(3次)。 阅读提示:Methods中的Western blot and semi-quantitative RT-PCR analysis |
| CHX追踪实验 | CHX浓度(40 μg/ml);m62A预处理条件(至少1小时);检测时间点未明确。 阅读提示:Methods中的Cycloheximide (CHX) chase assay |
| 免疫组织化学 | 组织类型(肺癌、乳腺癌);抗体(sc-21746);对照(无抗体)。 阅读提示:Methods中的Assays of immunohistochemistry (IHC) |
| 生物信息学分析 | 数据库版本和具体参数(如GEPIA2、cBioPortal、TIMER2.0等);分析步骤和统计方法。 阅读提示:Methods中的Online databases for BSG analysis |