纵向样本采集与血清学分析
评估SARS-CoV-2感染后血清中和抗体和结合抗体水平的动态变化。
采集8名COVID-19康复者在三个时间点(症状发作后中位35.5、95.5、153.5天)的血清和PBMC样本。通过ELISA检测抗S、RBD、NTD及季节性β-CoV S蛋白的IgG结合抗体。通过VSV-SARS-CoV-2假病毒中和实验测定血清中和滴度。
Prolonged evolution of the human B cell response to SARS-CoV-2 infection.
研究包括纵向血清学和B细胞表型分析、1,213个单克隆抗体的分离、功能中和实验、表位定位及变异株交叉反应性分析,涉及体外模型和患者样本。
8名COVID-19康复者(轻度5名,重度3名) VSV-SARS-CoV-2假病毒系统 酵母表面展示的RBD变异体
样本采集时间点:Visit 1(症状发作后中位35.5天)、Visit 2(95.5天)、Visit 3(153.5天) 血清中和抗体滴度随时间下降,几何平均IC50从1,526降至125 单细胞分选:每个供体每个时间点分选23-368个S特异性swIg+MBCs 中和测定:VSV-SARS-CoV-2假病毒,IgG浓度50 nM用于初始筛选 变异株结合:针对RBD突变体(N501Y, E484K, K417N/T)的Fab结合分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估SARS-CoV-2感染后血清中和抗体和结合抗体水平的动态变化。
采集8名COVID-19康复者在三个时间点(症状发作后中位35.5、95.5、153.5天)的血清和PBMC样本。通过ELISA检测抗S、RBD、NTD及季节性β-CoV S蛋白的IgG结合抗体。通过VSV-SARS-CoV-2假病毒中和实验测定血清中和滴度。
评估SARS-CoV-2 S特异性记忆B细胞的频率和表型随时间的变化。
对PBMC进行流式细胞术分析,用荧光标记的S蛋白四聚体鉴定S特异性B细胞,并分析IgG、IgA、IgM、CD27和CD71表达。
从S特异性记忆B细胞中克隆单克隆抗体,用于后续测序和功能分析。
单细胞分选S特异性swIg+ MBCs,通过RT-PCR扩增抗体可变区基因,克隆到酵母表达载体中,表达全长IgG1。共获得1,213个单克隆抗体。
鉴定抗体的遗传特征、结合亲和力、表位、中和活性和交叉反应性。
对抗体进行重链和轻链测序,分析体细胞高频突变、VH基因使用。通过BLI测量Fab结合亲和力(KD)。通过ELISA评估结合特异性(针对S蛋白亚基)。通过VSV假病毒中和实验测定中和活性。通过酵母表面展示的RBD突变体评估变异株交叉反应性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 抗原制备 | PEIpro转染试剂 | PolyPlus | 115-100 |
| 苦马豆素 | -- | -- | |
| 抗原纯化 | Ni Sepharose树脂 | Cytiva | 17531804 |
| StrepTactin XT Superflow高容量树脂 | IBA Life Sciences | 24030025 | |
| Superdex 200 Increase柱 | Cytiva | -- | |
| Superose 6 Increase柱 | Cytiva | -- | |
| 细胞分选 | EasySep Direct人B细胞分离试剂盒 | Stem Cell Technologies | 19674 |
| 流式分析 | FACS Aria II Fusion流式细胞分选仪 | BD Biosciences | -- |
| 抗体克隆 | HotStarTaq Plus DNA聚合酶 | Qiagen | 203646 |
| 抗体表达 | 聚乙二醇3350 | Sigma-Aldrich | 202444 |
| 醋酸锂 | Sigma Aldrich | 517992 | |
| 鲑鱼精DNA | Invitrogen | 15632011 | |
| BLI结合实验 | ForteBio Octet HTX生物层干涉仪 | Molecular Devices | -- |
| 酶联免疫吸附试验 | 1-Step Ultra TMB-ELISA底物溶液 | Thermo Fisher Scientific | 34029 |
| Spectramax酶标仪 | Molecular Devices | -- | |
| 流式分析 | BD FACS Canto II流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| 中和实验 | Bright-Glo发光检测系统 | Promega | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 纵向样本采集 | 样本采集时间点:Visit 1(症状发作后中位35.5天)、Visit 2(95.5天)、Visit 3(153.5天) 阅读提示:Methods: Study design |
| 血清学分析 | ELISA检测抗原:SARS-CoV-2 S-2P、NTD、RBD、OC43 S、HKU1 S;血清稀释系列 阅读提示:Methods: Enzyme-linked immunosorbent assays (ELISA) |
| 记忆B细胞分析 | PBMC样本,流式染色抗体组合,S蛋白四聚体浓度25 nM 阅读提示:Methods: Single B cell sorting |
| 抗体克隆 | 单细胞分选数量(23-368)每个供体每个时间点;RT-PCR引物 阅读提示:Methods: Amplification and cloning of antibody variable genes |
| 功能分析 | VSV-SARS-CoV-2中和实验,IgG浓度50 nM初始筛选,IC50计算 阅读提示:Methods: VSV-SARS-CoV-2 pseudovirus neutralization assay |