候选生物标志物肽段的选择
从VP40蛋白中筛选出能够区分埃博拉病毒物种的肽段,用于后续抗体设计和检测。
对EBOV和SUDV重组VP40蛋白进行胰蛋白酶消化,通过LC-MS/MS分析鉴定肽段,并基于多序列比对和抗原性预测筛选出p8和p12两个候选肽段。
Species-specific quantification of circulating ebolavirus burden using VP40-derived peptide variants.
包含体外重组蛋白和VLP加标实验、不同物种灭活病毒粒子验证、NHP感染血浆分析,以及功能验证(抗体亲和力、LOD)和机制验证(序列差异导致的亲和力差异)。
EBOV VLPs SUDV VLPs EBOV感染的食蟹猴血浆 重组VP40蛋白(EBOV、SUDV、BDBV)
VP40肽段p8和p12的序列差异及物种特异性 抗体对p8和p12变体的亲和力差异(EBOV vs SUDV 分别为2.6倍和19倍) 样品灭活方法(0.5% Triton X-100,100°C处理5分钟) 内标肽(稳定同位素标记的p8)的使用 VLP中VP40含量的定量(Western blot和IP-MS)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从VP40蛋白中筛选出能够区分埃博拉病毒物种的肽段,用于后续抗体设计和检测。
对EBOV和SUDV重组VP40蛋白进行胰蛋白酶消化,通过LC-MS/MS分析鉴定肽段,并基于多序列比对和抗原性预测筛选出p8和p12两个候选肽段。
评估p8和p12肽段变体与制备的抗体之间的亲和力差异,以确保能有效捕获所有变体。
开发了针对p12的MRM检测方法,检测EBOV和SUDV p12变体的峰面积,结合酶切和电离效率差异,推算抗体亲和力差异。
在模拟临床样本中验证IP-MS方法的定量能力和物种区分能力。
将EBOV和SUDV VLP掺入健康人血浆中,经灭活、酶解和免疫沉淀后,用MRM检测p8和p12信号,并建立标准曲线和LOD。
验证该方法对其他埃博拉病毒物种(BDBV、TAFV、RESTV)的适用性。
使用灭活的BDBV、TAFV和RESTV病毒粒子,在血浆中加标,检测p8和p12信号,评估线性。
评估使用MALDI-TOF MS作为读出方式在NHP感染样本中检测VP40的可行性。
使用MALDI-TOF MS(Bruker Microflex LRF)和迷你MALDI-TOF MS(Shimadzu MALDImini-1)检测NHP血浆中免疫沉淀的p8和p12肽段。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 重组蛋白生产 | EBOV重组VP40蛋白 | IBT BioServices | 0564-001 |
| SUDV重组VP40蛋白 | IBT BioServices | 0569-001 | |
| BDBV重组VP40蛋白 | Sino Biological | 40448-V07E | |
| 病毒样颗粒生产 | 293T细胞 | -- | -- |
| 脂质体转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Pierce | 23225 |
| 病毒灭活 | Triton X-100 | Sigma | X100-500ML |
| Western blot | PVDF膜 | -- | -- |
| Pierce无蛋白封闭液 | Thermo Fisher Scientific | 37572 | |
| 抗VP40单克隆抗体 | IBT BioServices | 0201-016 | |
| 山羊抗小鼠IRDye 680标记抗体 | LICOR Biosciences | 926-68070 | |
| Odyssey红外成像系统 | LI-COR Biosciences | 9210 | |
| 免疫沉淀 | Protein G偶联磁珠 | Thermo Fisher Scientific | 1009D |
| 缓冲液 | 磷酸盐缓冲液 | Fisher Scientific | BP399-4 |
| 吐温-20 | Sigma | P9416-100 | |
| Tris碱溶液 | Bio-Rad | 161-0716 | |
| 酶解 | 测序级修饰胰蛋白酶 | Promega | V5111 |
| LC-MS分析 | Orbitrap Fusion Lumos质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| UltiMate 3000超高效液相色谱系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Acclaim PepMap100 C18 trap column | Thermo Fisher Scientific | 160454 | |
| PepMap RSLC C18 analytical column | Thermo Fisher Scientific | 164568 | |
| MRM-MS分析 | EASY-nLC 1000高效液相色谱系统 | Thermo Scientific | -- |
| Altis三重四极杆质谱仪 | Thermo Scientific | -- | |
| MALDI-TOF MS分析 | Microflex LRF MALDI-TOF MS系统 | Bruker Daltonics | -- |
| α-氰基-4-羟基肉桂酸(CHCA) | Sigma | 70990-1G-F | |
| 迷你质谱分析 | MALDImini-1质谱仪 | Shimadzu | -- |
| 肽段纯化 | Empore C8固相萃取盘 | 3M | 2214-C8 |
| FASP处理 | Microcon-30kDa离心过滤装置 | Millipore | MRCF0R030 |
| 抗体生产 | KLH偶联合成肽 | GenScript | -- |
| 对照病毒 | TAFV灭活病毒粒子 | BEI Resources | NR-44241 |
| BDBV灭活病毒粒子 | BEI Resources | NR-31813 | |
| RESTV灭活病毒粒子 | BEI Resources | NR-44238 | |
| 内标 | 稳定同位素标记的内标肽 | Thermo Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 候选肽段选择 | VP40蛋白来源(EBOV、SUDV),胰蛋白酶消化条件(酶量、时间、温度),LC-MS/MS参数,抗原性预测工具及阈值 阅读提示:Methods中'Recombinant VP40, irradiated virions, VLPs and stable-isotope-labeled peptide standard'和'MS analysis of tryptic peptides of recombinant EBOV and SUDV VP40'小节,以及Figure 1的图注 |
| 抗体亲和力评估 | MRM检测中使用的肽段序列(p12)、过渡离子选择、色谱条件、样品加标浓度 阅读提示:Results中'Enrichment of VP40 peptide variants using pan-peptide variants antibody'部分和Figure 3图注 |
| VLP加标血浆定量 | VLP中VP40含量(22.4%±1.3% vs 28.0%±3.3%),加标量范围(2.5 ng至2.5 μg),灭活条件(0.5% Triton X-100, 100°C, 5分钟),酶解条件(测序级胰蛋白酶,37°C, 1小时),内标浓度(2.5 pmol) 阅读提示:Methods中'IP-MS analysis of VP40 in human plasma'小节和Figure 4图注 |
| 其他物种病毒验证 | 灭活病毒粒子来源(BEI Resources),病毒蛋白浓度范围(0.625-10 μg/mL),p8和p12肽段序列 阅读提示:Results中'Quantification of VP40 from VLP-spiked plasma by IP-LC-MS analysis of p8 and p12 signal'部分的最后一段和Figure 5图注 |
| NHP血浆IP-MALDI-MS | NHP感染样本的病毒滴度(7.91×10^9 Geq/mL),FASP处理条件(尿素浓度、碘乙酰胺浓度、胰蛋白酶量),MALDI-TOF MS参数(激光能量、基质浓度) 阅读提示:Methods中'Filter-aided sample preparation (FASP) for infected NHP plasma'和'MS analysis of immunoprecipitated VP40 peptides'小节,以及Figure 6图注 |