病例选择与数据收集
确定符合研究条件的尸检病例,并收集人口统计学和临床数据。
从2020年3月至12月期间在DPCK死亡的495名RT-PCR阳性的SARS-CoV-2感染患者中随机选择100例进行尸检。记录人口统计学信息、合并症和实验室数据。
A COVID-19-association-dependent categorization of death causes in 100 autopsy cases.
包含100例尸检、组织病理学、免疫组化和统计比较,但缺少功能验证和机制验证。
100例SARS-CoV-2感染尸检病例 肺、心、肾、肝组织样本
尸检病例的COVID-19关联类别(强、贡献性、弱)定义 肺组织学评分(0-3)和总肺组织学评分 免疫组化检测SARS-CoV-2核衣壳蛋白和刺突蛋白的抗体及稀释度 取材组织块数(50-80块/例)及肺部取材位置(每叶3-4块)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定符合研究条件的尸检病例,并收集人口统计学和临床数据。
从2020年3月至12月期间在DPCK死亡的495名RT-PCR阳性的SARS-CoV-2感染患者中随机选择100例进行尸检。记录人口统计学信息、合并症和实验室数据。
评估宏观和微观器官改变,以确定COVID-19对死亡的影响。
由同一批尸检人员进行尸检,采集组织样本(50-80块/例)并进行FFPE处理。HE染色切片扫描后由病理学家进行半定量评分(0-3分)。
检测肺组织中SARS-CoV-2核衣壳和刺突蛋白的表达。
对25例尸检间隔<4天的肺组织切片以及每5例间隔5-6、7-8、9-10天的切片进行免疫组化染色,使用抗核衣壳蛋白抗体(1:1000稀释)和抗刺突蛋白抗体(1:250稀释)。
基于关联强度将死亡原因分类,并比较不同类别之间的临床和病理差异。
由临床医生和病理学家通过讨论,根据COVID-19与死亡的关联程度将病例分为强、贡献性、弱三类。使用Fisher精确检验、ANOVA等统计方法分析分类差异。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织病理学 | 3DHistech Pannoramic® 1000数字切片扫描仪 | 3D Histech Ltd | -- |
| 免疫组化 | 抗SARS-CoV-2核衣壳蛋白抗体 | Sino Biological Inc. | Cat. No. 40143-MM05 |
| 抗SARS-CoV-2刺突蛋白抗体 | GeneTex, Inc. | Cat. No. GTX635654 | |
| Ventana Benchmark Ultra自动免疫组化系统 | Ventana Medical Systems, Inc. | -- | |
| OptiView DAB免疫组化检测试剂盒 | Ventana Medical System | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 病例选择 | 样本量(100例)、死亡时间(2020年3月至12月)、纳入标准(RT-PCR证实SARS-CoV-2感染) 阅读提示:Material and methods, 病例选择与数据收集 |
| 尸检与组织病理学 | 组织取样部位和数量(肺每叶3-4块,总50-80块),固定和染色方法(FFPE, HE, PAS),扫描设备和参数 阅读提示:Material and methods, 尸检与组织病理学检查 |
| 免疫组化 | 抗体种类、克隆号、稀释度、抗原修复条件、检测系统 阅读提示:Material and methods, 免疫组化 |
| 死亡原因分类 | 分类定义和标准,临床病理讨论流程 阅读提示:Material and methods, 死亡原因分类与统计分析; Results, 分类 |
| 统计分析 | 统计检验方法(Fisher精确检验、ANOVA、Kruskal-Wallis),显著性水平(p<0.05) 阅读提示:Material and methods, 统计分析 |