使用纳米机械传感器平台对SARS-CoV-2进行高灵敏和超快速抗原检测

Highly sensitive and ultra-rapid antigen-based detection of SARS-CoV-2 using nanomechanical sensor platform.

作者信息Dilip Kumar Agarwal, Vikas Nandwana, Stephen E Henrich, Vara Prasad V N Josyula, C Shad Thaxton, Chao Qi, Lacy M Simons, Judd F Hultquist, Egon A Ozer, Gajendra S Shekhawat, Vinayak P Dravid
PMID34583103
发布时间2022-01-01
DOI10.1016/j.bios.2021.113647

实验完整度

中

包含体外蛋白检测(S1、N蛋白),患者样本检测,以及特异性交叉验证(MERS-CoV、H1N1),并评估了检测限、稳定性和线性,但缺乏动物模型或机制验证。

主要模型

SARS-CoV-2患者鼻咽拭子样本 微悬臂梁传感器平台 SARS-CoV-2 S1和N蛋白

重点核对

抗体包被浓度:20 μg/ml 抗原浓度梯度:1 μg/ml、100 ng/ml、10 ng/ml、1 ng/ml 临床样本:9例患者,Ct值13.18-39.7,病毒载量约6.2×10^6至95拷贝/ml 检测时间:swab to signal ≤5 min LoD:100 copies/ml(N蛋白0.71 ng/ml)

摘要

COVID-19的快速传播,包括最近出现的新变种及其极端范围的病理,迫切需要有通用的传感器,用于快速、精确和高灵敏地检测SARS-CoV-2。本文报告了一种基于微悬臂梁的光学检测方法,通过采用流体原子力显微镜(f-AFM)介导的纳米机械偏转方法,在几分钟内实现对SARS-CoV-2抗原蛋白的高特异性检测。首先通过EDC-NHS化学将针对目标抗原的相应抗体修饰在金包被的微悬臂梁表面,以进行合适的抗体-抗原相互作用。实时监测由抗体-抗原相互作用诱导的纳米机械信号,首先在临床相关浓度低至1 ng/mL(33 pM)下实现了SARS-CoV-2核衣壳(N)和刺突(S1)受体结合域(RBD)蛋白的快速检测。更重要的是,我们进一步展示了使用来自预先通过qRT-PCR确定的患者的鼻咽拭子标本对抗原的高特异性检测。结果耗时不到5分钟(拭子到信号≤5分钟),并表现出高选择性和分析灵敏度(LoD:100拷贝/mL;N蛋白0.71 ng/ml)。这些发现表明纳米机械信号转导在SARS-CoV-2及其相关突变株的早期筛查中具有快速抗原检测的潜力。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
开发一种快速、高灵敏且特异的SARS-CoV-2抗原检测方法,用于早期筛查。
核心机制
微悬臂梁表面抗体与病毒抗原结合引起表面应力变化,导致悬臂梁偏转,通过光学检测定量信号。
主要证据
体外实验显示S1和N蛋白检测限至1 ng/ml;临床样本检测显示高特异性,与Ct值相关;LoD为100 copies/ml,线性R2=0.995。
研究意义
为COVID-19的快速诊断提供了一种潜在的点护理平台,可检测低病毒载量,并可能用于突变株检测。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

微悬臂梁功能化

将抗体固定在金包被的悬臂梁表面,以实现特异性抗原结合。

使用EDC-NHS化学将抗S1和抗N抗体共价连接到MUA修饰的金表面,并用BSA封闭。

2

蛋白检测(S1和N)

验证传感器对SARS-CoV-2 S1和N蛋白的检测灵敏度和特异性。

将不同浓度的S1和N蛋白(1 μg/ml至1 ng/ml)通入微流控室,记录悬臂梁偏转。

3

交叉验证实验

评估传感器对非靶标蛋白(MERS-CoV、H1N1)和混合蛋白的特异性。

用抗S1抗体悬臂梁分别加入N蛋白和S1+N混合液,用抗N抗体悬臂梁分别加入S1蛋白和S1+N混合液,测量偏转。

4

临床样本检测

验证传感器对患者鼻咽拭子样本中SARS-CoV-2的实际检测能力。

采集9例患者和健康对照的鼻咽拭子,热灭活后应用传感器测量偏转。

5

检测限(LoD)测定

确定传感器的最低检测病毒拷贝数。

对高病毒载量患者样本(Ct=13.18)进行8次连续稀释,测量偏转并绘制线性关系。

6

稳定性测试

评估传感器在储存条件下的长期稳定性。

将包被抗体的悬臂梁在4°C储存15天,检测其偏转灵敏度。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
SARS-CoV-2刺突(S1)蛋白嵌合单克隆抗体Sino Biological Inc40150-D003
SARS-CoV-2核衣壳(N)蛋白嵌合单克隆抗体Sino Biological Inc40588-R0004
SARS-CoV-2刺突(RBD)蛋白Sino Biological Inc40150-V08B2
SARS-CoV-2核衣壳(N)蛋白Sino Biological Inc40588-V08B
重组人冠状病毒SARS-CoV-2糖蛋白Abcamab281471
FITC标记的抗SARS-CoV-2刺突糖蛋白抗体Abcamab282742
磷酸盐缓冲盐水Millipore-Sigma--
PBS-吐温20小袋Millipore-Sigma--
牛血清白蛋白Millipore-Sigma--
11-巯基十一烷酸Millipore-Sigma--
1-乙基-3-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺ThermoFisher Scientific--
硫代-NHSThermoFisher Scientific--
Bruker Bioscope Resolve液体成像系统Bruker--
无尖端硅悬臂梁Nanoworld Incorporation--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
微悬臂梁功能化
抗体浓度(20 μg/ml)、MUA浓度(10 mM)、EDC和Sulfo-NHS浓度(5 mM)、孵育时间(4°C过夜)
阅读提示:Methods 2.2 Preparation and functionalization of the microcantilever surface
蛋白检测
抗原浓度范围(1 μg/ml至1 ng/ml)、反应时间(15 min)、缓冲液(PBS pH 7.4)
阅读提示:Results 3.1 and 3.2
临床样本检测
样本类型(鼻咽拭子)、热处理(65°C 30 min)、9例阳性样本Ct值范围
阅读提示:Results 3.3 and Supplementary Information (Table S2, S3)
特异性验证
非靶标样本(MERS-CoV、Influenza A H1N1)
阅读提示:Results 3.4 and Fig. 3
LoD测定
连续稀释系列(100 copies/ml至6×10^9 copies/ml)
阅读提示:Results 3.5 and Fig. 5