诱导局部DNA损伤并检测m5C形成
验证DSB是否诱导m5C修饰在转录活性位点形成
在U2OS-TRE细胞中表达TA-KR融合蛋白,光激活诱导ROS损伤,通过免疫荧光检测m5C和γH2AX共定位。
m5C modification of mRNA serves a DNA damage code to promote homologous recombination.
包含体外细胞模型(U2OS)鉴定m5C诱导、TRDMT1功能、RAD52结合实验,并涉及小鼠体内肿瘤模型和TCGA数据分析。
U2OS细胞(含U2OS-TRE) Flp-in 293细胞 MDA-MB-231异种移植小鼠模型 TCGA乳腺癌临床数据队列
TA-KR诱导ROS损伤的U2OS-TRE细胞,光激活30分钟,恢复1小时 RAD52对含m5C RNA-DNA杂合体的结合亲和力(体外pull-down和EMSA) TRDMT1敲除细胞对IR和PARP抑制剂(Olaparib)的敏感性 MDA-MB-231异种移植小鼠,Olaparib给药剂量50 mg/kg,隔天一次
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证DSB是否诱导m5C修饰在转录活性位点形成
在U2OS-TRE细胞中表达TA-KR融合蛋白,光激活诱导ROS损伤,通过免疫荧光检测m5C和γH2AX共定位。
确定哪种RNA甲基转移酶负责DSB诱导的m5C修饰
siRNA敲低多个m5C甲基转移酶,检测TA-KR诱导的m5C;构建TRDMT1 KO细胞并使用野生型或催化突变体回补。
确定TRDMT1是否影响HR修复途径
使用DR-GFP和CRISPR-LMNA-HR报告检测HR效率,EJ5-GFP检测NHEJ,并观察γH2AX清除和IR敏感性。
研究RAD52是否优先结合m5C修饰的DNA:RNA杂合体
合成含或不含m5C的RNA:DNA杂合体,进行体外pull-down和EMSA检测RAD52结合。
研究TRDMT1表达水平与肿瘤对放疗和PARP抑制剂反应的关系
分析TCGA乳腺癌数据中TRDMT1表达与RSI的关系;体外克隆形成实验检测Olaparib敏感性;体内移植MDA-MB-231肿瘤,给予Olaparib治疗,测量肿瘤体积。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Lonza | 12-604F |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| siRNA转染 | Lipofectamine RNAiMax转染试剂 | Invitrogen | -- |
| siRNA敲低 | TRDMT1 siRNA | Invitrogen | 4392420 |
| NSUN2 siRNA | -- | M-018217-01 | |
| NSUN4 siRNA | -- | D-027291-01-0002 | |
| NSUN5 siRNA | -- | D-021349-17-0002 | |
| NSUN6 siRNA | -- | D-018822-01-0002 | |
| 显微成像 | 奥林巴斯FV1000共聚焦显微镜系统 | Olympus | F10PRDMYR-1 |
| 细胞培养 | 35毫米玻璃底培养皿 | MatTek | P35GC-1.5-14-C |
| KR激活 | 15瓦Sylvania冷白荧光灯泡 | Sylvania | -- |
| 封闭 | 牛血清白蛋白 | Sigma-Aldrich | A-7030 |
| m5C染色 | RNaseH1 | ThermoFisher Scientific | EN0201 |
| mRNA提取 | Dynabeads mRNA DIRECT纯化试剂盒 | ThermoFisher Scientific | 61011 |
| 斑点杂交 | 尼龙66膜 | Biodyne B | 60209 |
| UV Stratalinker 2400交联仪 | Stratagene | -- | |
| 亚甲基蓝 | Sigma-Aldrich | M9140-25G | |
| 2D-TLC | RNase If | New England Biolabs | M0243L |
| RNase T2 | Worthington Biochemical Corp. | LS01502 | |
| T4多核苷酸激酶 | New England Biolabs | M0201L | |
| P1核酸酶 | New England Biolabs | M0660S | |
| 纤维素薄层色谱板 | EMD Millipore | M1057160001 | |
| 质粒构建 | GFPspark-TRDMT1质粒 | OriGene | RG214459 |
| GFP-NSUN2质粒 | Sino Biological | HG11224-ACG | |
| 蛋白质印迹 | 丽春红S染色液 | Sigma-Aldrich | P3504-10G |
| 化学发光HRP底物 | Millipore | WBKLS0500 | |
| 免疫组化 | TRDMT1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-365001 |
| Ki-67抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-23900 | |
| 体内模型 | 奥拉帕尼 | Selleck Chemicals | AZD2281; |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 诱导DNA损伤 | U2OS-TRE细胞,TA-KR表达,光激活时间30分钟和恢复1小时 阅读提示:Methods: Microscopy and activation of KR |
| m5C检测 | m5C抗体(4种),RNaseH1处理,RNaseA处理,DNase I处理 阅读提示:Methods: Immunoassays and m5C staining |
| RNA m5C测定 | mRNA提取,H2O2处理浓度2mM时间40min,dot blot和2D-TLC 阅读提示:Methods: Dot blot assay, 2D-TLC assay |
| TRDMT1敲除 | CRISPR/Cas9靶位点序列,单克隆筛选 阅读提示:Methods: CRISPR-Cas9 KO generation |
| HR/NHEJ报告实验 | DR-GFP和EJ5-GFP细胞,siRNA处理,I-SceI转染,流式分析 阅读提示:Methods: HR/NHEJ flow cytometry |
| 体外RAD52结合实验 | RNA寡核苷酸序列包含5个m5C,与互补DNA形成杂合体,pull-down和EMSA条件(盐浓度,NP-40) 阅读提示:Methods: In vitro RNA-protein pull-down assay, Electrophoretic mobility shift assay |
| 细胞存活和克隆形成 | 细胞密度约400/6cm皿,IR处理,培养7-10天,结晶紫染色 阅读提示:Methods: Cell survival assay |
| 体内异种移植实验 | MDA-MB-231细胞6.0×10^5注射,BALB/c裸鼠,分组(每条件3只),Olaparib 50 mg/kg,隔天一次,20天 阅读提示:Methods: Mice maintenance and ethics |