酵母展示筛选宿主蛋白与Borrelia相互作用
鉴定与B. burgdorferi相互作用的人类细胞外和分泌蛋白
使用BASEHIT技术,将表达1031个人类蛋白的酵母文库与表面生物素化的B. burgdorferi N40(33°C和37°C培养)孵育,通过磁珠分离和下一代测序鉴定结合蛋白。
A human secretome library screen reveals a role for Peptidoglycan Recognition Protein 1 in Lyme borreliosis.
研究包含酵母展示高通量筛选、体外结合与杀伤实验、PGLYRP1敲除小鼠体内感染模型及组织病理、抗体和细胞因子分析,多层级验证。
BALB/c小鼠 PGLYRP1-/-小鼠 B. burgdorferi N40菌株 酵母展示文库
酵母展示筛选的Borrelia培养温度(33°C和37°C) PGLYRP1与B. burgdorferi结合实验中使用的蛋白浓度(10和40 μg/ml) 体内感染小鼠的B. burgdorferi注射剂量(1x10^6螺旋体,皮下注射) 感染后检测时间点(14和25天) PGLYRP1-/-小鼠品系来源(BALB/c背景)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与B. burgdorferi相互作用的人类细胞外和分泌蛋白
使用BASEHIT技术,将表达1031个人类蛋白的酵母文库与表面生物素化的B. burgdorferi N40(33°C和37°C培养)孵育,通过磁珠分离和下一代测序鉴定结合蛋白。
验证PGLYRP1与B. burgdorferi的直接结合
通过ELISA检测重组人PGLYRP1-Fc与B. burgdorferi全细胞裂解物的结合;通过流式细胞术检测人/鼠PGLYRP1-His与活B. burgdorferi的结合。
评估PGLYRP1是否直接杀死B. burgdorferi
将B. burgdorferi(1x10^5)与不同浓度的人PGLYRP1-His8(0-66.7 ng/μl)在微需氧条件下33°C共培养48小时,通过BacTiter-Glo检测活力。
确定PGLYRP1是否特异结合B. burgdorferi肽聚糖
通过ELISA检测PGLYRP1与纯化PG的结合;通过流式细胞术进行竞争实验,将PGLYRP1与PG预孵育后再加入B. burgdorferi。
评估PGLYRP1缺失对B. burgdorferi感染的影响
用B. burgdorferi N40皮下感染WT和PGLYRP1-/- BALB/c小鼠,在14和25天取耳组织,25天取心脏和关节,通过qPCR检测螺旋体负荷,测量脾脏重量,并评估组织病理。
检查PGLYRP1缺失对适应性免疫的影响
通过ELISA检测血清中B. burgdorferi特异性IgM、IgG及亚型(IgG1、IgG2a、IgG2b、IgG3);通过31-plex细胞因子阵列检测血清细胞因子水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 酵母展示筛选 | 磺基-NHS-LC-生物素 | BioVision | 2326-50 |
| 链霉亲和素微粒 | Spherotech | SVM-025-5H | |
| Zymoprep酵母质粒小提试剂盒 | Zymo Research | -- | |
| ELISA | 山羊抗人IgG HRP偶联二抗 | Sigma-Aldrich | AP309P |
| KPL Sureblue TMB微孔过氧化物酶底物 | Seracare | 5120-0077 | |
| 人PGLYRP1 | R&D Systems | 2590-PGB | |
| 6X-His标签多克隆抗体,HRP | Invitrogen | MA1-135-A488 | |
| 1-Step Ultra TMB-ELISA底物溶液 | Seracare | 52-00-03 | |
| Borreliacidal assay | BacTiter-Glo | Promega | -- |
| 流式细胞术 | 重组小鼠PGLYRP1(带6X-His标签) | Sino Biological | 50115-M08H |
| 抗6X-His单克隆抗体偶联Alexa Fluor 488 | ThermoFisher | MA1-21315-488 | |
| SA3800光谱分析仪 | Sony Biotechnology | -- | |
| 吞噬作用实验 | eBioscience细胞增殖染料eFluor 670 | ThermoFisher | 65-0840-85 |
| 体内感染 | Qiagen DNeasy血液和组织试剂盒 | Qiagen | -- |
| qPCR | iQ-SYBR Green Supermix | Bio-Rad | -- |
| 抗体滴度测定 | 山羊抗小鼠IgM HRP偶联抗体 | ThermoFisher | 62-6840 |
| 兔抗小鼠IgG HRP偶联抗体 | ThermoFisher | 61-6520 | |
| 山羊抗小鼠IgG1/IgG2a/IgG2b/IgG3 HRP | Abcam | ab97240, | |
| 细胞因子分析 | 小鼠细胞因子/趋化因子31重阵列(MD-31) | Eve Technologies | -- |
| 蛋白质表达 | Expi293细胞 | ThermoFisher | A14527 |
| ExpiFectamine 293转染试剂盒 | ThermoFisher | A14524 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 酵母展示筛选 | Borrelia培养温度(33°C和37°C);Borrelia表面生物素化条件(5 μM Sulfo-NHS-LC-Biotin,37°C 30分钟);酵母诱导条件(30°C 24小时);筛选使用的Borrelia分离株和数量 阅读提示:Methods: Yeast library screening |
| ELISA验证PGLYRP1结合 | PGLYRP1浓度范围(1-100 ng);B. burgdorferi裂解物包被量(100 ng/孔);孵育时间(1小时,37°C);二抗稀释度(1:5000) 阅读提示:Methods: ELISA for analysis of B. burgdorferi interaction with human PGLYRP1 |
| 流式结合实验 | PGLYRP1浓度(10和40 μg/ml);CD55阴性对照浓度(40 μg/ml);孵育时间(1小时,室温);PG竞争实验中的PGLYRP1和PG浓度(1 μg/mL和10 μg/mL) 阅读提示:Methods: Flow cytometry based PGLYRP1 and PG binding assay |
| 杀螺旋体实验 | B. burgdorferi数量(1x10^5);PGLYRP1浓度(0-66.7 ng/μl);孵育时间(48小时)和温度(33°C) 阅读提示:Methods: Borreliacidal assay |
| 体内感染实验 | 小鼠品系(BALB/c)和基因型;小鼠周龄(6-8周);B. burgdorferi注射剂量(1x10^6螺旋体,皮下);检测时间点(14和25天);每组小鼠数量(7-9只) 阅读提示:Methods: In vivo infection of mice |
| qPCR检测螺旋体负荷 | 靶基因(flaB)和内参基因(β-actin);组织样本类型(心脏、关节、耳);DNA提取试剂盒;qPCR试剂(iQ-SYBR Green Supermix) 阅读提示:Methods: Quantification of Borrelia burden |
| 抗体和细胞因子检测 | 血清稀释范围(1:200-1:200,000);检测时间点(25 dpi);IgG亚型检测方法;细胞因子阵列类型(31-plex) 阅读提示:Methods: Antibody titers against B. burgdorferi; Cytokine profile |