验证I类PI3K抑制剂对CMA的激活作用
检测抑制I类PI3K是否足以激活CMA
使用三种I类PI3K抑制剂(buparlisib、pictilisib、copanlisib)处理NIH3T3细胞,检测Akt、MAPKAP1和GFAP磷酸化,以及Dendra2-CMA报告基因斑点形成和LC3-II通量。
Inhibition of class I PI3K enhances chaperone-mediated autophagy.
包含体外细胞实验(NIH3T3、AML12、mIMCD3)和体内小鼠实验(肝脏溶酶体分离)等多层级验证,并利用功能验证(CMA报告基因、底物摄取)和机制验证(GFAP磷酸化、Akt信号通路)。
NIH3T3细胞系 AML12小鼠肝细胞 mIMCD3小鼠肾集合管细胞 UM-HET3小鼠(肝脏)
药物剂量:NIH3T3细胞中buparlisib 2 µM、pictilisib 500 nM、copanlisib 50 nM 药物处理时间:10小时(CMA报告基因)或24小时(底物丰度) 体内给药:小鼠口服buparlisib 50 mg/kg或pictilisib 100 mg/kg,每日一次连续7天 报告基因:KFERQ-Dendra2荧光报告基因检测CMA活性 检测终点:GFAP磷酸化水平、LC3-II通量、CMA底物(Tau)溶酶体摄取
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测抑制I类PI3K是否足以激活CMA
使用三种I类PI3K抑制剂(buparlisib、pictilisib、copanlisib)处理NIH3T3细胞,检测Akt、MAPKAP1和GFAP磷酸化,以及Dendra2-CMA报告基因斑点形成和LC3-II通量。
测试抑制PDPK1是否能激活CMA,确认INS信号通路的作用
使用三种PDPK1抑制剂(BX795、BX912、GSK2334470)处理NIH3T3细胞,检测Akt、MAPKAP1、GFAP磷酸化,以及Dendra2报告基因斑点和LC3-II通量。
测试选择性抑制Vps34是否能激活CMA
使用autophinib和VPS34-IN1处理NIH3T3细胞,检测Akt和GFAP磷酸化、Dendra2报告基因斑点和LC3-II通量。
测试抑制macroautophagy(不依赖Vps34)是否能激活CMA
用siRNA敲低NIH3T3细胞中的Atg5,检测LC3-II转换、GFAP磷酸化、Akt磷酸化和Dendra2报告基因斑点。
确认I类PI3K抑制激活CMA的普遍性
在AML12和mIMCD3细胞中测试buparlisib、pictilisib和autophinib对CMA和macroautophagy的影响,检测Akt、MAPKAP1、GFAP磷酸化、Dendra2报告基因斑点和LC3-II通量。
验证I类PI3K抑制剂促进CMA降解底物蛋白
用pictilisib、copanlisib或autophinib处理NIH3T3细胞24小时,Western blot检测CMA底物CIP2A、ACACA、EIF2A、EIF5、IDH1的蛋白水平。
测试口服I类PI3K抑制剂是否能激活小鼠肝脏CMA
小鼠口服buparlisib或pictilisib连续7天,分离肝脏溶酶体,进行Tau底物摄取实验、检测GFAP磷酸化、HSPA8水平,以及内源性底物(ALDOB、ENOA)的摄取。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 11965092 |
| 胎牛血清 | Corning | 35-016-CV | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15070063 | |
| DMEM:F12培养基 | Gibco | 11320033 | |
| 胰岛素-硒-转铁蛋白 | Gibco | 51500-056 | |
| 地塞米松 | Sigma-Aldrich | D4902 | |
| 药物处理 | 布帕利昔 | SelleckChem | S2247 |
| 皮克替昔 | SelleckChem | S1065 | |
| 科普利昔 | SelleckChem | S2802 | |
| BX795 | SelleckChem | S1274 | |
| BX912 | SelleckChem | S1275 | |
| GSK2334470 | Tocris | 4143 | |
| 巴弗洛霉素A | Sigma-Aldrich | SML1661 | |
| 3-甲基腺嘌呤 | SelleckChem | S2767 | |
| 自噬抑制素 | SelleckChem | S8596 | |
| VPS34-IN1 | SelleckChem | 7980 | |
| 二甲基亚砜 | Sigma-Aldrich | D2650 | |
| 动物实验 | 布帕利昔 | MedChem Express | HY-70063 |
| 皮克替昔 | MedChem Express | HY-50094 | |
| 亮肽素 | Sigma-Aldrich | 108976 | |
| CMA报告基因检测 | KFERQ-Dendra2质粒 | -- | -- |
| Hoechst染液 | Sigma-Aldrich | 94403 | |
| 荧光蛋白封片剂 | GBI Labs | E18-18 | |
| 溶酶体分离 | 裂解缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | 89839 |
| OptiPrep密度梯度介质 | Sigma-Aldrich | D1556 | |
| 超速离心管 | Beckman Coulter | 344057 | |
| 55Ti-SW转头 | Beckman Coulter | 342194 | |
| L-70超速离心机 | Beckman Coulter | -- | |
| CMA底物摄取实验 | 重组HSPA8蛋白 | AbCam | ab78431 |
| 重组Tau蛋白 | Sino Biological | 10058-H07E | |
| 蛋白酶抑制剂 | Sigma-Aldrich | 11836153001 | |
| 蛋白质检测 | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23225 |
| Western blot | ACACA/ACC1抗体 | Cell Signaling Technology | 4190S |
| ACTB/β-Actin抗体 | Cell Signaling Technology | 8457L | |
| AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4691S | |
| pT308 AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 13038S | |
| pS473 AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4060S | |
| ATG5抗体 | Cell Signaling Technology | 12994S | |
| CIP2A抗体 | Santa Cruz | sc-80659 | |
| CTSD/组织蛋白酶D抗体 | AbCam | 75852 | |
| EIF2A抗体 | Cell Signaling Technology | 9722S | |
| EIF5抗体 | Cell Signaling Technology | 13894S | |
| ENO1抗体 | Cell Signaling Technology | 3810S | |
| GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 2118S | |
| GSK3β抗体 | Cell Signaling Technology | 12456S | |
| pS9 GSK3β抗体 | Cell Signaling Technology | 9323S | |
| GFAP抗体 | AbCam | 7260 | |
| pS8 GFAP抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-12991 | |
| HSPA8/Hsc70抗体 | AbCam | 154415 | |
| IDH1抗体 | AbCam | 172964 | |
| IRS1抗体 | Cell Signaling Technology | 2382S | |
| LAMP1抗体 | AbCam | 24170 | |
| LAMP2A抗体 | AbCam | 125068 | |
| MAP1LC3B/LC3抗体 | Cell Signaling Technology | 2775S | |
| MAPKAP1/mSIN1抗体 | AbCam | 64188 | |
| pT86 MAPKAP1/mSIN1抗体 | Cell Signaling Technology | 14716S | |
| MAPT/Tau抗体 | Cell Signaling Technology | 46687S | |
| OXPHOS抗体鸡尾酒 | AbCam | 110413 | |
| PPID/亲环蛋白40抗体 | AbCam | 181983 | |
| SQSTM1/p62抗体 | Cell Signaling Technology | 5114S | |
| RNA干扰 | Lipofectamine RNAi MAX转染试剂 | Invitrogen | 56532 |
| OptiMEM培养基 | Gibco | 31985-062 | |
| 显微镜成像 | Zeiss Axioplan2显微镜 | Zeiss | -- |
| Zeiss ApoTome光切模块 | Zeiss | -- | |
| Zeiss AxioCam MRm相机 | Zeiss | -- | |
| Zeiss Plan-NEOFLUAR 40x物镜 | Zeiss | -- | |
| Nightsea DFP-VR灯 | Nightsea | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系(NIH3T3、AML12、mIMCD3)来源、培养基配方、血清浓度、CO2浓度、传代次数和支原体检测 阅读提示:Materials and methods: Cell culture |
| 药物处理 | 药物剂量、处理时间、溶剂对照(DMSO或TFA) 阅读提示:Materials and methods: Drugs for cell culture experiments; Figure legends S1–S4 |
| CMA报告基因检测 | KFERQ-Dendra2报告基因构建、病毒转导、光转化条件、处理时间(10小时)、细胞固定和封片条件 阅读提示:Materials and methods: Fluorescent CMA reporter; Image analysis |
| 溶酶体分离和CMA活性测定 | 小鼠品系、年龄、给药方案(口服,7天),溶酶体分离方法(密度梯度离心),底物(Tau)摄取实验条件(时间、温度、ATP、HSPA8等) 阅读提示:Materials and methods: Lysosome isolation and CMA evaluation; Figure legends 6 and 7 |
| 体内实验 | 小鼠性别、体重、给药体积、药物溶解溶剂(NMP/PEG300)、leupeptin剂量和给药途径 阅读提示:Materials and methods: Drugs for mouse experiments; Mouse stocks and husbandry |
| Western blot | 抗体信息(货号、稀释比例)、蛋白上样量、内参(ACTB、H3)选择 阅读提示:Materials and methods: Antibodies |