模型制备与验证
构建支持内皮细胞生长的三维血管模型,并验证其表面处理和支持细胞活性的能力。
3D打印PVA核心,浇铸PDMS并溶解核心形成管腔;筛选表面涂层(纤连蛋白等),接种HMEC-1细胞,使用Live/Dead染色和TNF-α刺激验证细胞活力和功能响应。
Shear Difference: Flow Type Dictates Endothelial Flow-Responsive Gene Programs in a 3-Dimensional-Printed In Vitro Model
包含体外细胞模型(HMEC-1)和转录组学(RNA-seq)证据,并进行了形态学和功能验证,具备至少两个独立证据层级。
HMEC-1细胞系
细胞系:HMEC-1(ATCC CRL-3243) 模型:三维打印PVA核心浇铸PDMS管腔,表面包被10 μg/mL纤连蛋白 流速:连续流和脉动流平均约100 mL/min,持续24小时 波形:脉动流基于动静脉瘘超声数据,周期0.84秒,PI约0.25 统计:形态学采用精确置换检验,RNA-seq使用DESeq2(FDR<0.05)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
构建支持内皮细胞生长的三维血管模型,并验证其表面处理和支持细胞活性的能力。
3D打印PVA核心,浇铸PDMS并溶解核心形成管腔;筛选表面涂层(纤连蛋白等),接种HMEC-1细胞,使用Live/Dead染色和TNF-α刺激验证细胞活力和功能响应。
生成并量化连续流和脉动流,确保平均流速和平均剪切力匹配。
使用可编程蠕动泵产生连续和脉动流,脉动波形基于动静脉瘘超声数据编程,用超声波流量计监测。计算WSS、Re、PI和Womersley数。
评估流动条件对细胞形态和细胞骨架的影响。
固定和染色(鬼笔环肽和DAPI),共聚焦显微镜成像,分析细胞偏心率和方向变异性。
全面分析流动条件引起的基因表达变化和通路富集。
提取RNA,RNA-seq,差异表达分析(DESeq2),基因集富集分析(GSEA)等。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 模型制备 | SolidWorks 2023 | Dassault Systèmes | -- |
| Prusa i3 MK3S | Prusa Research | -- | |
| eSUN PVA | Shenzhen eSUN Industrial Co., Ltd. | -- | |
| Keyence VK-X200 | Keyence Corporation | -- | |
| Sylgard 184 | Dow Corning | -- | |
| 细胞培养 | 纤连蛋白 | Sigma-Aldrich | F0895-5MG |
| 人微血管内皮细胞系-1 | ATCC | CRL-3243 | |
| MCDB-131完全培养基 | Gibco | 10372019 | |
| 人表皮生长因子 | Sigma-Aldrich | E9644 | |
| 氢化可的松 | Sigma-Aldrich | H-4001 | |
| L-谷氨酰胺 | Gibco | 25030-081 | |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099-141 | |
| 流动系统 | MACS GMP细胞分化袋 | Miltenyi Biotec | 170-076-400 |
| NE-9000 | New Era Pump Systems Inc | -- | |
| Sonoflow CO.55 | Sonotec GmbH | -- | |
| 形态学评估 | 鬼笔环肽-Atto-565 | Merck | 94072 |
| DAPI | Thermo Fisher Scientific | D1306 | |
| Zeiss LSM 880 | Carl Zeiss | -- | |
| RNA-seq | RNeasy Plus Mini试剂盒 | QIAGEN | 74134 |
| Agilent TapeStation | Agilent Technologies | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 模型制备 | PDMS混合比例、固化时间、PVA溶解时间、表面平滑处理(30秒水浸)、表面涂层浓度(10 μg/mL纤连蛋白) 阅读提示:Methods: Additive Manufacturing and Polydimethylsiloxane Casting of Idealized Vessel Geometries; Extracellular Matrix Surface Coating and Endothelial Monolayer Formation |
| 细胞培养 | HMEC-1细胞系、培养基成分、生长因子浓度、接种密度(3.75×10^4 cells/cm²)、培养条件(37°C、5% CO2) 阅读提示:Methods: Extracellular Matrix Surface Coating and Endothelial Monolayer Formation |
| 流动系统 | 连续流和脉动流平均流速(约100 mL/min)、脉动波形参数(基于AVF超声)、泵品牌型号、管路连接、灌注时间(24小时) 阅读提示:Methods: Manufacturing of Flow System and Generation of Flow |
| 形态学评估 | 固定和染色方案、成像设备、分析方法(Fiji)、统计方法(精确置换检验、样本量) 阅读提示:Methods: Morphologic Assessment by Fluorescence Microscopy; Statistical Analysis; Figure 3 legend |
| RNA-seq | RNA提取试剂盒、建库方法、测序平台、分析流程(fastp、Rsubread、featureCounts、DESeq2、fgsea)、差异表达阈值 阅读提示:Methods: Bulk RNA Sequencing; Figure 2 legend |