患者样本收集与分组
确定研究中使用的肿瘤样本来源和患者队列
从全球III期CAPItello-291研究中收集HR阳性/HER2阴性晚期乳腺癌患者的FFPE肿瘤样本,患者随机分配至capivasertib联合氟维司群或安慰剂联合氟维司群治疗。
Exploratory Analysis of PTEN Deficiency by Immunohistochemistry from the Phase III CAPItello-291 Trial
包含IHC和NGS检测、一致性分析和探索性PFS分析等明确实验方法,但缺乏功能验证或机制验证。
HR阳性/HER2阴性晚期乳腺癌患者肿瘤样本(FFPE) CAPItello-291试验患者队列
PTEN IHC染色条件(VENTANA PTEN(SP218)抗体,稀释度1:100,37°C孵育16分钟) PTEN缺失判定阈值(≥90%恶性细胞无细胞质染色) PTEN正常判定阈值(>10%恶性细胞有细胞质染色) NGS检测平台(FoundationOneCDx和OncoScreen Plus,后者数据被排除) PFS分析使用Cox比例风险模型和Kaplan-Meier方法
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定研究中使用的肿瘤样本来源和患者队列
从全球III期CAPItello-291研究中收集HR阳性/HER2阴性晚期乳腺癌患者的FFPE肿瘤样本,患者随机分配至capivasertib联合氟维司群或安慰剂联合氟维司群治疗。
评估肿瘤样本中PIK3CA/AKT1/PTEN改变状态作为比较基准
使用FoundationOneCDx或OncoScreen Plus进行NGS检测,确定PIK3CA/AKT1/PTEN改变状态。
评估肿瘤样本中PTEN蛋白表达状态
对FFPE肿瘤组织切片进行PTEN IHC染色,由病理学家盲态评估PTEN表达水平,判定PTEN缺失或正常。
比较IHC检测PTEN缺失与NGS检测PTEN改变状态的一致性
对同时具有IHC和NGS结果的样本进行总体符合率、阳性符合率和阴性符合率的计算。
评估IHC检测PTEN缺失患者使用capivasertib联合氟维司群治疗的疗效
对IHC检测PTEN缺失的患者进行PFS分析,比较capivasertib联合氟维司群与安慰剂联合氟维司群的治疗效果,并根据NGS检测的PIK3CA/AKT1/PTEN状态进行亚组分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | VENTANA PTEN(SP218)兔单克隆一抗 | Roche Diagnostics | -- |
| 下一代测序 | FoundationOneCDx检测 | Foundation Medicine, Inc. | -- |
| OncoScreen Plus | Burning Rock Biotech, Ltd | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集 | 患者群体:HR阳性/HER2阴性晚期乳腺癌,接受芳香化酶抑制剂治疗后进展;样本类型:FFPE肿瘤组织 阅读提示:Materials and Methods: Study population |
| NGS检测 | PIK3CA/AKT1/PTEN改变检测平台(FoundationOneCDx或OncoScreen Plus),以及样本纳入和排除标准 阅读提示:Materials and Methods: NGS of tumor tissue samples |
| IHC检测 | PTEN抗体克隆、稀释度、孵育条件和时间,以及PTEN缺失和正常判定的阈值 阅读提示:Materials and Methods: IHC of tumor tissue samples, Interpretation of PTEN IHC staining |
| 一致性分析 | 计算OPA、PPA、NPA的具体公式和样本量 阅读提示:Materials and Methods: Concordance analysis |
| PFS分析 | PFS定义、数据截止日期、分层因素(既往CDK4/6抑制剂使用)以及统计方法(Cox模型、Kaplan-Meier) 阅读提示:Materials and Methods: Statistics; Results: Exploratory PFS analyses |