患者队列临床样本的QIF分析
测量并空间定位原发和转移性NSCLC中IFNγ信号和APM组分表达
使用多重定量免疫荧光染色TMA切片,检测pSTAT1、IRF1、β2M及其他APM组分,并定量癌症细胞和基质细胞区室中的表达。
NSCLC brain metastases exhibit reduced HLA-I antigen presentation machinery and immune evasion independent of IFNγ signaling defects
包含两个独立患者队列的QIF分析、体外细胞系功能验证(Western blot、RNA-seq)和空间转录组学,进行了功能验证和机制探索。
人肺腺癌细胞系H2030及其脑转移亚系H2030-BrM3 NSCLC原发肿瘤和脑转移组织样本(Cohort 1和Cohort 2) 原发性NSCLC组织样本(Cohort 3)用于空间转录组学
IFNγ刺激浓度:20 ng/mL或100 ng/mL,处理24小时 QIF分析中癌细胞/基质细胞β2M比值用于定义β2M下调 H2030-BrM3细胞通过体内连续选择产生 患者队列:Cohort 1(87例未接受免疫治疗)和Cohort 2(66例接受ICI治疗) 空间转录组学使用GeoMx平台,分析CK阳性癌细胞区室
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
测量并空间定位原发和转移性NSCLC中IFNγ信号和APM组分表达
使用多重定量免疫荧光染色TMA切片,检测pSTAT1、IRF1、β2M及其他APM组分,并定量癌症细胞和基质细胞区室中的表达。
评估β2M表达与肿瘤浸润淋巴细胞组成的关系
用QIF检测CD8+、CD4+和FOXP3+ TILs水平,并关联β2M表达。
确定脑转移细胞中APM组分表达及IFNγ信号反应
用Western blot检测H2030和H2030-BrM3细胞在IFNγ刺激下的β2M、pSTAT1、IRF1、PD-L1水平。
识别脑转移细胞中可能与APM下调相关的基因表达变化
RNA-seq分析H2030和H2030-BrM3细胞,比较差异表达基因,并富集通路。
在人类原发NSCLC中验证候选调节基因与HLA-I类APM表达的相关性
使用GeoMx数字空间谱分析平台,检测184例原发NSCLC中基因表达,并分析候选基因与HLA-I类APM基因的相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI培养基 | Gibco | 11875093 |
| 胎牛血清 | Sigma Aldrich | 12103C | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| 两性霉素B | Sigma Aldrich | A2942 | |
| 药物处理 | 人重组IFNγ | R&D Systems | #285-IF |
| Western blot | RIPA裂解液 | Thermo Fisher Scientific | 89900 |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Thermo Fisher Scientific | 78440 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23227 | |
| SignalFire™ Plus ECL试剂 | Cell Signaling Technology | #12630 | |
| 抗Vinculin抗体 | Cell Signaling Technology | E1E9V | |
| 抗总STAT1抗体 | Cell Signaling Technology | D1K9Y | |
| 抗磷酸化STAT1抗体 | Cell Signaling Technology | 58D6 | |
| 抗IRF-1抗体 | Cell Signaling Technology | D5E4 | |
| 抗PD-L1抗体 | Cell Signaling Technology | E1L3N | |
| 抗β2-微球蛋白抗体 | Abcam | ab215889 | |
| QIF | Vectra Polaris成像系统 | PerkinElmer | -- |
| AQUA®软件 | Navigate Biopharma | -- | |
| 空间转录组学 | GeoMx®数字空间谱分析平台 | NanoString/Bruker | -- |
| Illumina NextSeq 2000测序仪 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列QIF分析 | TMA构建中每个肿瘤块至少2个0.6mm核心;QIF评分计算;β2M下调定义(癌/基质比值<1) 阅读提示:Methods: Patients and samples; Multiplexed immunofluorescence; QIF analysis and scoring |
| 体外细胞培养与处理 | 细胞培养条件(RPMI+10%FBS+5%P/S+0.5%两性霉素B);IFNγ浓度(20或100 ng/mL)和处理时间(24小时) 阅读提示:Methods: Cell lines and treatments |
| Western blot | 蛋白上样量(40 µg);一抗稀释比例;内参(Vinculin) 阅读提示:Methods: Western Blot analysis |
| RNA-seq分析 | IFNγ处理(100 ng/mL);差异表达基因阈值(fold change > 1.5, FDR < 0.05) 阅读提示:Methods: RNA-sequencing data and analysis |
| 空间转录组学 | GeoMx平台;ROI选择;CK阳性癌细胞区室分析 阅读提示:Methods: Spatial transcriptomics |