皮肤微生物组分析
比较ADEH+、ADEH−和健康对照的皮肤微生物组差异
采集肘前窝皮肤拭子,进行16S rRNA基因扩增和测序,计算Shannon多样性指数,分析菌属和ASV相对丰度。
Keratinocyte Priming by Staphylococcus aureus Reduces HSV-1 Susceptibility
包含16S微生物组分析、角质形成细胞体外感染模型、Vero细胞感染实验、转录组测序和RT-qPCR验证,但缺乏动物模型和患者样本的功能验证。
正常人类表皮角质形成细胞(NHEKs) Vero CCL-81细胞 ADEH+、ADEH−和健康对照的皮肤微生物组队列
HKSA处理浓度OD 0.2 IL-4和IL-13浓度40 ng/mL HSV-1感染剂量10^6 PFU/mL 感染后孵育时间20小时 重复实验独立角质形成细胞供体数n=7
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较ADEH+、ADEH−和健康对照的皮肤微生物组差异
采集肘前窝皮肤拭子,进行16S rRNA基因扩增和测序,计算Shannon多样性指数,分析菌属和ASV相对丰度。
模拟皮肤定植和AD炎症环境,研究葡萄球菌对HSV-1感染的影响
正常人表皮角质形成细胞(NHEKs)用或不用IL-4/IL-13(40 ng/mL)刺激24小时,然后与热灭活S. aureus(HKSA)或S. epidermidis(HKSE)在基础培养基中过夜孵育。
检测预孵育对HSV-1感染率的影响
预处理的NHEKs用HSV-1(17+)Lox-pMCMV-GFP(10^6 PFU/mL)在冰上感染2小时,洗涤后孵育20小时,固定后用DAPI和GFP荧光定量感染率。
测定角质形成细胞释放的感染性HSV-1子代病毒量
收集感染后20小时的角质形成细胞上清液,感染Vero指示细胞,20小时后固定染色并测量GFP强度。
鉴定HKSA处理后角质形成细胞的基因表达变化
对HKSA、HKSE或未处理的NHEKs(有或无IL-4/IL-13)进行bulk RNA-seq,分析差异表达基因,并用RT-qPCR验证关键基因。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 角质形成细胞生长培养基2 | PromoCell | -- |
| MEM Eagle培养基(含Earle平衡盐溶液和L-谷氨酰胺) | CytoGen GmbH | -- | |
| 胎牛血清 | Capricorn Scientific GmbH | -- | |
| 非必需氨基酸 | CytoGen GmbH | -- | |
| 细菌培养 | 哥伦比亚血琼脂平板 | Becton Dickinson | -- |
| 胰蛋白胨大豆肉汤 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 细胞处理 | 重组人IL-4 | -- | -- |
| 重组人IL-13 | -- | -- | |
| 病毒感染 | HSV-1(17+)Lox-pMCMV-GFP | -- | -- |
| 细胞活力测定 | RealTime-Glo MT细胞活力测定试剂盒 | Promega | -- |
| 显微成像 | Cytation 3读取器 | BioTek Instruments Inc. | -- |
| CellProfiler软件 | -- | -- | |
| 细胞活力测定 | FluoStar Optima读取器 | -- | -- |
| RNA提取 | ReliaPrep RNA细胞小提系统 | Promega | -- |
| cDNA合成 | RevertAid试剂盒 | Thermo Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 皮肤微生物组分析 | 样本量、采样部位(肘前窝)、16S rRNA测序、Shannon指数计算 阅读提示:Methods 2.2 16S Microbiome Analysis |
| 角质形成细胞培养与处理 | 细胞来源(人原代角质形成细胞,来自包皮)、培养基、HKSA/HKSE浓度(OD 0.2)、IL-4/IL-13浓度(40 ng/mL)、刺激时间(24小时) 阅读提示:Methods 2.3, 2.5, 2.6 |
| HSV-1感染 | 病毒株(HSV-1 17+ Lox-pMCMV-GFP)、感染剂量(10^6 PFU/mL)、感染时间(2小时,冰上)、孵育时间(20小时) 阅读提示:Methods 2.7 |
| Vero细胞感染 | Vero细胞接种密度(6000细胞/孔)、上清稀释倍数(1:2)、感染时间(20小时) 阅读提示:Methods 2.8 |
| 转录组分析 | RNA-seq供体数(n=3)、差异表达基因阈值(p-adj<0.05, log2FC>1)、验证基因 阅读提示:Methods 2.11 |